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因为学习新技能,怎么样都要遇到问题并解决问题的,英文的报错信息更容易搜索得到答案,而中文的就不怎么好搜。mac的同学就不用看了,默认就是英文的,不用设置。 而天...
细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个,我们习惯使用的R包是CellChat。
可以看到,这个时候已经是有了 M1 macrophages, natural killer T (NKT) cells, plasma cells 这样的单细...
其实这样的笑话在单细胞数据挖掘文章里面层出不穷,比如另外一个数据挖掘文章;《Identification of Five Hub Genes Based on ...
研究者们在GEO数据库是有数据分享:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE182923
数据集是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33113
由于最近学习多组学方向的思路,顺便随手将以前整理的资源进行了翻阅,发现了非常多好东西,~本次分享的文献是一篇极好的学习scRNA-Seq与scATAC-Seq组...
如下所示是的降维聚类分群和命名,很明显的可以看到髓系免疫细胞里面的巨噬细胞和树突细胞的比例是有问题的,而且那些高表达量基因明明是单核细胞的并不是树突细胞的 :
A2:BiocManager::install("GenomeInfoDbData") 安装提示信息里的R包,缺失哪个包报错就用这个命令装对应的包
忽略提示。先从第一行开始,一行行run,每run一行观察左下角窗口的输出信息,没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
对大家来说,耳熟能详的软件就是 MaxQuant 啦,在综述文章《Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Ba...
上课有给练习服务器账号,后续会通知。第三周上课会讲到服务器相关的知识,到时候你先用我们提供的服务器账号进行练习,等上完课后,再用自己的账号去处理真实项目数据。
但是蛋白质组数据库并不是蛋白质数据库,主要是ProteomeXchange联盟,它是一个开放的、公共的数据存储平台,专门用于存储和共享质谱(MS)数据。它由多个...
其中附件有一张图是男性和女性的乳腺癌患者肿瘤细胞表达量差异基因的代谢通路打分后的差异热图,如下所示:
哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院(Columbia University Mailman School of Public Health)的 Wenpin Hou...
我们之所以要对两个表达量矩阵做去除批次效应的处理,就是因为两个表达量矩阵的取值范围就不一样,而且每个矩阵内部的每个样品或者每个基因的分布范围也不一样,做去除批次...
这两个数据集分别是人和鼠的SMC异质性探索的,文献标题是:《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State Du...
我们分享了一个案例,就是GSE30122这个数据集的作者给出来的表达量矩阵是被zscore的,所以我们可以下载它的cel文件自己制作表达量矩阵,详见:
看到了2023发表在NC杂志的男性乳腺癌患者的单细胞转录组图谱文章,标题是:《Single-cell transcriptome analysis indica...
假如你不使用bioconductor的镜像但是你又在中国大陆地区,就会遇到下面的报错;
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