在人工智能与机器学习蓬勃发展的当下，数据处理成为关键环节。高维数据在带来丰富信息的同时，也引入了计算复杂度高、过拟合风险增大以及数据稀疏性等难题。降维算法应运而...

群体遗传学中常用的三大分析工具：主成分分析（PCA）、Admixture分析和进化树（Phylogenetic Tree），它们在分析基因型数据时各有侧重，互为...

随手一搜，找到一个帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/12861008987#:~:text=%E4%BD%BF%E7%94%A8%...

建立重庆市经济指标发展体系，以重庆市一小时经济圈作为样本，运用因子分析方法进行实证分析，在借鉴了相关评价理论和评价方法的基础上，本文提取出经济规模、人均发展水平...

大家好，我是邓飞，最近星球的小伙伴问了一个问题，PCA图显示没有明显的分层，K值也没有明显拐点，GWAS分析还用考虑吗？PCA图如下：

数据包含177个样本和13个变量的数据框；vintages包含类标签。这些数据是对生长在意大利同一地区但来自三个不同栽培品种的葡萄酒进行化学分析的结果：内比奥罗...

取样为 来自 自5个妊娠期糖尿病患者和匹配的5个对照组的皮下和大网膜脂肪组织（AT），展示了这10个patient的一些年龄、BMI、胰岛素等指标。

今天遇到的数据集合为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236，数据情况如下：

本研究横跨交通预测与汽油精制两大领域，PCA 嵌入在其中均扮演着核心角色，我们旨在通过深入探索与研究，全面展示 PCA 嵌入在不同复杂系统中的卓越性能与广泛应用...

可以看到， 其中control样品，就是 5 healthy tissue samples，在层次聚类热图里面确实是5个样品，在pca图里面也是5个小点，然后有...

无论是上面的pca还是接下来PLS-DA 都是基于表达量矩阵，但是这个时候样品是行，基因是列信息，也就是说我们之前的常规的表达量矩阵被转置了哦，如下所示：

我们先从理论开始。我不会深入讲解太多细节，因为如果你想了解 PCA 的工作原理，有很多很好的资源^2^3。重要的是要知道 PCA 是一种降维算法。这意味着它用于...

很多软件可以分析PCA，这里介绍一下使用plink软件和R语言，进行PCA分析，并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。

二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。

#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log，如果没去过，要记得计算log（否则会导致logFC值过大）

在单细胞PCA降维结果理解以及细胞聚类分群及其可视化中，除了有PCA以及聚类分群结果的可视化以外，都展示了一下UMAP图

在上一期推文单细胞数据标准化及高变基因鉴定里面有整理单细胞下游分析基本流程及使用到的函数

我们可以看到有几个样本很明显散在椭圆之外，我们现在通过第一次pca分析的结果将其删除，看是否会对后续的分析有影响。

上面的结果通常是ensembl数据库的id，需要转换为人类可以看得懂的symbol名字。

英文标题：Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by in...