简说基因

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发表了文章 6小时前2025-03-06 21:59:40

快速比对、灵活筛选：微生物基因组相似性筛查

在前面的文章中，我们深入学习了如何利用RefSeq Masher Contains快速识别输入数据中可能存在的NCBI RefSeq参考基因组，今天再来学习Re...

简说基因 6小时前2025-03-06 21:59:40

数据类型、算法、数据库、工具、数据

发表了文章 6小时前2025-03-06 21:59:15

样本污染检测：比传统方案提前48小时锁定病原体

当你在处理一份土壤样本的宏基因组数据时，突然发现测序结果中出现意料之外的微生物信号——是样本污染？还是新物种的线索？这时候，你需要快速扫描整个NCBI RefS...

简说基因 6小时前2025-03-06 21:59:15

工具、架构、数据、算法、数据库

发表了文章 2天前2025-03-04 21:14:13

从"找到质粒"到"看懂质粒"|基于序列标记的质粒分型与耐药基因传播潜力评估

在前面的文章中，我们深入探讨了MOB-Recon如何从复杂的基因组数据中精准重建质粒序列。如果说MOB-Recon是打开质粒世界的钥匙，那么今天要介绍的MOB-...

简说基因 2天前2025-03-04 21:14:14

模型、数据、系统、效率、数据库

发表了文章 3天前2025-03-03 21:54:12

如何以超高的效率完成序列聚类、去冗余和跨数据库比较？

在生物信息学领域，海量的基因组、转录组或蛋白质组数据往往伴随着大量重复序列。这些冗余数据不仅占用存储空间，还会显著增加后续分析的复杂度，拖慢后续分析的速度。如何...

简说基因 3天前2025-03-03 21:54:12

原理、数据库、工具、数据、效率

发表了文章 3天前2025-03-03 21:54:03

快速锁定细菌耐药基因与移动遗传元件

抗生素耐药性（AMR）已成为全球公共卫生的重大挑战。仅2020年，全球因耐药菌感染导致的死亡人数就超过127万。在这场无声的战役中，加拿大国家微生物实验室开发的...

简说基因 3天前2025-03-03 21:54:03

可视化、数据、算法、数据库、工具

发表了文章 3天前2025-03-03 21:53:44

利用质粒参考数据库，从基因组草图组装中重建单个质粒序列，并与其他工具结合，一站式完成耐药基因注释

在微生物研究中，质粒携带着抗生素耐药基因、毒力因子等，通过水平基因转移在不同菌株间传递。传统方法需要经过繁琐的质粒提取和测序验证，而MOB-Recon的出现，让...

简说基因 3天前2025-03-03 21:53:44

工具、设计、数据、算法、数据库

发表了文章 3天前2025-03-03 21:53:34

基因变异注释工具到底该怎么选

ANNOVAR、SnpEff和VEP是基因变异注释领域的三大主流工具，它们在功能上各有特点和优势，适用于不同的应用场景。以下是它们的功能对比：

简说基因 3天前2025-03-03 21:53:34

工具、数据、数据库、编码、插件

发表了文章 3天前2025-03-03 21:52:39

一个由KEGG官方推荐的基因功能注释标配工具

在基因组学研究中，我们常常面对这样的难题：测序得到的基因序列就像一本用未知文字书写的古籍，而KofamScan就是那把破译密码的钥匙。这个由京都大学团队开发的工...

简说基因 3天前2025-03-03 21:52:39

可视化、模型、设计、数据库、工具

发表了文章 3天前2025-03-03 21:52:28

使用MiRDeep2在深度测序数据中识别新型和已知的miRNA

在探索基因表达的调控网络中，长度仅20-24个核苷酸的微小RNA（miRNA）如同精准的调控开关，一直是研究热点之一。随着高通量测序技术的发展，我们能够获得海量...

简说基因 3天前2025-03-03 21:52:28

工具、数据、网络、云平台、数据处理

发表了文章 6天前2025-02-28 15:36:00

基因组比对，唯快不破：原本需要一周完成的9万个基因组比对，现在只需数小时

传统BLAST比对方法虽然精准，但动辄数小时的计算时间让研究者望而却步，而FastANI的出现彻底改变了这一局面。FastANI通过免比对算法和Mashmap引...

简说基因 6天前2025-02-28 15:36:00

线程、服务器、工具、可视化、数据

发表了文章 6天前2025-02-28 15:35:23

用Chromeister快速可视化成对基因组比较

在进行基因组组装质量控制时，科研人员常常面临一个难题：如何快速判断新组装的基因组与参考基因组之间的差异？传统方法需要逐个碱基比对，既耗时又难以发现结构变异。而C...

