生信菜鸟团

文章/答案/技术大牛

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发表了文章 2025-08-122025-08-12 09:13:54

做科研能力还比不上人工智能大模型？

看到了2025四月在美国芝加哥的AACR会议的其中一个科研速递：《Abstract 5287: Decoding tumor-immune interactio...

生信菜鸟团 2025-08-122025-08-12 09:13:54

程序、队列、模型、人工智能、数据分析

发表了文章 2025-08-112025-08-11 10:29:43

读《Single-cell best practices》2025实践版

《Single-cell best practices》是咱们生信书房推荐的第66本书。最近在生信技能树上，看再次到这本书(https://www.sc-bes...

生信菜鸟团 2025-08-112025-08-11 10:29:44

工具、实践、数据、数据分析、cell

发表了文章 2025-08-112025-08-11 10:29:25

10X HD Visium上游流程更新：Space Ranger V4及图像校准

上期教程介绍了10X HD Visium数据的上游分析流程【一文打通10X HD Visium上游：从软件部署到上游分析】，主要是基于spaceranger-3...

生信菜鸟团 2025-08-112025-08-11 10:29:25

数据、优化、space、工具、教程

发表了文章 2025-08-092025-08-09 16:12:07

《python单细胞最佳实践》——归一化部分详细解读

书接上回，我们分享了：《单细胞最佳实践》—重新回顾质控部分的新理解，并对其中提到的资源进行了大力分享：python单细胞学习：超详细的单细胞最佳实践，初学或者升...

生信菜鸟团 2025-08-092025-08-09 16:12:08

最佳实践、python、测试、模型、数据

发表了文章 2025-08-092025-08-09 16:04:57

如何合并多个体细胞突变检测工具的输出结果

在肿瘤基因组数据分析方法中，很多文章会使用多个软件 call 突变，然后进行合并，常用见的方法就是多个软件得到的结果中，一个突变在两个或两个以上的软件检测到即保...

生信菜鸟团 2025-08-092025-08-09 16:04:57

软件、数据、检测工具、数据分析、工具

发表了文章 2025-08-092025-08-09 16:03:53

小鼠细胞图谱

上期推荐了一个数据库：人类细胞图谱 - 单细胞数据和 Marker 信息，那这次我们来看一个小鼠细胞图谱数据库。

生信菜鸟团 2025-08-092025-08-09 16:03:53

数据库、cell、表格、数据、搜索

发表了文章 2025-08-092025-08-09 16:03:26

谁能说清楚特定的癌症易感基因突变频率呢

现在外显子的数据分析流程都是标准的，测序后的fastq文件比对到参考基因组然后gatk找变异即可。体现生信工作量的地方反而是海量的变异位点的注释和过滤，如何拿到...

生信菜鸟团 2025-08-092025-08-09 16:03:26

数据分析、队列

发表了文章 2025-08-042025-08-04 09:59:57

空间邻域分析 Neighborhood analysis：Squidpy（IF=32.09）

前面我们分享过空间邻域的概念，见：空间转录组细胞邻域(Cellular Neighborhood)分析。今天来看看实战，使用Squidpy工具进行分析，该软件于...

生信菜鸟团 2025-08-042025-08-04 09:59:58

数据、统计、存储、analysis、可视化

发表了文章 2025-08-042025-08-04 09:57:27

R tips: 箭头风格的ggplot坐标轴

本文尝试通过灵活运用ggplot的segment图层，配合scale、theme的格式调整，实现比theme的axis.*参数更加自由的坐标轴风格调整。

生信菜鸟团 2025-08-042025-08-04 09:57:28

line、函数、数据、axis、grid

发表了文章 2025-08-042025-08-04 09:57:06

《单细胞最佳实践》—重新回顾质控部分的新理解

在我接触单细胞数据分析的时候，早就已经有一套非常完整的 seurat 的流程了，直接照着官网给的代码示例分析就好了，为什么要这么分析呢我也不清楚，只知道照着做，...

