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SCpubr：一个单细胞数据绘图大全的R包
final
legend
sample
数据
图表
学习网址：https://enblacar.github.io/SCpubr-book-v1/
生信技能树
2025-04-18
50
0
scATAC-seq分析之CellRanger-ATAC定量
数据分析
https
cell
chromium
数据
现在来看看上游 cellranger atac定量吧，下次再看实验原理，再下次就看文献中的应用！
生信技能树
2025-04-18
54
0
python版本单细胞数据基因集打分并可视化
数据库
函数
可视化
数据
python
单细胞数据的不同基因集打分有非常广泛的应用，比如文献《Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury》展示了6个基因集在不同细胞亚群中的打分小提琴图：
生信技能树
2025-04-16
89
0
高分杂志同款单细胞堆叠小提琴图：Mol Ther（IF=12.4/Q1）
对象
函数
集合
排序
数据
今天来看看如何使用堆叠小提琴图展示你的特征基因，这个需求在单细胞分析中也是非常常见。图来自文献《Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury》，于2023年10月4号发表在Mol Ther（12.4/Q1）。
生信技能树
2025-04-15
113
0
单细胞数据重新挖掘会有什么意外惊喜吗？（IF=12.4/Q1）
int
编码
集合
技巧
数据
今天分享的一篇文章，本来是看看肾脏组织中的各种上皮细胞的分类，但是注释的时候却有个小插曲，下面来看看~
生信技能树
2025-04-14
79
0
单细胞表达量矩阵读取后居然是一个长度为3的list对象
数据
数据分析
data
list
对象
发来的数据集为 GSE243665：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243665
生信技能树
2025-04-13
36
0
SpaGene：识别空间模式与配受体共定位
编码
量化
数据
网络
原理
SpaGene 是一种新型的空间组学分析方法，无需依赖模型，能够快速在大规模空间组学研究中识别空间模式。它在分析模拟数据和真实空间转录组学数据时表现优于现有方法，具有更强的分析能力和可扩展性。SpaGene 不仅可以重建未观察到的组织结构，还能通过共定位发现配体 - 受体相互作用，为研究细胞间的相互作用提供了有力工具。原理如下：
生信技能树
2025-04-13
96
0
中性粒细胞的质量值到底是多低呢？
cell
int
label
对象
数据
今天来看看一篇文献中使用BD单细胞测序技术，鉴定到的一大群中性粒细胞，这就来分析看看！多一点对中性粒细胞的实际认知~
生信技能树
2025-04-11
44
0
在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（六）：差异 peaks 分析
数据分析
https
教程
软件
数据
本帖子学习资源：https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/
生信技能树
2025-04-10
146
0
做单细胞和空转必须了解的AnnData数据结构
对象
可视化
数据
数据结构
pca
图解如下：https://anndata.readthedocs.io/en/stable/index.html
生信技能树
2025-04-09
161
0
一篇新鲜出炉IF10+Q1的空间转录组数据挖掘文章
基础
数据
数据挖掘
数据分析
image
Note：这个地方文章中其实还缺少一块，没有提到数据是否进行了整合分析以及是否去批次。文章提供的代码是没有合并在一起分析的，但是文章的空转的图又都是使用同一个cluster编号表示聚类结果（先不管了）
生信技能树
2025-04-07
141
0
空间转录组数据注释分析：RCTD反卷积(Nature Biotechnology IF: 33.1)
cell
int
对象
教程
数据
本次使用数据为 hippocampus Visium 数据，首先，使用一个已经注释好的单细胞数据海马体数据集对空间数据用RCTD进行细胞注释，然后做区域差异表达分析
生信技能树
2025-04-06
100
0
巨噬细胞的Marker基因
https
architecture
cell
com
marker
髓系分类结果中的巨噬/单核结果：这里面就有组织驻留特异性巨噬细胞 alveolar macrophages
生信技能树
2025-04-05
121
0
做跟随式的科研有意义吗？（原文来自于章冰（美国贝勒医学院））
模型
数据
网络
系统
基础
跟随研究（或称为“Me-Too”研究）通常指的是在已有研究基础上进行的模仿或扩展工作。这类研究在科学进步中扮演着复杂的角色，既有积极的一面，也有潜在的消极影响 ：
生信技能树
2025-04-04
61
0
一个成年小鼠大脑的scATAC-seq：Signac
数据
object
对象
函数
可视化
scATAC-seq用的最多的包就是Signac包了，这个包来自Seurat包的扩展，分析步骤等跟Seurat非常像，下面来看看。
生信技能树
2025-04-04
100
0
空间转录组数据注释分析：Cell2location反卷积(Nature Biotechnology IF: 33.1)
模型
软件
数据
cell
可视化
这个方法需要性能比较高的计算资源配置，如果有GPU显卡会大大的缩短运行建模的时间，如果你没有，可以考虑生信技能树的共享服务器，只要800一年，内存2T，配置20G显卡，购买详情可看：满足你生信分析计算需求的低价解决方案
生信技能树
2025-04-02
152
0
顶刊杂志Nat Med.(IF=58.7)同款GSVA打分结果可视化
plot
可视化
入门
数据
nat
这个打分的双向条形图我印象中最深的是他出现在2018年8月24发表在顶刊杂志Nat Med.(IF=58.7)中，文献的标题为《Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment》，长得很好看：
生信技能树
2025-04-01
115
0
一个PBMC的scATAC-seq基础分析：Signac
函数
基础
可视化
数据
对象
scATAC-seq用的最多的包就是Signac包了，这个包来自Seurat包的扩展，分析步骤等跟Seurat非常像，下面来看看。学习官网为：
生信技能树
2025-03-31
78
0
在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（五）：peaks质控 & peaks 注释
数据分析
amp
教程
连接
数据
本帖子学习资源：https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/
生信技能树
2025-03-31
77
0
count转TPM/FPKM实战（GSE229904）
数据库
count
函数
软件
数据
接下来是对学员的答疑部分，学员提了一个问题，他想知道怎么将我们的count值进行标准化转为tpm和fpkm值。我们技能树对这个转换已经介绍过非常多次啦：
生信技能树
2025-03-29
195
0
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