生物分子网络可视化工具大盘点

在生物信息学领域，网络分析是一项不可或缺的重要技能，可以分析基因蛋白质等的复杂的关联，也可以绘制出令人赏心悦目的网络图。本期为大家分享自己总结的几个常用的网络分析可视化工具。

1. Cytoscape

• • 文章标题: "Cytoscape: A software environment for integrated models of biomolecular interaction networks"
• • 期刊: Genome Research，影响因子: 6.2 (2023)
• • 官方网站: https://cytoscape.org/

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• • 功能介绍: Cytoscape 是一个开源平台，专门用于可视化分子交互网络。它支持生物网络的集成建模和分析，如基因-蛋白质交互、代谢途径等。用户可以通过插件扩展功能，支持网络导入、分析、可视化和大数据的整合，适用于多种领域的生物数据分析。

2. STRING

• • 文章标题: "STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets"
• • 期刊: Nucleic Acids Research，影响因子: 16.6 (2023)
• • 官方网站: https://string-db.org/

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• • 功能介绍: STRING 是一个蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）数据库，支持分析实验数据、预测的相互作用和文本挖掘结果。用户可以通过 STRING 的可视化界面分析蛋白质的相互作用网络，帮助研究蛋白质功能、基因关联和信号传导路径。

3. BioGRID

• • 文章标题: "The BioGRID interaction database: 2019 update"
• • 期刊: Nucleic Acids Research，影响因子: 16.6 (2023)
• • 官方网站: https://thebiogrid.org/

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• • 功能介绍: BioGRID 是一个全面的生物分子相互作用数据库，包含了物理相互作用、遗传相互作用以及化学相互作用数据。它收录了来自实验的生物交互信息，并为研究者提供了便捷的搜索和查询功能，广泛用于蛋白质和基因相互作用的研究。

4. Pathway Commons

• • 文章标题: "Pathway Commons 2019 Update: integration, analysis and exploration of pathway data"
• • 期刊: Nucleic Acids Research，影响因子: 16.6 (2023)
• • 官方网站:https://www.pathwaycommons.org/

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• 功能介绍: Pathway Commons 是一个集成多个分子网络数据库的平台，涵盖了生物信号传导、代谢途径、基因调控网络等。用户可以使用它进行大规模分子通路的整合分析，适合深入探索生物系统和疾病机制。

5. GeneMANIA

• • 文章标题: "GeneMANIA update 2018"
• • 期刊: Nucleic Acids Research，影响因子: 16.6 (2023)
• • 官方网站: http://genemania.org/

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• • 功能介绍: GeneMANIA 是一个功能预测工具，专注于基因网络的快速构建和分析。用户可以通过输入一组基因，生成基于相互作用网络的预测模型。它的算法整合了基因表达、蛋白质相互作用、功能相似性等多种数据来源，适合基因组学研究。

6. Gephi

• 文章标题: "Gephi: An open source software for exploring and manipulating networks"

• 期刊: Proceedings of the International AAAI Conference on Web and Social Media，影响因子: NA

• 官方网站: https://gephi.org/

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• • 功能介绍: Gephi 是一个开源的网络分析工具，虽然不专注于生物分子网络，但可以处理复杂的大规模网络数据。它的三维图形引擎可以快速绘制大规模网络图，支持互动式的网络探索、过滤和分层结构分析，非常适合数据可视化和社会网络分析。

7. Coexpedia

• • 文章标题: "COEXPEDIA: exploring biomedical hypotheses via co-expressions associated with medical subject headings (MeSH)"
• • 期刊: Nucleic Acids Research，影响因子: 16.6 (2023)
• • 官方网站: https://www.coexpedia.org/

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• • 功能介绍：Coexpedia专注于分析展现基因间相互作用关系的在线工具，是基于基因间表达数据而构建调控网络图。Coexpedia 应该是首个整合MeSH术语的共表达数据库，MeSH是医学主题注释的主要来源，与之结合可以提高生物医学共表达信息的使用。

8. Pajek

• • 文章标题: "Analysis and visualization of large networks with program package Pajek"
• • 期刊: Complex Adaptive Systems Modeling，影响因子: 0.7 (2021)
• • 官方网站: http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/

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• • 功能介绍: Pajek 是专为分析大规模网络而设计的工具，适用于探索生物分子相互作用网络、社交网络等。其主要功能包括社区检测、网络分割、集群分析等，适合处理数以百万计节点的大型网络数据。

9. NAViGaTOR

• • 文章标题: "NAViGaTOR: Network Analysis, Visualization and Graphing Toronto"
• • 期刊: Bioinformatics，影响因子: 4.4 (2023)
• • 官方网站: http://ophid.utoronto.ca/navigator

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• • 功能介绍: NAViGaTOR 是一个专注于蛋白质相互作用网络的可视化和分析工具。它支持蛋白质-蛋白质相互作用的复杂网络展示，并提供多种网络图形化展示模式。用户可以通过它进行交互式的图形操作和网络分析，非常适合生物信息学和系统生物学的研究。

这些工具各具特色，大家可以根据具体的需求选择合适的工具进行生物分子网络的分析与可视化。Cytoscape、STRING 和 GeneMANIA 在网络分析和功能预测方面尤为出色，而 BioGRID 和 Pathway Commons 则侧重于数据整合和相互作用数据库。

本期分享到这就结束啦，希望对大家有所帮助，可以快速了解定位自己所需的网络分析工具