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Seurat 和 Scanpy 是单细胞数据分析的两大工具。通常认为：同类工具分析结果都差不多。喜欢R就用Seurat，喜欢Python就用Scanpy。
对一年内从血流感染患者中分离的所有产超广谱 β 内酰胺酶肠杆菌科细菌的双端短读长全基因组测序数据进行分析。
转座酶可及性染色质测序（Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing，ATAC-seq）被广泛应用于...
全球医院正面临日益增多的难治性感染病例。要限制感染并为患者提供最佳用药方案，需要及时进行菌株鉴定以及毒力和耐药性分析。此外，基于识别反复感染的环境源头（如受污染...
分子流行病学的基本假设之一是：系统发育近似于流行病学传播路径。具体而言，若致使患者患病的病原体在系统发育上密切相关，则这些患者之间存在流行病学关联的可能性，远高...
我们将于 2025 年 10 月 18 日开展一期《RNA-seq 数据分析实战研讨班》，内容包括上游表达量矩阵的获得和下游发表级别的统计图表制作，感兴趣的朋友...
我们最近开设了一门课：Galaxy 经典课程：RNA-seq 数据分析实战。其中有一节内容是将差异基因富集到 KEGG 通路。
把 RNA-seq 数据变成“每个基因/转录本有多少分子”这件事，目前主流有三条路：
话说我当年研究生时，第一次听说这个工具，开始以为是一个叫 David 的人开发的，所以才叫这么个名字。
在RNA-seq、微阵列等基因差异表达分析中，DESeq2、edgeR和limma是最常用的三大工具。之前我们分别介绍了这三款软件，它们都可以在Galaxy云平...
在生物信息学领域，网络分析是一项不可或缺的重要技能，可以分析基因蛋白质等的复杂的关联，也可以绘制出令人赏心悦目的网络图。本期为大家分享自己总结的几个常用的网络分...
看到有些朋友还在手搓 Bulk 转录组分析流程，然后碰到问题又在群里提问。今天我们就来盘点一下 usegalaxy.cn 平台上被广泛使用的 Bulk 转录组分...
你是否曾因生信分析的高门槛而却步？是否在软件安装和环境配置中耗尽耐心？Galaxy生物信息云平台正以零代码、全流程、可重复的特性，掀起一场生信分析的效率革命！
大家好！今天给大家介绍一款在生物信息学领域广泛使用的多序列比对工具——MUSCLE（Multiple Sequence Comparison by Log-Ex...
有项目需要用到BRIG软件画圈图。这软件虽然发表于10多年前，并且已经不再更新。但现在依然受到不少人的欢迎。可能是因为其提供桌面UI界面，对新手小白友好的缘故。
首先 SPNserotype，找了一圈，愣是没找到下载地址，作罢。而 PneumoCaT 要求输入 FASTQ 文件，看其帮助信息可知：
关键词：WES 胚系变异检测流程。GATK 最佳实践，GRCh37，二代 Paired-End 数据（Illumina / BGI）
本文以人 WES 测序数据为例，演示 DeepVariant 软件进行变异检测的基准测试过程。
识别差异丰度微生物是微生物组研究的常见目标，多种方法交替用于此目的，但很少有大规模研究系统探讨这些工具交替使用的适宜性及差异的程度和重要性。今天我们要学习的这篇...
进入网站：usegalaxy.cn，在左侧工具搜索框中输入：deseq2，结果中第一个便是。
