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转录组—上游分析GSE232120_微生物物种__NCBI下载参考基因组

sheldor没耳朵 1天前2024-09-07 10:53:24

本次实战的是Hosts Manipulate Lifestyle Switch and Pathogenicity Heterogeneity of Oppor...

4500

单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA

sheldor没耳朵 2天前2024-09-05 18:06:03

https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/172

8910

单细胞测序—标准流程代码（3）—marker 基因富集分析_差异基因

sheldor没耳朵 3天前2024-09-04 16:35:08

过了很久之后才想起来继续整理单细胞测序的标准分析流程。书接上回单细胞测序—标准流程代码(2) — 标记基因与细胞注释，这篇帖子主要关注的是富集分析。

17110

三代测序人物系列 | Angela N. Brooks

三代测序说 4天前2024-09-04 11:13:17

Brooks教授来自美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz， UCSC）巴斯金工程学院（Bask...

12030

单细胞测序—PDA文章复现_单分组(Fig.1_Fig.2)

sheldor没耳朵 4天前2024-09-03 18:04:57

最近在学习复现Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma prog...

16210

文献解读-Genome-wide imputation using the practical haplotype graph in the heterozyg

INSVAST 5天前2024-09-03 11:53:06

自基因组测序出现以来，基因组选择和全基因组关联等基因组应用变得越来越普遍。测序的成本在过去二十年中有所下降;然而，基因分型成本仍然无法为这些基因组应用收集大型数...

12610

单细胞测序—亚群比例图绘制

sheldor没耳朵 5天前2024-09-02 18:17:24

最近在复现Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progre...

15514

单细胞测序—S4类、seurat、monocle（cds）对象简介

sheldor没耳朵 8天前2024-08-30 14:58:02

S4类是R语言中一种更为严格和复杂的面向对象编程方式。与更简单的S3类相比，S4类提供了更高的灵活性和严格性，适用于需要明确结构的复杂数据和应用场景。

20010

单细胞测序—拟时序分析综合

sheldor没耳朵 9天前2024-08-30 10:56:44

拟时序分析（Pseudotime Analysis）在单细胞测序（Single-cell RNA-seq）中是一个重要的分析步骤，主要用于研究细胞在发育过程或其...

12810

文献解读-Beta-amylase and phosphatidic acid involved in recalcitrant seed germinatio

INSVAST 5天前2024-09-03 12:01:08

板栗（Castanea mollissima）是一种种子坚硬的物种，是坚果和森林生态系统的重要组成。坚硬种子在自然生境中的发芽率较低，在干燥和低温条件下下降。栽...

11110

单细胞测序—不同格式的单细胞测序数据读写(多样本)

sheldor没耳朵 14天前2024-08-25 12:57:14

读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象

23110

转录组上游分析—使用iseq下载原始数据、小鼠基因组、单端测序数据处理

sheldor没耳朵 18天前2024-08-21 11:20:02

进行数据集GSE105789上游分析的时候，总共才四个数据集，使用prefetch下载的时候，不知道网络抽了什么风，速度一直都很慢。下了10个小时才下了三分之一...

14610

单细胞测序—标准流程代码（1）

sheldor没耳朵 18天前2024-08-20 16:52:35

现在的单细胞测序很少是单个样本测序了，一般是多个样本。这里用ifnb.SeuratData包中的ifnb示例数据来模拟单细胞测序多样本分析流程。

13710

单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系

sheldor没耳朵 19天前2024-08-19 16:22:03

如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析，可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。

11910

单细胞测序—PBMC注释的细胞类型

sheldor没耳朵 24天前2024-08-15 12:10:41

刚开始做单细胞测序的下游分析时，常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集，但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识，对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊，这...

9520

全长转录组 | ONT Direct RNA测序 (DRS) 技术原理、数据分析和应用

三代测序说 2024-08-082024-08-08 13:37:46

"牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）开发的第三代测序平台是目前唯一能够直接对天然RNA链进行测序的技术平台...

30920

文献解读-肿瘤测序-第二十七期|《敲减通过控制TOP2A下调的NUSAP1可以抑制人胶质母细胞瘤的细胞增殖和侵袭》

INSVAST 2024-08-072024-08-07 10:22:34

多形性胶质母细胞瘤（GBM）是最恶性的原发性人脑肿瘤类型，其特征是增殖率高，预后不良，其中 5 年生存率仍然低于 5%。在过去的40年中，已经实施了多种治疗方式...

6110

文献解读-遗传病-第二十六期|《癫痫的临床特征、诊疗和KCNH5突变》

INSVAST 2024-08-052024-08-05 11:20:43

由KCNH5编码的电压门控Kv10.2钾通道在哺乳动物组织中广泛表达，包括大脑。其潜在机制仍不清楚。根据以前的研究，Kv10.2的功能障碍可能与癫痫性脑病和自闭...

10010

单细胞测序—2次分群

sheldor没耳朵 2024-07-312024-07-31 10:08:51

Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，...

14110

文献解读-遗传病-第二十五期|《通过贝叶斯和单倍型预测胎儿基因型进行单基因病的无创产前诊断》

INSVAST 2024-07-302024-07-30 10:05:36

非侵入性产前诊断（NIPD）可以在怀孕早期识别单基因疾病，但所涉及的单倍型方法在父亲或母亲单倍型或基因组定相信息缺失时无法推断杂合位点的遗传模式。该研究旨在建立...

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转录组—上游分析GSE232120_微生物物种__NCBI下载参考基因组

单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA

单细胞测序—标准流程代码（3）—marker 基因富集分析_差异基因

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单细胞测序—PDA文章复现_单分组(Fig.1_Fig.2)

文献解读-Genome-wide imputation using the practical haplotype graph in the heterozyg

单细胞测序—亚群比例图绘制

单细胞测序—S4类、seurat、monocle（cds）对象简介

单细胞测序—拟时序分析综合

文献解读-Beta-amylase and phosphatidic acid involved in recalcitrant seed germinatio

单细胞测序—不同格式的单细胞测序数据读写(多样本)

转录组上游分析—使用iseq下载原始数据、小鼠基因组、单端测序数据处理

单细胞测序—标准流程代码（1）

单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系

单细胞测序—PBMC注释的细胞类型

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文献解读-肿瘤测序-第二十七期|《敲减通过控制TOP2A下调的NUSAP1可以抑制人胶质母细胞瘤的细胞增殖和侵袭》

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单细胞测序—2次分群

文献解读-遗传病-第二十五期|《通过贝叶斯和单倍型预测胎儿基因型进行单基因病的无创产前诊断》

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