生信菜鸟团 2025-08-042025-08-04 09:57:07

var、变量、函数、数据、最佳实践

发表了文章 2025-07-312025-07-31 14:46:11

热图 + 森林图联合展示：表达趋势与相关性风险一图呈现

在科研可视化中，热图（heatmap）是用来展示高维基因表达矩阵的经典利器，能够清晰地揭示样本间和基因间的表达模式。而森林图（forest plot）则以...

生信菜鸟团 2025-07-312025-07-31 14:46:11

数据、cli、row、变量、对象

发表了文章 2025-07-312025-07-31 14:45:37

人类细胞图谱 - 单细胞数据和 Marker 信息

截至目前，人类细胞图谱是一个由来自 94 个国家的 3000 名研究人员共同参与的项目，旨在收集人体内每一个细胞的样本。该项目计划创建一个人体交互式图谱，作为各...

生信菜鸟团 2025-07-312025-07-31 14:45:38

可视化、数据、marker、表格、工具

发表了文章 2025-07-312025-07-31 14:45:03

想看看你的差异分析跟作者结果是不是一致

需要自己读一下文章，然后找到了作者给出来的表达量矩阵文件：GSE165856_Marcus5291_2017_11_HTSeq.gene.counts.csv....

生信菜鸟团 2025-07-312025-07-31 14:45:03

人工智能、data、frame、list、模型

发表了文章 2025-07-272025-07-27 10:47:59

重新认识单细胞分析的开山祖师：SingleCellExperiment全解析

1. Seurat 大热，但 SingleCellExperiment对象更基础

生信菜鸟团 2025-07-272025-07-27 10:47:59

设计、数据、存储、数据结构、对象

发表了文章 2025-07-272025-07-27 10:47:39

AI大模型工具scBERT：对scRNA-seq数据进行细胞注释（IF=18.8）

为此，本文开发了scBERT模型，用于scRNA-seq数据的细胞注释。遵循预训练和微调范式，验证了在大规模未标记scRNA-seq数据上应用自监督学习的能力，...

生信菜鸟团 2025-07-272025-07-27 10:47:40

工具、可视化、模型、数据、性能

发表了文章 2025-07-272025-07-27 10:47:19

基于 germline 信息进行样本配对性检验

在肿瘤基因组测序数据分析的过程中，一般要求需要肿瘤和正常样本配对。然而在样本收集、实验处理、送样测序等过程中，由于实验人员的失误，可能存在样本混淆的情况，即肿瘤...

生信菜鸟团 2025-07-272025-07-27 10:47:19

工具、可视化、数据分析、数据处理、field

发表了文章 2025-07-242025-07-24 15:22:31

【DoMultiBarHeatmap】单细胞热图

我们之前学了complexheatmap包，几乎可以囊括所有热图的绘制方式，那单细胞数据的热图又该怎么画？

生信菜鸟团 2025-07-242025-07-24 15:22:31

工具、函数、数据、object、变量

发表了文章 2025-07-242025-07-24 15:21:56

CellMarker 2.0 单细胞人工注释数据库

CellMarker 2.0 是一个基于单细胞 RNA 测序数据的人类/小鼠细胞标志物人工注释数据库。可以利用这个数据库去注释我们的细胞类型。

生信菜鸟团 2025-07-242025-07-24 15:21:56

数据、搜索、数据库、表格、工具

发表了文章 2025-07-242025-07-24 15:20:59

大模型帮我读取不规则的突变信息

但是呢，为了学术共享，大多数会把最后的somatic mutation信息给出来，但是不一定是标准的maf文件格式，很可能是Excel文件里面的，如下所示：

生信菜鸟团 2025-07-242025-07-24 15:20:59

模型、数据、人工智能、存储、data

发表了文章 2025-07-242025-07-24 15:19:58

结直肠癌转移的表型异质性和可塑性

背景：结直肠癌（CRC）的表型异质性和可塑性（细胞响应外部信号进行快速表型转换并适应新微环境的能力）在肿瘤进展、转移和治疗耐药性中起着至关重要的作用。然而，驱动...

生信菜鸟团 2025-07-242025-07-24 15:19:58

模型、数据、crc、lm、程序

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