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生信技能树

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单细胞h5ad转成seurat对象后metadata信息丢失怎么办?(GSE156625)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE156625,下载下面的几个文件:
生信技能树
2025-03-20
270
4个NC杂志的空间转录组数据分析(GSE190811)
GSE190811 这个数据来自2022年11月10号发表在NC杂志上,标题为《Single cell profiling of primary and paired metastatic lymph node tumors in breast cancer patients》,文章仅用这个数据绘制了一幅图:上皮细胞的特征基因在空间切片上的打分分布。
生信技能树
2025-03-19
1130
单细胞的这种命名方式可取吗?
今天又来学习一篇单细胞数据文章,标题为《Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptomes to Identify a Poor Prognostic Tumor Subgroup to Predict the Prognosis of Patients with Early-stage Lung Adenocarcinoma》,这篇文献于2025年1月21号发表在J Cancer杂志上。
生信技能树
2025-03-17
230
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(六)|| 单细胞第一次注释
作者的注释策略也比较复杂,我们先来看看使用常规的细胞已知marker尝试进行第一次注释。图中的细胞类型名称有:
生信技能树
2025-03-17
930
ATACseq 数据分析全流程实战(三):课后习题
本帖子学习资源:https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/
生信技能树
2025-03-17
600
这种明显错误的单细胞数据分析结果也能发文章吗?
今天看的这篇文章,于2023年10月25号发表在scientific reports 杂志上,标题为《Construction and validation of a novel prognostic model of neutrophil‑related genes signature of lung adenocarcinoma》,其中单细胞部分的分析使用的公共数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE131907,提取了其中11个 primary LUAD 样本进行分析。
生信技能树
2025-03-17
550
python单细胞学习笔记-day7
今天继续学习视频:python_day6剩余部分和python_day7视频 !一口气学完吧!
生信技能树
2025-03-17
820
在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战(二)
在ATAC-seq中,可以检查比对上的reads在染色体上的分布情况,使用idxstatsBam()函数来检查每个染色体上比对上的reads数量。
生信技能树
2025-03-14
810
在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战(一)
前面我们给大家介绍了非常好的 ATACseq数据分析 pipeline指导综述:综述:ATAC-Seq 数据分析工具大全。
生信技能树
2025-03-14
550
创建Seurat对象时忽略的两个参数竟然有这样的功能?
我分析的单细胞数据为急性肾功能损伤的组织样本,共13个样本。数据下载链接:https://ngdc.cncb.ac.cn/omix/release/OMIX004421
生信技能树
2025-03-14
820
图解NumPy包一文就够了(2025版)
关于python学习的环境搭建,推荐:vscode + jupter + 服务器,可以随便搜一个教程安装一下~这里不再描述。
生信技能树
2025-03-12
1540
展示你的特征基因:带"辣椒粉"的markers基因umap图
今天来看看如何展示你的特征基因,这个需求在单细胞分析中非常常见。图来自文献《The aged tumor microenvironment limits T cell control of cancer》,于2024年6月25日发表在Nat Immunol杂志上(IF27.8)。如下:
生信技能树
2025-03-11
1060
又一篇单基因的单细胞数据挖掘思路
单个基因在单细胞里面如何分析呢? 这篇帖子中 探讨了 关键基因 CCL2 在单细胞中的表达,并以其表达与否将细胞分成了 CCL2+ 细胞和 CCL2-细胞,并展示了这两种细胞中不同的其他细胞类型比例,结果认为 CCL2+ 细胞主要在巨噬细胞中表达(占比高),但是这个结论是有问题的!讨论的精华点就在视频最后几分钟,感兴趣的朋友可以再去看看:
生信技能树
2025-03-10
950
首篇TCellAtlas 数据库以及T细胞自动注释工具 STCAT
可以按照组织,疾病,收录的项目Project等下载,下载还提供了两种 原始的count.h5ad 以及带有数据处理和注释的 h5ad,真的太棒啦!
生信技能树
2025-03-10
1930
scanpy读取空转Visum HD数据&基础分析
上一期我们学习了使用python读取单细胞和空转数据(10X visum低分辨率):
生信技能树
2025-03-06
1140
python读取空间转录组数据
上一期我们学习了使用python读取不同的单细胞数据:python版读取不同的单细胞数据格式(单样本与多样本),今天来看看使用python读取空间转录组的数据。
生信技能树
2025-03-06
650
Science杂志:富集结果条形图还可以聚类吗?
含义:作者对一组基因 PDAC KRAS-ERK UP essential genes 进行KEGG,GOBP,GOCC 以及 REACTOME 进行 ORA 功能富集分析,根据富集的 pvalue 和 logFC 对通路进行聚类( (? 这个聚类指标很迷惑,图中横坐标展示的是log2FC,但 ORA 富集结果没有这个指标,所以这里我用的-log10(adj. p-val), 故本次绘图的通路聚类在本文中没有特殊含义,纯代码技巧)。
生信技能树
2025-03-04
760
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(五)|| 数据合并, 标准化、特征选择以及聚类
今天继续来学习他的代码wiki上的:https://github.com/RegnerM2015/scENDO_scOVAR_2020/wiki
生信技能树
2025-03-03
630
可以质疑来自哈佛医学院的顶刊Cell结果吗?
最早看到这篇文章在某公众号:发现Cell文章“造假”,怎么办??。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题,下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢!!!
生信技能树
2025-03-03
350
一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战(二)
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述:综述:ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC:更新和优化的ATAC-seq协议(NatProtoc),我们今天就来实战介绍!
生信技能树
2025-02-28
1200
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