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由于单细胞数据集中的细胞数量较多，p 值通常变得极其显著，导致许多基因在使用-log10（p 值）时聚集在 y 轴的顶部。🧐
单细胞分析的小伙伴们一定对 Seurat 不陌生，它几乎是所有scRNA-seq入门必备的“瑞士军刀🔪”。
随着单细胞转录组和bulk RNA-seq技术的快速发展，我们获得了前所未有的组织水平基因表达数据。😂
这期我们上新一个小肠瑞士卷🍥实战：基于 Visium HD（FFPE） 的空间转录组。
现在可以寻找单个bin的scRNA-seq的Label与组织结构域identity（BANKSY法）之间的关联。🥸
用Seurat按Visium HD官方流程，完成从多分辨率 bin（8/16 μm）加载 → 归一化 → 下采样 sketch → 全量投影 → 空间聚类（BA...
然后我们使用sctransform对数据进行归一化，并执行标准的scRNA-seq降维和聚类。😛
空间转录组（Spatial Transcriptomics）领域里主流的几类技术路线：👇
随着空间转录组学的发展，我们不仅能看到基因在细胞里表达多少，还能够真正回答这些细胞究竟在哪里的问题。😅
骨关节炎（Osteoarthritis, OA） 不仅仅是“关节的病”，还伴随严重的肌肉萎缩与衰弱💪。这一过程让关节损伤雪上加霜，却一直缺乏明确的机制解释。
我们通过使用plot_similarity（）计算它们的Kendall Rank相关系数来绘制所有参考谱的细胞类型相似性矩阵.
我们将估计限制在6种主要细胞类型上：α、β、δ、γ、腺泡和导管，它们占整个胰岛的 90% 以上。😂
心肌缺血-再灌注损伤（Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury, MIRI） 是心梗治疗中的“隐形杀手”，由于再灌注带来的氧...
GeneNMF 是一个专门针对基因表达数据设计的 非负矩阵分解（NMF） 工具包，旨在从高维组学数据中提取具有生物学意义的基因模块。🧬
EndMT（Endothelial-to-Mesenchymal Transition） 是一种在心血管发育和多种疾病（如动脉粥样硬化、肺动脉高压、心脏纤维化等...
3️⃣ 第三部分是可视化miRNA介导的细胞间通讯网络和miRNA-靶点相互作用网络。
该研究开发了一种机械力触发自组装的中草药水凝胶（hydrogel），用于伤口愈合。
看现在的趋势，未来python可能才是未来，R再不做出改变就要被取代了。🙂↕️
最近做这些富集分析实在太烦了，我就自己写了2个函数，run_enrichment_all()和plot_enrichment_all()。😂
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