人工智能、机器学习和深度学习在植物育种中的应用---下篇

近年来，由于人工智能（AI）技术的进步，特别是机器学习（ML）和深度学习（DL）技术的推动，植物育种领域经历了一场范式转变。这些尖端技术改变了我们对植物生物学的...

多组cellchat细胞通讯批量分析

上面是之前我们分享的数据集处理过程，今天我们来看看如何进行cellchat分析：1.批量运行多组cellchat 2.比较两组cellchat结果

基因组数据在精准医学中扮演什么角色

随着精准医学的发展，癌症治疗逐渐从“一刀切”转向基于个体基因特征的个性化治疗，以提高癌症治疗的效果并改善患者的预后。随着下一代测序（NGS）技术的发展，肿瘤基因...

计算视觉 | Nat.Methods | 一个用于跨九种模态的生物医学对象联合分割、检测和识别的基础模型

错误！！！ - 待补充 [ul]- In each iteration i, we aggregate a batch from K mini-batches ...

前瞻 | Nature | 人类细胞图谱：从细胞普查到统一的基础模型

- 图片说明- a–e，细胞图谱可以是对特定器官或系统内细胞的普查（a）；体内细胞和组织的多尺度、多模态3D地图（b）；将基因型（即来自GWAS分析）与细胞、组...

精准医学 | Nat.Med | 使用常规血液检测和临床数据预测癌症检查点抑制剂免疫治疗的疗效

Nat.Genet | 从 DNA 序列预测 RNA-seq 覆盖度作为基因调控的统一模型

生信程序 | Nat.Genet | 在疾病关联位点精细定位因果组织和基因

玩转服务器—你的数据是否完整？

在数据分析伊始，判断文件的完整性是一个基本步骤，尤其是在处理测序数据原始文件时。那么有哪些方法呢？

数据挖掘之中性粒细胞胞外陷阱相关预后模型

当中性粒细胞受到细胞因子或细菌内毒素的刺激时，会产生一种由DNA、组蛋白以及诸如弹性蛋白酶等颗粒蛋白组成的细胞外纤维网。它们被称为中性粒细胞胞外陷阱（NETs）...

基因的功能推断之敲减过表达的干扰它

这些方法都需要大队列，因为如果样品数量太少了，很多统计学分析就不行。虽然我最推崇wgcna这样的共表达模块分析方法，但是这些基因的功能推断毕竟是间接的证据，如果...

基因的功能推断之大队列的共表达分析（比如：WGCNA）

这两个方法看起来是统计学不一样，前者是把目标基因在大队列表达量矩阵里面的连续值离散化，高低分组，或者是高中低的分组。而后者呢，看起来是把目标基因的表达量当做是原...

基因的功能推断之大队列表达量相关性排序后gsea分析

接下来我们就演示大队列表达量相关性排序后gsea分析，这个时候以2023的这个文章为例：《Comprehensive analysis reveals CCDC...

基因的功能推断之大队列高低分组后差异分析然后功能富集

我们以2023的这个肾癌数据挖掘文章为例，标题所：《SLC17A9-PTHLH-EMT axis promotes proliferation and inva...

基因功能推断的数据分析的重要性

比如癌症研究领域的明星基因主要是癌基因（oncogenes）或抑癌基因（tumor suppressor genes） ：

单细胞揭示了结直肠癌微环境中肥大细胞的激活

背景：肥大细胞（MCs）是一种免疫细胞，在机体对过敏原的反应和抵御病原体方面起着至关重要的作用。激活后MC会释放多种介质，包括蛋白酶、细胞因子、组胺和脂质介质，...

你选择哪种三代测序

“All of Us”（AoU）项目是美国国立卫生研究院（NIH）发起的一项大规模基因组测序计划，旨在对超过一百万美国人进行基因组测序，以推动个性化医疗的发展。...

如何用血常规发 Nature，临床常见指标的深度挖掘

综述 | Nature | 更新一下关于 2 型免疫的认知

基因的功能推断之单细胞亚群的特异性高表达

不过更直接的方法应该是：敲减过表达的干扰目标基因，而且不仅仅是从转录组这一个维度来量化目标基因的功能，为了全面理解基因的功能和作用，我们需要采用多维度的组学方法...