Nucleic Acids Res. | 中国海洋大学团队发布全球首个MolGlueDB分子胶数据库

靶向蛋白降解（Targeted Protein Degradation, TPD）是当前药物研发的前沿方向，其中分子胶降解剂（Molecular Glue De...

Nat. Commun. | 构建合成细胞：科学、挑战与未来

从分子层面组装一个合成细胞是一个极其宏伟的目标，涉及广泛的科学挑战。然而，这一领域仍处于探索阶段，研究方法甚至最终目标尚未达成一致。自下而上地构建合成细胞是一项...

Adv. Sci. | 中南大学王建新团队提出融合新型结构编码的蛋白–RNA动态互作预测方法

蛋白–RNA互作在多种生物过程和疾病发展中发挥关键作用。蛋白质与RNA通过动态结合位点进行作用，而这些位点在不同细胞环境下展现出特定的结构模式。现有计算方法虽然...

Nat. Commun. | 基于原子、键协同扩散和性质引导的3D分子生成模型

近日，华东师范大学药学院/人工智能新药创智中心李洪林教授团队在 Nature Communications 期刊发表论文 “Target-aware ...

Nat. Mach. Intell.｜南洋理工大学夏克林等：用于分子性质预测的图神经网络

图神经网络(GNN)作为几何深度学习中的关键模型，在分子性质预测方面已经取得了显著成功。与此同时，Kolmogorov-Arnold网络作为多层感知机的有力替代...

J. Cheminform. | AlphaPPIMI：全面的深度学习框架助力PPI调节剂互作预测

蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）通过复杂界面调控关键生命过程，其异常与多种疾病密切相关。因此，识别PPIs及其界面靶向调节剂成为重要治疗策略。然而，发现能够靶向...

Nat. Commun. | DECIPHER：破解大规模异质空间组学数据的细胞嵌入奥秘

细胞的功能角色由其分子身份和空间环境的复杂交互所决定，但在现有的空间建模中，这种关系往往被掩盖。为在计算机中高效处理大规模异质性空间数据，研究人员提出了 DEC...

Nature | BindCraft 开源工具破解蛋白质结合剂设计难题，赋能治疗、基因编辑与基因递送

在生物医学与生物技术领域，蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）是调控生命活动的核心机制，而设计能特异性靶向并调控PPIs的蛋白质结合剂，一直是开发治疗药物、诊断工...

ACS Fall 2025 |12个最新公布的临床候选药物

Nat. Commun. | 大型蛋白质数据库揭示结构互补性与功能局域性

近期蛋白质结构预测的突破带来了数量激增的高质量三维模型，这对计算方法提出了新的需求。研究人员对来自 AlphaFold 蛋白质结构数据库（AFDB）、ESMAt...

Nat. Commun. | 引导等变扩散驱动的靶标感知三维分子生成

现有的分子生成模型在结构基础的药物设计中常常忽视结构合理性和药物样性质，因而生成不真实的三维分子。研究人员提出了 DiffGui，一种靶点条件的 E(3)-等变...

Science三篇齐发！AI蛋白质设计实现免疫识别，或将重塑免疫疗法？

2025年7月24日，Science 杂志罕见地同期刊登了三篇聚焦于“人工智能设计蛋白精准识别肽-MHC复合物（pMHC）”的研究论文。

上海交大张健课题组Nat. Mach. Intell. 封面文章报道先导分子从头生成方法

生成式药物设计为在广阔的化学空间中发现新化合物开辟了道路，而不是局限于传统的小型化合物库筛选。然而，生成分子的实际效用往往受到限制，因为许多设计过于强调少数药理...

Nat Commun | 瞄准“癌王”诊断难题，基于血浆cfRNA的机器学习模型可识别胰腺癌及其它胰腺病变

在众多癌症中，胰腺癌有着“癌王”的称号，具有发病率高、复发率高、死亡率高、侵袭性极强的特点。胰腺导管腺癌（PDAC）是最常见、最致命的胰腺癌类型，由于缺乏早期症...

Nat. Methods | GeneAgent：面向基因集分析的自验证智能助手

基因集分析旨在识别一组具有共同功能的基因所对应的生物学机制。大型语言模型（LLM）近年来在为输入基因集生成功能描述方面展现出潜力，但容易产生事实性错误，即“幻觉...

structRFM：结构引导的RNA基础模型，全开源，刷新结构与功能预测纪录

RNA在细胞生命活动中发挥着重要作用，例如转录调控、翻译调控、剪接等过程。其功能不仅取决于核苷酸序列，更取决于其层级的二级和三级结构。然而，现有RNA语言模型多...

Nat. Biomed. Eng. | CRISPR-GPT：首个基因编辑AI智能体让实验设计走向自动化

斯坦福大学屈元昊、普林斯顿大学黄凯旋等研究人员领衔的团队，近日联合加州大学伯克利分校、Google DeepMind等顶尖机构，成功开发出首个基因编辑AI智能体...

J. Chem. Theory Comput. | 从分子力学到量子化学：基于图神经网络的小分子隐式溶剂模型

分子的构象分布受周围环境显著影响，因此准确建模环境效应对于计算研究至关重要。尽管已有少量机器学习（ML）隐式溶剂模型被用于量子化学（QM）计算，但其发展受限于Q...

Trends Biotechnol. | AI赋能基因编辑技术迈向新阶段

近日，Cell出版社旗下Trends in Biotechnology 杂志在线发表了河南农业大学农学院陈震与姬祥课题组联合撰写题为“AI sheds new ...

Drug Discov. Today｜识别隐秘口袋计算方法的比较研究

隐秘口袋(cryptic pockets)在药物发现和蛋白-配体相互作用中具有重要意义。这类口袋通常在蛋白质中不存在或被遮蔽，只有在特定条件下或通过构象变化时才...