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这里将transcript-level表达矩阵转为gene-level的矩阵,使用的是R包 tximport,学习链接:https://bioconductor...
文章对应的数据为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173682,作者针对每个样本进行...
简单的搜了一下相关资料,发现这个软件不需要经过比对就可以直接进行转录本层面的定量,于2016年5月份发表在Nat Biotechnol(IF=33.1),标题为...
代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗?这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源!
最近,《Cell》杂志发布了“2024年度最佳论文集锦集”,该特辑精选了从2023年底至2024年底在Cell上发表的最激动人心的研究成果,共收录了15篇论文,...
这幅图来自 2024 年 6 月份发表在 Int J Mol Sci杂志上的文献:《Novel AT2 Cell Subpopulations and Diag...
他的数据截图如下:眼尖的同学肯定一眼就能看出来问题在哪,这个也在我们前面的帖子中提到过:驴的单细胞数据基因ID如何转换?,去这个帖子中看看是怎么回事吧!
使用关键词在微信搜索中查找:MSigDB数据库糖代谢相关基因。搜到一篇 2022 年 10 月发表在 Frontiers in Endocrinology 杂志...
关于可不可以用差异基因进行GSEA分析,我们前面讨论过:IF10+杂志文章只用统计学显著的差异基因做GSEA就合理吗?
要使用这个包,肯定还是需要对这个 msigdb 数据库有一定的背景知识了解,我们去官网看看现在都更新了哪些基因集合。
这个数据集包括了46例样本,35个 药物 non-responder 和 11 个 responder。
简单学习一下这个数据库的背景知识,问kimi:介绍一下arrayexpress数据库,它与GEO数据库相比有什么不同?
问kimi(https://kimi.moonshot.cn/):人类基因名字里面的:mitochondria(50 genes), heat-shockpro...
发现了一些细微差异,read10x函数接受gz格式结尾的,但是他目录中的没有gz结尾,可能问题就出现在这里。但是我很好奇,这三个文件也明明是10x官方提供的数据...
在开始使用具体的数据进行查看之前,我们来问问人工智能大模型会给出一个什么样的答案。问:miRNA体外诊断试剂盒性能怎么样?kimi:https://kimi.m...
文章标题:Effects of transcriptional noise on estimates of gene and transcript expres...
前面我们已经给大家介绍过来自 nature communications 杂志的高颜值小提琴图:《NC杂志同款高颜值小提琴图》以及《nature communi...
今天给大家介绍一款新鲜出炉的基准测试类文章,于2025年1月发表在预印本biorxiv上,标题为:《Benchmarking of automated canc...
全称:操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)
使用geom_segment添加棒棒图的棒子,geom_point添加棒棒图上面的圈圈,geom_text_repel添加对应的文字
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