生信菜鸟团

文章/答案/技术大牛

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LV0

发表了文章 1天前2025-07-14 16:14:12

用破电脑处理千万级别单细胞数据

嘿，科研小伙伴们！今天要给大家介绍一个超级厉害的“科研神器”——AnnSQL！这可不是普通的工具哦，它简直就是单细胞数据处理界的“魔法师”，能帮你轻松搞定那些复...

生信菜鸟团 1天前2025-07-14 16:14:13

磁盘、工作、内存、数据、原理

发表了文章 1天前2025-07-14 16:13:36

读《科研论文配图绘制指南：基于R语言》

《科研论文配图绘制指南：基于R语言》是咱们生信书房推荐的第64本书。同类型的书看过张杰老师的《R语言数据可视化之美-图表绘制指南》，这本书当时是听到就买了，几乎...

生信菜鸟团 1天前2025-07-14 16:13:37

基础、可视化、论文、变量、工具

发表了文章 3天前2025-07-12 17:06:29

scanpy读取数据失败记录：张泽民团队的单细胞数据GSE212890

数据来源于 2023 年发表在 Cell 上的《A pan-cancer single-cell panorama of human natural kille...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 17:06:29

函数、数据、索引、csv、matrix

发表了文章 3天前2025-07-12 17:05:36

肿瘤体细胞突变分析，应该用癌旁还是外周血作为对照

在肿瘤体细胞突变分析中，选择正常对照样本（用于区分体细胞突变和生殖突变）是一个关键步骤。常见的正常对照样本有癌旁组织和血液样本，各有优缺点，最佳选择取决于研究目...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 17:05:37

数据、数据库、深度学习、队列、对象

发表了文章 3天前2025-07-12 17:04:44

提供代码 | 学习如何通过单细胞数据探索癌症纵向演化路径 | Nat.Genet

◉ a，描述本研究工作流程的示意图。TMZ，替莫唑胺；RT，放疗；int.，中间。b，本数据集中所有59名患者的临床和技术信息，包括手术间隔、诊断时年龄、性别、...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 17:04:45

队列、数据、统计、nat、程序

发表了文章 3天前2025-07-12 17:02:44

读书笔记 | 第 03 章基因组图谱绘制 | 《Genome 5》

在本章中，我们将研究构建基因组图谱的各种方法。基因组图谱就像任何其他类型的图谱一样，显示有趣特征和其他重要标志的位置。在基因组图谱中，这些特征和标志是基因和其他...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 17:02:45

读书笔记、连接、数据、系统、测试

发表了文章 3天前2025-07-12 16:54:22

基因组 | Nat.Rev.Genet | 人类基因组中结构变异的多样性及其后果

◉ 基因组变异通常根据变异等位基因所改变的核苷酸数量进行分类。◉ 尽管这些类别的确切划分并不精确，并且基于半任意的阈值而有所不同，但人类遗传学领域已达成共识，将...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 16:54:23

事件、数据、nat、编码、模型

发表了文章 3天前2025-07-12 16:52:17

BIB | 单细胞转录组细胞类型注释中计算方法的概述

◉ 图1 单细胞注释的原理。（A）显示了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）中提取的mRNA。作为细胞的转录产物，mRNA反映了基因表达的异质性，并为细胞类...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 16:52:18

模型、数据、性能、数据库、监督学习

发表了文章 3天前2025-07-12 16:51:16

细胞图谱 | Nature | 多模态细胞图谱作为结构与功能基因组学的基础

◉ 蛋白质从全细胞生化提取物中被纯化，并使用亲和纯化-质谱法（AP–MS）确定其生物物理相互作用。◉ 同时，蛋白质通过免疫荧光（IF）被标记，并利用高分辨率共聚...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 16:51:17

数据、网络、数据库、基础、模型

发表了文章 3天前2025-07-12 16:50:22

评论 | Nature | 人工智能会加速文献综述，还是会使其彻底脱轨？

在过去几十年里，证据合成（evidence synthesis）极大地提升了医学及其他领域的有效性。这种系统性地将多项研究的发现整合为综合性综述的过程，帮助研究...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 16:50:22

人工智能、论文、数据、系统、数据库

发表了文章 3天前2025-07-12 16:47:55

Nature | 基于四代家系参考的人类新生突变率

◉ 我们使用五种正交的下一代和长读长测序技术对四代系谱CEPH 1463中的28名成员进行了测序：对于G2至G4代，采用HiFi测序、Illumina和Elem...

