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GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库。它收录世界各国研究机构提交的高通量基因表...
#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log,如果没去过,要记得计算log(否则会导致logFC值过大)
三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦,还有互动练习题哈,欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦!
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提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase(R包)提取。(狭义的对象,是被R包的作者定义的)。
提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase(R包)提取
Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency - PubMed ...
Kallisto是由Nicolas Bray主导开发的一款专门用于从 RNA-Seq 数据中量化转录本的表达丰度的工具。发表于 2016 年的《Nature B...
• 测序深度:每个样本的测序深度(产生的数据量)不完全一样,同一条件下,测序深度越深,基因表达的read读数越多。
BWA-MEM是李恒大神于2010在bioinformatics发布的一款比对软件
C4看起来不像中性粒细胞呀,其中RPL5、RPS12、RPL13、RPL4、RPL10和RPL23A都是核糖体相关蛋白而非中性粒细胞特异性marker,此外HL...
vcf2maf 是由 Cyriac Kandoth 主导开发的一款用于将 VCF (Variant Call Format) 文件转换为 MAF (Mutati...
分析植物适应环境变化和胁迫反应的分子机制对植物生物技术至关重要。其中关键方法包括生物信息学方法、高通量测序和后基因组技术。测序和系统生物学方法提供了从分子到细胞...
Limma基于线性模型,通过使用贝叶斯方法估计每个基因的差异方差。它使用经验贝叶斯方法来将信息从所有基因中借用,特别是在样本较少时提高估计的稳定性。
GEO2R 是一个交互式网络工具,允许用户比较GEO系列中的两组或多组样品间鉴定在实验条件下差异表达的基因。GEO2R 使用 DESeq2 、GEOquery ...
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