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Nat. Methods | GLYCAM-Web生成复杂碳水化合物三维结构模型

DrugAI 3天前2026-03-30 18:52:38

碳水化合物在生物体系中发挥着关键作用，但由于其高度分支结构和复杂构象，自由构建三维模型一直具有较高难度。研究人员开发并更新了 GLYCAM-Web 平台，用于自...

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Nat. Methods | 利用单一深度学习模型整合多碎裂策略，提高LC-MS蛋白质组检测覆盖度

DrugAI 3天前2026-03-30 18:50:42

在基于液相色谱-质谱联用（LC-MS）的蛋白质组学研究中，碎裂方式直接影响肽段鉴定的数量和质量。不同碎裂技术能够提供互补信息，但在实际实验中往往需要分别采集和分...

9710

Nat. Methods | AI生物计算智能体可自主挖掘生物学新发现

DrugAI 3天前2026-03-30 18:45:52

现代生物学研究越来越依赖高维度数据，例如单细胞RNA测序数据，这类数据包含大量潜在的生物学信息，但同时也带来了巨大的分析复杂度。由于可能的分析路径数量庞大，研究...

14110

Nat. Methods | 高精度从头基因注释的新一代人工智能方法

DrugAI 3天前2026-03-30 18:42:54

基因注释是理解基因组序列功能的关键步骤，但现有方法在处理复杂的基因进化模式和长距离序列依赖时仍存在明显局限。研究人员提出ANNEVO，一种基于混合专家架构的基因...

7010

Nat. Methods | AF2BIND: 利用AlphaFold2配对表示预测小分子结合位点

DrugAI 3天前2026-03-30 18:39:38

在蛋白质结构中准确识别小分子结合位点是药物发现的重要任务。然而，真正意义上的从头结合位点预测仍然具有挑战性。研究人员提出AF2BIND模型，该方法利用Alpha...

16710

Nat. Methods | 迈向统一框架: 精准解析无序蛋白构象系综的新方法

DrugOne 8天前2026-03-25 16:58:42

无序蛋白在细胞中发挥着广泛而重要的功能，但由于其高度动态和结构异质性，对其结构进行精确表征一直是结构生物学中的重大挑战。本文提出了一项由研究社区推动的倡议，旨在...

7010

Cell Rep. Methods | MViewEMA: 面向蛋白质复合物结构的单模型全局精度估计方法

DrugOne 8天前2026-03-25 16:57:15

随着AlphaFold等深度学习结构预测方法的快速发展，蛋白质结构预测能力正在不断迈向更高精度。然而，在实际应用场景中，一个愈发关键的问题也随之浮现：当前的瓶颈...

6810

Nat. Methods | DECODE: 统一多组学去卷积的深度学习框架，打破转录组、蛋白组与代谢组壁垒

DrugAI 30天前2026-03-03 17:51:27

细胞比例的精确估计是理解组织功能、疾病进展及群体差异的关键环节。尽管现有去卷积方法已广泛应用于转录组数据，但多数算法高度依赖特定组学类型，难以扩展至蛋白组和代谢...

15520

Nat. Methods | 樊荣团队开发基于成像和测序的空间多组学方法DBiTplus，实现同一组织切片的单细胞空间转录组与蛋白质分析

DrugOne 2026-01-282026-01-28 14:47:36

单细胞技术正以迅猛的发展势头被生命科学研究广泛运用，但存在缺乏空间背景信息的局限性，空间组学的出现解决了这一问题。在空间组学技术中，原位测序或成像技术具有更高的...

50710

Nat. Methods | 智能科学仪器所缺失的数据拼图

DrugAI 2026-01-142026-01-14 16:57:31

当下，大多数科学仪器都会丢弃大量本可用于训练人工智能（AI）的命令、数据与元数据流，而这些信息本可以帮助 AI 系统学习具备专家级决策与故障排查能力。要在大规模...

8510

Nat. Methods | GPU 加速的 MMseqs2 同源搜索

MindDance 2026-01-082026-01-08 14:06:43

随着蛋白质数据库规模的快速增长，对更快、更敏感的同源性搜索工具的需求愈发迫切。研究人员开发了 GPU 加速版 MMseqs2 (MMseqs2-GPU)，在单一...

16610

Nat. Methods | DeepMVP：深度学习精准预测蛋白质修饰位点及变异效应

MindDance 2026-01-082026-01-08 14:03:19

翻译后修饰（PTMs）是蛋白质功能的重要调控因子，其受扰动是错义变异导致疾病的重要机制。深度学习能够帮助预测PTM位点并识别受变异影响的PTM，但受限于缺乏大规...

21010

Nat. Methods | Pertpy: 一个用于扰动分析的端到端框架

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:29:16

随着单细胞技术的发展，研究人员能够在多种遗传、化学、环境或疾病扰动条件下解析细胞状态变化。然而，现有扰动分析方法往往针对单一任务，分析流程分散，难以适应大规模、...

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Nat. Methods | Pertpy: 一个用于扰动分析的端到端框架

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:29:16

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Nat. Methods | 面向大分子复合物结构比较的全自动化基准测试框架

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:18:45

随着人工智能方法在大分子复合物结构预测中的快速发展，如何在无需人工干预的情况下，对复杂预测结果进行系统、公平且可扩展的评估，成为结构生物信息学中的关键问题。研究...

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Nat. Methods | 面向大分子复合物结构比较的全自动化基准测试框架

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:18:45

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Nat. Methods | RNA结构预测

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:07:41

2021 年，AlphaFold2 的出现彻底改变了蛋白质结构生物学。这一高度精准的蛋白结构预测工具几乎在发布的第一时间，就对整个生命科学研究领域产生了深远影响...

26120

Nat. Methods | RNA结构预测

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:07:41

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Nat. Methods | MultiCell: 多细胞发育中的几何学习

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:07:35

胚胎发育等过程中，细胞群体如何自组织形成稳定而复杂的结构，是发育生物学中的核心问题。研究人员提出 MultiCell，一种面向多细胞系统的几何深度学习方法，能够...

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Nat. Methods | MultiCell: 多细胞发育中的几何学习

DrugAI 2026-01-062026-01-06 14:07:35

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Nat. Methods | 樊荣团队开发基于成像和测序的空间多组学方法DBiTplus，实现同一组织切片的单细胞空间转录组与蛋白质分析

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Nat. Methods | GPU 加速的 MMseqs2 同源搜索

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Nat. Methods | Pertpy: 一个用于扰动分析的端到端框架

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Nat. Methods | RNA结构预测

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Nat. Methods | MultiCell: 多细胞发育中的几何学习

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