CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方热图 - 伪三维

Emmm, 今天的主图，

写在前面

博士毕业论文中，使用的样品包括：

1. 不同的类型 / 或者说不同的组织
2. 不同的时间 / 或者说时间序列 所以，是一个多X多的设计。对于这类实验设计所产生的数据，往往会有较高的分析难度。在分析上，现在多数人直接使用的是共表达网络分析，最常用的莫过于 WGCNA 。而在可视化上，单单就基因表达热图绘制上，没有较好的形式，尤其是在 多基因X多组织X多时期 的数据上。

TBtools 中多种热图可视化方式

TBtools中，我们提供过数种热图的展示方式，

第一种，常规的热图，适用于 少基因X少样品 的数据

这种热图，四四方方，其实在TBtools里面，可以有不少变化，比如不要用颜色对应数值，直接用圈的大小来对应数值

当然还有其他，比如三角形的，或者前述我们推送过的对角线热图的热图组合方式。无论怎么可视化，这类热图能展示的表达矩阵，仍然很少。所以在基因数达到数十或者上百之后，TBtools中有提供了掰弯的热图或者说，环形热图。

第二种，环形的热图，适用于 多基因X少样品 的数据

前前后后，我在公众号上推 环形热图 有超过一年时间。目前市面上，我自认为暂时就TBtools一个工具，也是第一个，是以热图工具为中心开发的环形热图，如果说之前已经有，那么那些都是以进化树注释为中心开发的。进化树注释功能，TBtools也有，对应的也有简单版本的热图Track【注：功能明显有限】。如果说，还有其他工具可以做了，那么他们都只是追随者。环形热图，最大的好处，就是可以容纳比较多的基因，同时基本不占版面。 大体如下，

或者，换个配色可能好看点

第三种，卡通热图，适用于 少基因X多样品 的数据

虽然掰弯的热图，其实把基因和样品做一个转置【注：TBtools的热图功能内置矩阵转置功能，也有专门的表格转置功能】，就可以处理 少基因X多样品 的情况。但是，当样品很多，或者比较复杂时。我们人类的直观视觉可以帮我们更好的分析数据。为此，在多年前，有一个浏览器框架叫eFP Browser，针对芯片数据开发。在前述，TBtools推出了基于FPKM的，支持矢量图导入导出的FancyHeatmap。从比较多的方面有所超越。大体如下：

这种热图，最适合的是 可视化某个基因在多组织多时期的表达变化。

CubicHeatMap 可视化 多基因X多组织X多时期

前几天跟朋友在讨论的课题的时候【注：大家都是做 植物发育生物学 的】，讨论到几年前的一篇Ncomm文章，其中有图如下：

一个非常不错的可视化方式，虽然也带有缺陷【注：只有一个基因的表达量可以为完全展示】。不过这个缺点不影响他的实用性，尤其是我们一系列共表达量基因的时候。很不幸，这个工具，似乎仍然是一个浏览器框架，Tomato Expression Altas。事实上，我也不知道这个浏览器框架到底有没有另外的人用过，不过我是不会用的。 想想很久没有Coding，手和脑子都会生疏。于是，一般看娃，干脆就一边实现这个热图功能。结果图如下：

Emmm.. 忽略配色，毕竟不一定能拿到原始的配色方案。这张图片，包括了 16个基因，11个组织和16个时期。

如何实现？

前述，在公众号推文中已经提及，JIGplot 引擎中有类似图层的概念，也就是 SubPanel。虽然 CubicHeatMap 看起来是立方体。不过我们完全可以拆解。

JIGplot 除了掰弯，其实还有一个功能切变。后者的实现不是很健全，不过处理 Rectangle 完全没问题。直接画三个正常的热图，然后分别对 UpPanel 和 RightPanel 做 Shear 即可。

如何使用 CubicHeatMap ?

虽然是顺手写，不过还是打成GUI，方便自己后续使用【毕竟Java码不是R码，随取随用 】。于是，TBtools又增加了一个功能。

打开之后，可以看到，只有两个输入：

1. 基因表达矩阵，这个比较简单，跟其他热图完全一样

2. 样品分组信息，这个说起来复杂，其实也简单。一共三列： 第一列，样品名字，即表达矩阵对应的样品名字【注：没有格式和内容要求，对应起来就行】 第二列，样品的第一维度分类，比如 属于某个组织 第三列，样品的第二维度分类，比如 处于某个时期 如下：

两个文件放进去，自己设置下喜欢的配色，随后点击 Start 即可

于是得到

当然，我们不能忘了，JIGplot 是可交互的。

礼物？

Emmm... 突然想起来，TBtools 的 Logo，其实就像一个热图。

既然有了CubicHeatMap, 那么我们完全可以做一组数据，就画 TBtools 的 Logo