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#methods

Nat. Methods | scNET:跨越细胞与基因的鸿沟,用蛋白互作网络解码单细胞表达图谱

DrugAI

近年来,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的快速发展为解析组织异质性提供了前所未有的视角。然而,仅依赖基因表达数据难以全面捕捉细胞通路和复合物的变化,这...

7610

超过3000万细胞20,000个基因的人类细胞形态全基因组图谱 | Nat.Methods

生信菜鸟团

◉ 这是 PERISCOPE 筛选的实验流程。◉ 这是五种表型染色和荧光 ISS 的示例图像。◉ 这是一个示意图,展示了消色策略,以便在表型染色的荧光成像后进行...

4900

DNA语言基础模型,从DNA序列中准确预测分子表型 | Nat.Methods

生信菜鸟团

- 图片说明- a,b,NT训练概述(a)及其通过微调在下游基因组预测任务中的应用(b)。通过探测进行的下游任务预测类似,但没有NT中的重新缩放权重。c,NT模...

14210

整合性地绘制人类炎症和癌症中的CD8+ T细胞图谱 | Nature Methods

生信菜鸟团

- 图片说明- a,生成包含配对转录组和TCR信息的泛疾病CD8+ T细胞图谱所用分析工作流程的示意图概述。该图谱整合了八种主要疾病类型,包含了使用原始研究中的...

20510

Nat. Methods | Foldseek-Multimer:快速且高灵敏度的蛋白质复合物比对方法

DrugAI

随着计算结构预测技术的发展,目前可用的蛋白质复合物结构数量将大幅增加。要从这些数据中提取有价值的发现,必须对蛋白质复合物进行比对,但这在计算上极具挑战性。Fol...

9510

生信程序 | 基因水平的单细胞轨迹对齐 | Nat.Methods |

生信菜鸟团

- 图片说明- a,对已发表的时间序列数据集中的小鼠骨髓来源树突状细胞进行G2G比对,这些细胞分别受到PAM(参考)或LPS(查询)刺激。- b,基于99个‘核...

8610

Nat. Methods|Nucleotide Transformer:人类基因组大模型新突破

实验盒

近年来,自然语言处理(NLP)领域的快速发展为生物信息学带来了新的研究工具,尤其是大语言模型(如BERT、GPT)在蛋白质结构预测和基因调控分析中的成功应用,揭...

17110

计算视觉 | Nat.Methods | 一个用于跨九种模态的生物医学对象联合分割、检测和识别的基础模型

生信菜鸟团

错误!!! - 待补充 [ul]- In each iteration i, we aggregate a batch from K mini-batches ...

8700

Nature Methods|可解释机器学习在计算生物学中的应用与陷阱

实验盒

Chen, Valerie, et al. "Applying interpretable machine learning in computational ...

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Nat Methods评论|利用人工智能预测一般生物分子的相互作用

智药邦

2024年8月9日,来自韩国首尔国立大学生物科学学院的Minkyung Baek在Nature Methods上发表文章Towards the predicti...

12010

使用基于语言模型的深度学习方法进行准确的 RNA 三维结构预测 | Nat.Methods

生信菜鸟团

11910

Nat. Methods | 细胞成像领域,回望Cell Painting的前十年

DrugAI

今天为大家介绍的是来自美国Broad研究所中Anne E. Carpenter团队的一篇论文。现代定量图像分析技术已经使高通量、高内涵成像实验成为可能。与传统高...

9500

Nat. Methods | 用AI解读DNA,InstaDeep和英伟达联合推出DNA序列预训练模型

DrugAI

今天为大家介绍的是来自InstaDeep公司和英伟达公司的一篇论文。从DNA序列中预测分子表型一直是基因组学中的一个长期挑战,通常由于注释数据的有限性和在不同任...

18210

Nat Methods|用AI革新冷冻电镜三维重建,实现结构生物学重大突破

智药邦

在科研领域,常常会有某些技术因其突破性进展而成为时代的焦点,荣获2017年诺贝尔化学奖的冷冻电镜 (Cryo-EM) 正是这样的技术之一。比如,依托冷冻电镜技术...

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Nat. Methods | 压缩比高达10^48!清华药学院张数一团队仅用82个“锚点”即可表示高适应度序列空间

DrugAI

今天为大家介绍的是来自清华大学药学院张数一团队的一篇论文。设计功能更强大的蛋白质需要深入了解序列与功能之间的关系,但这个关系空间范围庞大,难以探索。因此,通过识...

12210

多态实质

洪移潮

其中 ToString() 和 父级的名称 入参都相同, o.ToString() 调用的是 哪个方法?

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Nat. Methods | 基于单细胞RNA测序的植入前小鼠和人类胚胎深度学习模型

DrugAI

Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on ...

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Nat. Methods | SurfDock:利用表面信息的扩散生成模型实现蛋白质-配体复合物结构精准预测

DrugAI

理解蛋白-配体相互作用是分子生物学和生物化学的基础。从酶催化到信号传导,这些相互作用构成了众多细胞过程的核心。对蛋白-配体相互作用的深入理解对基于结构的药物设计...

16310

招聘 | 德克萨斯大学西南医学中心王涛实验室生物信息学与计算生物学博士后研究员

DrugAI

The University of Texas Southwestern Medical Center (UTSW) is an elite research ...

6210

Nat. Methods | 新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化图谱”

DrugAI

癌症的进展由体细胞突变和染色质重塑共同驱动,包括核苷酸变异(SNV)、体细胞拷贝数变异(CNA)和大规模结构变异等。对批量肿瘤或分离单细胞中的体细胞突变进行测序...

11910
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