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单细胞h5ad转成seurat对象后metadata信息丢失怎么办？(GSE156625)
conda
metadata
对象
软件
数据
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE156625，下载下面的几个文件：
生信技能树
2025-03-20
27
0
4个NC杂志的空间转录组数据分析(GSE190811)
数据分析
image
spatial
数据
json
GSE190811 这个数据来自2022年11月10号发表在NC杂志上，标题为《Single cell profiling of primary and paired metastatic lymph node tumors in breast cancer patients》，文章仅用这个数据绘制了一幅图：上皮细胞的特征基因在空间切片上的打分分布。
生信技能树
2025-03-19
113
0
单细胞的这种命名方式可取吗？
数据分析
data
int
table
数据
今天又来学习一篇单细胞数据文章，标题为《Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptomes to Identify a Poor Prognostic Tumor Subgroup to Predict the Prognosis of Patients with Early-stage Lung Adenocarcinoma》，这篇文献于2025年1月21号发表在J Cancer杂志上。
生信技能树
2025-03-17
23
0
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(六)|| 单细胞第一次注释
数据
学习笔记
github
cell
int
作者的注释策略也比较复杂，我们先来看看使用常规的细胞已知marker尝试进行第一次注释。图中的细胞类型名称有：
生信技能树
2025-03-17
93
0
ATACseq 数据分析全流程实战（三）：课后习题
索引
数据分析
cycle
排序
数据
本帖子学习资源：https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/
生信技能树
2025-03-17
60
0
这种明显错误的单细胞数据分析结果也能发文章吗？
数据
数据分析
data
table
编码
今天看的这篇文章，于2023年10月25号发表在scientific reports 杂志上，标题为《Construction and validation of a novel prognostic model of neutrophil‑related genes signature of lung adenocarcinoma》，其中单细胞部分的分析使用的公共数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE131907，提取了其中11个 primary LUAD 样本进行分析。
生信技能树
2025-03-17
55
0
python单细胞学习笔记-day7
视频
数据
学习笔记
python
可视化
今天继续学习视频：python_day6剩余部分和python_day7视频 ！一口气学完吧！
生信技能树
2025-03-17
82
0
在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（二）
索引
数据分析
对象
函数
数据
在ATAC-seq中，可以检查比对上的reads在染色体上的分布情况，使用idxstatsBam()函数来检查每个染色体上比对上的reads数量。
生信技能树
2025-03-14
81
0
在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（一）
教程
数据
索引
数据分析
https
前面我们给大家介绍了非常好的 ATACseq数据分析 pipeline指导综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全。
生信技能树
2025-03-14
55
0
创建Seurat对象时忽略的两个参数竟然有这样的功能？
txt
对象
函数
数据
data
我分析的单细胞数据为急性肾功能损伤的组织样本，共13个样本。数据下载链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/omix/release/OMIX004421
生信技能树
2025-03-14
82
0
图解NumPy包一文就够了（2025版）
机器学习
numpy
data
数组
音频
关于python学习的环境搭建，推荐：vscode + jupter + 服务器，可以随便搜一个教程安装一下~这里不再描述。
生信技能树
2025-03-12
154
0
展示你的特征基因：带"辣椒粉"的markers基因umap图
element
plot
对象
数据
图表
今天来看看如何展示你的特征基因，这个需求在单细胞分析中非常常见。图来自文献《The aged tumor microenvironment limits T cell control of cancer》，于2024年6月25日发表在Nat Immunol杂志上（IF27.8）。如下：
生信技能树
2025-03-11
106
0
又一篇单基因的单细胞数据挖掘思路
table
视频
数据
数据挖掘
int
单个基因在单细胞里面如何分析呢？ 这篇帖子中 探讨了 关键基因 CCL2 在单细胞中的表达，并以其表达与否将细胞分成了 CCL2+ 细胞和 CCL2-细胞，并展示了这两种细胞中不同的其他细胞类型比例，结果认为 CCL2+ 细胞主要在巨噬细胞中表达（占比高），但是这个结论是有问题的！讨论的精华点就在视频最后几分钟，感兴趣的朋友可以再去看看：
生信技能树
2025-03-10
95
0
首篇TCellAtlas 数据库以及T细胞自动注释工具 STCAT
工具
工作
数据
数据库
自动化
可以按照组织，疾病，收录的项目Project等下载，下载还提供了两种 原始的count.h5ad 以及带有数据处理和注释的 h5ad，真的太棒啦！
生信技能树
2025-03-10
193
0
scanpy读取空转Visum HD数据&基础分析
基础
教程
可视化
配置
数据
上一期我们学习了使用python读取单细胞和空转数据（10X visum低分辨率）：
生信技能树
2025-03-06
114
0
python读取空间转录组数据
软件
数据
python
data
教程
上一期我们学习了使用python读取不同的单细胞数据：python版读取不同的单细胞数据格式（单样本与多样本），今天来看看使用python读取空间转录组的数据。
生信技能树
2025-03-06
65
0
Science杂志：富集结果条形图还可以聚类吗？
数据库
表格
技巧
排序
数据
含义：作者对一组基因 PDAC KRAS-ERK UP essential genes 进行KEGG，GOBP，GOCC 以及 REACTOME 进行 ORA 功能富集分析，根据富集的 pvalue 和 logFC 对通路进行聚类（ (? 这个聚类指标很迷惑，图中横坐标展示的是log2FC，但 ORA 富集结果没有这个指标，所以这里我用的-log10(adj. p-val), 故本次绘图的通路聚类在本文中没有特殊含义，纯代码技巧）。
生信技能树
2025-03-04
76
0
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(五)|| 数据合并, 标准化、特征选择以及聚类
meta
可视化
数据
github
data
今天继续来学习他的代码wiki上的：https://github.com/RegnerM2015/scENDO_scOVAR_2020/wiki
生信技能树
2025-03-03
63
0
可以质疑来自哈佛医学院的顶刊Cell结果吗？
matrix
数据
数据分析
cell
file
最早看到这篇文章在某公众号：发现Cell文章“造假”，怎么办？？。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题，下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢！！！
生信技能树
2025-03-03
35
0
一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（二）
数据分析
https
工具
论文
数据
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC：更新和优化的ATAC-seq协议（NatProtoc），我们今天就来实战介绍！
生信技能树
2025-02-28
120
0
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