暂无搜索历史
前面给大家介绍了四款基于比对的转录组定量工具RSEM、StringTie和FeatureCounts和HTSeq ,今天,我们一起学习了解无需比对的转录组定量工...
昨天给大家介绍了Kallisto ,今天,我们再一起学习另一款无需比对的转录组定量工具 —— Salmon 。它的出现,彻底改变了科研人员处理转录组数据的方式,...
特征法建树,顾名思义就是直接运用序列特征来构建系统发生树。不同于距离法,它并不会将序列特征先转换为距离矩阵,再构建系统树,故对于单个位点中包含的进化信息,特征法...
FTSeq 是一款基于比对,专门用于处理 RNA-Seq 数据,实现转录组定量分析的软件。它能够根据测序 reads 与参考基因组的比对信息,精确地统计出每个基...
FeatureCounts 是一款快速且准确的将测序 reads 分配到基因组特征(如基因、外显子等)的软件,主要用于 RNA-Seq 数据的定量分析。它能够基...
1981年,James W. Jorgenson和Krynn D. Lukacs发明了效率更高的毛细管电泳。
这篇文章的生信分析部分用到了之前我们介绍过的 SPAdes、ABRicate等工具,这些工具都能在Galaxy生信云平台(网址:usegalaxy.cn )上方...
这篇文章的生信分析部分用到了之前我们介绍过的 Minimap2、SAMtools等工具,这些工具都能在Galaxy生信云平台(网址:usegalaxy.cn )...
在基因的世界里,每一条染色体都像是一部神秘的“生命密码本”,其中Y染色体更是因其独特的性别决定功能吸引了众多科学家的目光。然而,由于Y染色体的高度异质性和复杂性...
Trinity是一款专为RNA测序数据设计的转录组组装软件。它能够从海量的测序读段(reads)中,高效地组装出完整的转录本序列,为我们揭示基因的表达模式和调控...
limma(Linear Models for Microarray Data)最初是为分析微阵列数据而开发的,随着技术发展,现在也广泛应用于 RNA 测序(R...
RSEM是一种基于最大期望(EM)算法的定量分析工具,用于从RNA-seq数据中准确估计基因和转录本的表达量。其核心思想是通过建立转录本与测序读取之间的映射关系...
StringTie是由约翰霍普金斯大学Steven L. Salzberg教授领导的团队开发的,用于组装和量化RNA-Seq数据的分析工具。自2015年首次发布...
之前我们一起学习了一系列细菌耐药性分析的工具软件,有不少读者强烈希望后续能多分享点这方面的文章。今天我们就一起来解读下面这篇2024年底发表的Nature论文,...
随着抗生素的广泛使用,抗生素耐药性问题日益严峻。根据世界卫生组织的数据,全球每年因抗生素耐药性导致的死亡人数已超过500万,且这一数字还在持续上升。抗生素耐药性...
在科研工作里,构建与美化进化树是必须掌握的技能之一。这篇文章汇总和整理了之前的相关内容,依照文章中的脉络,基本上能够在大多数情形下满足构建进化树的需求。本文将从...
MultiQC 是一个多用途的生物信息学分析工具,它能够将多个样本的生物信息学分析结果汇总到一个综合报告中。这个工具特别适合用于高通量测序(NGS)数据分析的质...
本文介绍全转录组数据分析方法,我们将以拟南芥测序数据为例,在 UseGalaxy.cn 云平台进行数据分析实践。
Maftools作为一个专门为处理和可视化MAF文件而设计的强大R包应运而生。它在癌症基因突变数据的研究中扮演着不可或缺的角色,为研究人员提供了一系列功能强大且...
SAMtools 是一个由李恒博士开发的开源软件包,主要用于处理与高通量测序数据相关的 SAM 和 BAM 文件。它在生物信息学领域中被广泛使用,是许多研究人员...