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#theory

为什么计算等效噪声带宽计算时有π/2

云深无际

不知道有没有人发现,一开始的文章里面我计算带宽的时候是有带宽要乘 π/2”,其实是“等效噪声带宽 (Noise BandWidth, NBW)” 的核心概念。

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J. Chem. Theory Comput. | 面向高精度静电性质预测的有机分子图神经网络电荷模型

DrugAI

精确的电荷分布对于分子静电性质、反应性与分子间相互作用的预测至关重要。传统力场中的电荷模型通常依赖经验方法或低成本量子化学计算,难以在计算效率与准确度之间达到平...

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J. Chem. Theory Comput. | 面向高精度静电性质预测的有机分子图神经网络电荷模型

DrugAI

精确的电荷分布对于分子静电性质、反应性与分子间相互作用的预测至关重要。传统力场中的电荷模型通常依赖经验方法或低成本量子化学计算,难以在计算效率与准确度之间达到平...

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J. Chem. Theory Comput. | 基于等变图神经网络与扩散模型的抗体序列–结构协同设计

DrugAI

抗体是具有高度抗原特异性的关键免疫蛋白。传统的抗体工程方法通常耗时且效率低,而基于深度学习的抗体设计为药物发现提供了新思路。研究人员提出了一个深度生成框架 Ab...

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J. Chem. Theory Comput. | 基于等变图神经网络与扩散模型的抗体序列–结构协同设计

DrugAI

抗体是具有高度抗原特异性的关键免疫蛋白。传统的抗体工程方法通常耗时且效率低,而基于深度学习的抗体设计为药物发现提供了新思路。研究人员提出了一个深度生成框架 Ab...

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J. Chem. Theory Comput. | 利用神经网络势预测环化反应路径的选择性

DrugAI

反应机理搜索工具能够揭示反应体系中可能的产物与限速步骤。然而,包含多键协同变化的复杂反应(如天然产物合成中的关键环化步骤)常使机理探索变得困难。为解决这一问题,...

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J. Chem. Theory Comput. | 利用神经网络势预测环化反应路径的选择性

DrugAI

反应机理搜索工具能够揭示反应体系中可能的产物与限速步骤。然而,包含多键协同变化的复杂反应(如天然产物合成中的关键环化步骤)常使机理探索变得困难。为解决这一问题,...

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J. Chem. Theory Comput. | NVNMD-v2:面向分子动力学的非冯·诺依曼架构深度学习新范式

DrugAI

分子动力学(MD)模拟已成为探究原子相互作用的关键计算显微镜,广泛应用于催化、能源存储和生物技术等领域。然而,现有的机器学习分子动力学(MLMD)框架在精度、可...

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J. Chem. Theory Comput. | NVNMD-v2:面向分子动力学的非冯·诺依曼架构深度学习新范式

DrugAI

分子动力学(MD)模拟已成为探究原子相互作用的关键计算显微镜,广泛应用于催化、能源存储和生物技术等领域。然而,现有的机器学习分子动力学(MLMD)框架在精度、可...

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J. Chem. Theory Comput. | 基于图学习的 RNA–蛋白复合物结构打分新方法

DrugAI

RNA–蛋白复合物的结构预测在揭示基因调控与疾病机制中具有重要意义。然而,现有基于统计势能的打分函数在处理构象柔性方面表现不足。虽然卷积神经网络(CNN)已经在...

6620

J. Chem. Theory Comput. | 基于图学习的 RNA–蛋白复合物结构打分新方法

DrugAI

RNA–蛋白复合物的结构预测在揭示基因调控与疾病机制中具有重要意义。然而,现有基于统计势能的打分函数在处理构象柔性方面表现不足。虽然卷积神经网络(CNN)已经在...

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J. Chem. Theory Comput. | 核酸力场中二面角能量项的通用化开发框架

DrugAI

大规模生物分子体系的精确建模依赖于高质量的力场模型。尽管原子级核酸力场在过去几十年已显著提升,但仍缺乏一个适用于天然及化学修饰核酸、涵盖多种环境的通用建模框架。...

4710

J. Chem. Theory Comput. | 核酸力场中二面角能量项的通用化开发框架

DrugAI

大规模生物分子体系的精确建模依赖于高质量的力场模型。尽管原子级核酸力场在过去几十年已显著提升,但仍缺乏一个适用于天然及化学修饰核酸、涵盖多种环境的通用建模框架。...

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Design Theory for Relational Databases(关系型数据库)

小陈又菜

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J. Chem. Theory Comput. | 量子时代中化学理解的演化探索

DrugOne

当量子力学步入第二个世纪,理论与计算化学正处于关键的转折点。传统的基于轨道的价键理论、分子轨道理论,以及基于电子密度的框架如密度泛函理论,为化学提供了计算与概念...

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J. Chem. Theory Comput. | 反应机器学习势函数加速有机金属催化剂过渡态搜索与配体筛选

DrugOne

在现代化学工业中,均相有机金属催化剂凭借其反应条件温和、高选择性等优势,广泛应用于有机合成和药物研发等领域,对推动绿色化学发展意义重大。在有机金属催化剂配体筛选...

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J. Chem. Theory Comput. | 从分子力学到量子化学:基于图神经网络的小分子隐式溶剂模型

DrugOne

分子的构象分布受周围环境显著影响,因此准确建模环境效应对于计算研究至关重要。尽管已有少量机器学习(ML)隐式溶剂模型被用于量子化学(QM)计算,但其发展受限于Q...

19510

【操作系统、数学】什么是排队论?如何理解排队论?排队论有什么用处?Queueing Theory?什么是 Little’s Law?

Lokinli

腾讯 | 性能工程 (已认证)

排队论(Queueing Theory)是研究系统中排队现象的数学理论,旨在分析资源分配、服务效率及等待时间等问题。它广泛应用于计算机科学、通信网络、交通规划、...

51710

R语言实现贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析

拓端

贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注,本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数(RQ)中的变量选择,带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯。还包括总结结...

34010

J. Chem. Theory Comput. | 里程碑模拟在药物-靶点动力学中的进展与挑战

DrugOne

今天为大家介绍的是来自美国圣地亚哥加利福尼亚大学Rommie E. Amaro团队的一篇论文。分子动力学模拟在探索复杂的生物过程中已变得不可或缺,但其在捕捉罕见...

32210
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