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#pca

R语言主成分PCA、因子分析、聚类对地区经济研究分析重庆市经济指标

拓端

建立重庆市经济指标发展体系,以重庆市一小时经济圈作为样本,运用因子分析方法进行实证分析,在借鉴了相关评价理论和评价方法的基础上,本文提取出经济规模、人均发展水平...

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PCA没有明显分层GWAS分析还用考虑吗?

邓飞

大家好,我是邓飞,最近星球的小伙伴问了一个问题,PCA图显示没有明显的分层,K值也没有明显拐点,GWAS分析还用考虑吗?PCA图如下:

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R语言主成分分析(PCA)葡萄酒可视化:主成分得分散点图和载荷图

拓端

数据包含177个样本和13个变量的数据框;vintages包含类标签。这些数据是对生长在意大利同一地区但来自三个不同栽培品种的葡萄酒进行化学分析的结果:内比奥罗...

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公司标准分析报告如何发Q1且IF 5+文章?

生信技能树

取样为 来自 自5个妊娠期糖尿病患者和匹配的5个对照组的皮下和大网膜脂肪组织(AT),展示了这10个patient的一些年龄、BMI、胰岛素等指标。

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在什么情况下癌症样本与正常样本是分不开的呢?

生信技能树

今天遇到的数据集合为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236,数据情况如下:

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Python时空图神经网络ST-GNNs-PCA嵌入交通数据预测可视化及KPCA核主成分分析汽油精制应用实例

拓端

本研究横跨交通预测与汽油精制两大领域,PCA 嵌入在其中均扮演着核心角色,我们旨在通过深入探索与研究,全面展示 PCA 嵌入在不同复杂系统中的卓越性能与广泛应用...

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人工智能大模型会以为是错误的PCA图

生信技能树

可以看到, 其中control样品,就是 5 healthy tissue samples,在层次聚类热图里面确实是5个样品,在pca图里面也是5个小点,然后有...

4500

两种让你的样品分组看起来更为合理的方法

生信技能树

无论是上面的pca还是接下来PLS-DA 都是基于表达量矩阵,但是这个时候样品是行,基因是列信息,也就是说我们之前的常规的表达量矩阵被转置了哦,如下所示:

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用 PCA 探索数据分类的效果(使用 Python 代码)

统计学家

我们先从理论开始。我不会深入讲解太多细节,因为如果你想了解 PCA 的工作原理,有很多很好的资源^2^3。重要的是要知道 PCA 是一种降维算法。这意味着它用于...

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PCA分析给出每个主成分的解释百分比

邓飞

很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。

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plink分析二分类性状的GWAS

邓飞

二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。

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GEO图表介绍

生信菜鸟团

#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log,如果没去过,要记得计算log(否则会导致logFC值过大)

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RunTSNE二维及三维结果可视化

生信技能树jimmy

在单细胞PCA降维结果理解以及细胞聚类分群及其可视化中,除了有PCA以及聚类分群结果的可视化以外,都展示了一下UMAP图

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单细胞PCA降维结果理解

生信技能树jimmy

在上一期推文单细胞数据标准化及高变基因鉴定里面有整理单细胞下游分析基本流程及使用到的函数

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如何去掉数据中的离群样本?

生信菜鸟团

我们可以看到有几个样本很明显散在椭圆之外,我们现在通过第一次pca分析的结果将其删除,看是否会对后续的分析有影响。

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多分组表达量矩阵的层次聚类和组合pca分析

生信菜鸟团

上面的结果通常是ensembl数据库的id,需要转换为人类可以看得懂的symbol名字。

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单细胞+bulkRNA分析前列腺癌中巨噬细胞相关基因

生信菜鸟团

英文标题:Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by in...

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Python 离群点检测算法 -- PCA

数据STUDIO

高维数据集是指包含大量变量的数据集,也称为 "维度诅咒",通常给计算带来挑战。尽管大功率计算在某种程度上可以处理高维数据,但在许多应用中,仍有必要降低原始数据的...

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使用Python实现主成分分析(PCA)

Echo_Wish

主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)是一种常用的降维技术,它通过线性变换将原始数据映射到一个新的坐标系中,使得数据在新...

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【GEE】基于PCA的LANDSAT 8计算遥感生态指数(RSEI)

Twcat_tree

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