生信菜鸟团 3天前2025-07-12 16:47:56

函数、模型、事件、数据、工具

发表了文章 6天前2025-07-09 09:01:16

MsigDB 数据库

GSEA | MSigDB: https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp

生信菜鸟团 6天前2025-07-09 09:01:17

异常、数据库、程序、集合、数据

发表了文章 7天前2025-07-08 17:37:59

很简单的文件夹里面的全部文本内容合并编程需求但ai给的代码都是错的？

这个时候，featurecounts软件会在一个文件夹里面的有2万多个文本文件，每个文本文件内容都是固定的，7列，8万行。需要提取所有的文本文件里面的第7列，...

生信菜鸟团 7天前2025-07-08 17:38:00

编程、磁盘、模型、人工智能、txt

发表了文章 7天前2025-07-08 17:37:13

空间转录组学习笔记-第8周（空转分辨率讨论）

自 2016 年首个基于微阵列芯片（分辨率约 200 μm）的功能原型诞生以来，sST 通过多种创新策略实现了分辨率跨越式的提升。在过去近十年中，sST 平台遵...

生信菜鸟团 7天前2025-07-08 17:37:14

开发、数据、效率、芯片、学习笔记

发表了文章 7天前2025-07-08 17:36:09

R tips：如何折叠DotPlot的细胞标注

Seurat绘制细胞的marker DotPlot时，如果细胞名称过长或者相应细胞的marker gene太少则可能会导致细胞名称显示不全，看如下实例，以Seu...

生信菜鸟团 7天前2025-07-08 17:36:10

对象、数据、语法、渲染、marker

发表了文章 7天前2025-07-08 17:35:08

什么，改个权限文件竟然都丢失了？

Linux 的文件权限系统是其安全性的核心基石，用于控制谁（用户/用户组）可以对文件或目录进行什么操作（读/写/执行）。理解它至关重要。核心概念分为三部分：

生信菜鸟团 7天前2025-07-08 17:35:08

权限、系统、程序、对象、工作

发表了文章 11天前2025-07-04 09:52:09

Nature | SMath：从19个非患病组织部位的150名捐献者中生成体细胞变异参考目录

◉ a，遗传变异、早期体细胞突变和晚期体细胞突变之间的示意图比较。◉ b，体细胞突变的原因及类型概览。EN，核酸内切酶；ME，可移动元件；ORF，开放阅读框；R...

生信菜鸟团 11天前2025-07-04 09:52:10

工作、生命周期、数据、网络、工具

发表了文章 11天前2025-07-04 09:50:52

综述 | Nat.Rev.Genet | 整合模型系统与基因组学见解以破译癌症转移机制

◉ 通过将来自人群队列的组学数据（包括基因组学和转录组学，涉及长读长DNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学）到蛋白质组学和代谢组学的分析结果，与实验系统（包...

生信菜鸟团 11天前2025-07-04 09:50:53

模型、数据、系统、nat、迁移

发表了文章 11天前2025-07-04 09:49:21

虚拟细胞 | Nature | 科学家竞相模拟生命的基本单元

如果陈-扎克伯格倡议（CZI）科学主管斯蒂芬·奎克（Stephen Quake）的设想成真，未来的生物学家将大幅减少手持移液管的时间。“我们的目标，”他说，“是...

生信菜鸟团 11天前2025-07-04 09:49:21

数据、人工智能、工具、开发、模型

发表了文章 11天前2025-07-04 09:48:42

Nat.Metab | 代谢物不是基因——避免在代谢组学中滥用通路分析

◉ 当一条通路被上调时，参与该通路的所有基因都会产生更多的转录产物。然而，在线性生物合成通路中，代谢物水平在调控过程中表现出较低的一致性。◉ 上调可能会增加终产...

生信菜鸟团 11天前2025-07-04 09:48:43

nat、工具、数据、系统、数据库

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