简说基因 6天前2025-02-28 15:35:23

可视化、命令行、事件、算法、工具

发表了文章 7天前2025-02-27 21:18:31

跟着Nature文章绘制转录组火山图

我们总能在文献中看到的火山图是怎么绘制的，本期就介绍火山图原理并且一起进行R代码实操训练，绘制自己的火山图。

简说基因 7天前2025-02-27 21:18:31

数据、原理、element、text、可视化

发表了文章 7天前2025-02-27 21:17:51

STR to BED：从FASTA到BED，轻松处理短串联重复序列

短串联重复序列（STRs）是一种常见的DNA元件，它们在基因组中以连续重复的形式存在。STRs在遗传标记、疾病关联研究和进化生物学等领域具有重要意义，但处理和分...

简说基因 7天前2025-02-27 21:17:51

浏览器、数据、字符串、工具、可视化

发表了文章 8天前2025-02-26 21:50:38

Newcpgreport：CpG岛甲基化差异分析

在人类基因组中，约60%的基因启动子区域都蕴藏着特殊的DNA序列——CpG岛。CpG岛（富含CpG二核苷酸的区域）被称为基因调控的“开关”，它们常位于基因启动子...

简说基因 8天前2025-02-26 21:50:38

算法、工具、开发、设计、数据

发表了文章 8天前2025-02-26 21:50:27

Antismash：一键识别基因簇，预测生物合成途径

在抗生素耐药性日益严峻的今天，微生物基因组中隐藏的天然产物合成基因簇（BGCs），就像一座座亟待开发的药物宝库。之前我们一起学习了GECCO这款基因簇识别工具（...

简说基因 8天前2025-02-26 21:50:27

网络、工具、开发、可视化、模型

发表了文章 9天前2025-02-25 19:57:50

模糊匹配：让基因序列分析不再「看走眼」

在基因组学研究中，迅速锁定特定的核苷酸序列模式是至关重要的步骤。EMBOSS工具包中的fuzznuc，犹如一把精准的"序列探针"，专为协助研究人员高效辨识DNA...

简说基因 9天前2025-02-25 19:57:50

设计、数据、搜索、工具、脚本

发表了文章 9天前2025-02-25 08:45:04

测序数据质量控制:一键完成质量过滤、去重复与序列修剪

高通量测序在文库准备和测序过程中可能出现质量问题，如低质量碱基、特异序列干扰、3'/5'端错误、非特异性PCR扩增和接头污染等，这些问题会影响后续的序列比对和基...

简说基因 9天前2025-02-25 08:45:04

数据、工具、基础、命令行、软件

发表了文章 9天前2025-02-25 08:44:29

探索线粒体基因组的“解谜工具”：mitos2的功能与应用实例

线粒体被称为细胞的 “能量工厂”，为细胞的各种生命活动提供能量。线粒体基因组的注释是研究物种进化、遗传和疾病机制的重要基础。但传统注释工具往往存在操作复杂、可视...

简说基因 9天前2025-02-25 08:44:29

工具、基础、可视化、跨平台、算法

发表了文章 9天前2025-02-25 08:43:55

MEME功能全解析：发现序列数据中的隐藏模式

基因序列、蛋白质序列中隐藏着生命运作的密码，而发现这些密码的关键，往往在于找到其中的模式。MEME是由华盛顿大学的研究人员开发的，通过识别DNA、RNA或蛋白质...

简说基因 9天前2025-02-25 08:43:56

效率、数据库、工具、数据、算法

发表了文章 13天前2025-02-21 13:40:43

细菌耐药基因与移动遗传元件检测：原理、方法与应用

简说基因 13天前2025-02-21 13:40:44

原理、数据库、工具、数据、算法

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个人简介

北京某临床基因检测创业公司 | 生信负责人
公众号：简说基因，专注于临床基因检测的生物信息学知识分享
计算机生物基因 python c++
四川大学 | 生物信息学
https://www.zhihu.com/people/jianzuoyi
北京
加入社区时间：2020-09-17

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利用质粒参考数据库，从基因组草图组装中重建单个质粒序列，并与其他工具结合，一站式完成耐药基因注释

基因变异注释工具到底该怎么选

一个由KEGG官方推荐的基因功能注释标配工具

使用MiRDeep2在深度测序数据中识别新型和已知的miRNA

基因组比对，唯快不破：原本需要一周完成的9万个基因组比对，现在只需数小时

用Chromeister快速可视化成对基因组比较

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模糊匹配：让基因序列分析不再「看走眼」

测序数据质量控制:一键完成质量过滤、去重复与序列修剪

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