生信菜鸟团

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发表了文章 2天前2025-03-06 21:42:42

Nature | 如何讲肿瘤可塑性表型的故事，提供原始数据和代码

- 图片说明- 研究设计。从31名患者中收集了匹配的生物样本三联体，包括正常结肠、原发性结直肠癌（CRC）和转移灶，新鲜处理用于单细胞转录组学和类器官生成，并用...

生信菜鸟团 2天前2025-03-06 21:42:42

模型、数据、队列、函数、科技

发表了文章 2天前2025-03-06 21:42:35

一文全面了解蛋白质组学，从单细胞到临床应用 | Nature 综述

◉ 蛋白质从包括单细胞、组织和体液在内的样品中提取，并使用特定的蛋白水解酶消化成肽。◉ 在多重分析时，这些肽通过化学方法用稳定同位素标记的标签进行标记。◉ 样本...

生信菜鸟团 2天前2025-03-06 21:42:36

工作流、模型、数据、系统、翻译

发表了文章 3天前2025-03-06 21:42:13

数据库 | 最新版 STRING 数据库都更新了哪些内容？

◉ 图1展示了STRING中新的‘调控网络’模式，在该模式下，网络边直观地指示了每个调控相互作用的方向、置信度和来源。点击网络中的任意一条边将弹出一个窗口，其中...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:42:14

网络、数据库、string、测试、数据

发表了文章 3天前2025-03-06 21:42:12

数据挖掘 | 生信优质期刊 BIB，可重复且简单的 TCGA 数据分析思路

◉ 图2 差异表达基因的火山图。差异表达基因是基于标准筛选的，下调基因的对数倍变化（LogFC）<1且上调基因的对数倍变化（LogFC）>1，同时P值<0.05...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:42:12

数据、网络、数据挖掘、数据分析、模型

发表了文章 3天前2025-03-06 21:41:41

算法测评 | 如何选择合适的 PPI 检测方法以识别关键癌症通路

◉ 图2 比较了使用不同信号强度参数（范围从0.01到0.11）生成的测试数据集上的12种方法。（a）F分数。（b）Fsub。（c）FDR。在某些情况下，得到的...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:41:41

算法、网络、性能、数据库、数据

发表了文章 3天前2025-03-06 21:41:29

细胞图谱 | Nature 的人类细胞图谱基础模型，SCimilarity 框架

◉ 左图，查询细胞谱系与来自412项研究的2340万份参考基础模型进行比较。◉ 中间图，识别出具有相似细胞的样本，并返回有关原始样本条件的信息，包括组织、体外或...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:41:29

搜索、基础、框架、模型、数据

发表了文章 3天前2025-03-06 21:40:55

空间组学 | 用 moscot 对细胞进行时空动态分析

◉ 这是通用单细胞基因组分析的最优传输（OT）管道示意图（从左到右）：实验变化（例如时间点和不同的空间切片）导致不同的细胞群体。◉ 以前的生物学知识（例如增殖率...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:41:00

函数、模型、内存、数据、算法

发表了文章 3天前2025-03-06 21:40:38

人工智能 | Nat.Med | 自我提升的生成基础模型在合成医学图像生成和临床应用中的研究

Fig__1__Schematic_illustration_of_our_generative_system_for_medical_image_synthe...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:40:38

人工智能、nat、基础、模型、数据

发表了文章 3天前2025-03-06 21:40:07

从单细胞数据中捕捉巨噬细胞的极化信号

巨噬细胞极化（Macrophage Polarization）是指巨噬细胞在不同微环境信号刺激下，分化为不同功能表型的过程。通常，巨噬细胞可以分为两种主要的极化...

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:40:08

对象、可视化、数据、图表、size

发表了文章 3天前2025-03-06 21:39:54

玩转服务器-cellranger可以自动注释了?

前面我们介绍了如何在我们共享服务器零帧起手单细胞分析：玩转服务器—零帧起手单细胞上下游分析

生信菜鸟团 3天前2025-03-06 21:39:54

服务器、后台、模型、data、登录

发表了文章 5天前2025-03-04 21:01:18

ChIP-Seq motif

Motif 是一段典型的序列或者一个结构。一般来说，我们称之为基序。它是构成任何一种特征序列的基本结构。通俗来讲，motif 是有特征的短序列，一般认为它是拥有...

生信菜鸟团 5天前2025-03-04 21:01:18

效率、正则表达式、工具、设计、统计

发表了文章 6天前2025-03-03 21:40:49

免疫原性细胞死亡特征可预测生存并揭示VEGFA+肥大细胞在肺腺癌中的作用

背景：肺癌在世界范围内普遍存在，是癌症相关死亡的主要原因。对肺癌免疫原性细胞死亡（ICD）的研究有限，限制了将ICD相关疗法与免疫疗法相结合的策略的开发。

生信菜鸟团 6天前2025-03-03 21:40:49

数据分析、开发、数据、原理

发表了文章 6天前2025-03-03 21:40:41

单细胞数据集中常见marker基因汇总_2024版

说过好多次要汇总在分析单细胞数据时候用到的marker基因，因为不同组织中还是有些特异的marker基因的！

生信菜鸟团 6天前2025-03-03 21:40:42

模型、数据、数据分析、教育、marker

发表了文章 6天前2025-03-03 21:40:18

如何白嫖数据库进行基因组数据挖掘

今天分享的这一篇文献，是公共数据挖掘类的文章。研究团队通过整合多个人群队列的WES或者WGS数据，如 UKB 、MCPS、100kGP 等来开展分析的。这些数据...

生信菜鸟团 6天前2025-03-03 21:40:19

数据库、测试、队列、数据、数据挖掘

发表了文章 10天前2025-02-27 14:28:01

网页工具 | LnCeCell 2.0：基于单细胞和空间转录组测序数据的长非编码RNA相关ceRNA网络和网络工具更新资源

◉ 图1.LnCeCell 2.0的数据扩展和新特征。(A,B)LnCeCell 2.0数据库对高通量测序和人工整理数据集的收集与扩展。(C–I)LnCeCel...

生信菜鸟团 10天前2025-02-27 14:28:02

工具、数据、网络、数据库、编码

发表了文章 10天前2025-02-27 14:27:53

Cell：对亚细胞蛋白质组进行全局表征，发现许多蛋白质是通过其空间分布的变化而非丰度变化来调节的

◉ 图1。天然免疫沉淀提供了丰富的富集谱，保留了细胞器的连接(A)内源性标记策略。(B)阵列化细胞库。(C)天然免疫沉淀工作流程。(D)用于全面覆盖亚细胞区室的...

生信菜鸟团 10天前2025-02-27 14:27:53

数据、cell、集合、连接、量化

发表了文章 10天前2025-02-27 14:27:21

Cell | 都知道 DNA 损伤修复，那细胞是如何应对 RNA 损伤的呢? | 综述

◉ RNA 化学多样性 RNA 易受环境和内源性损伤的影响，并且缺乏核隔离、碱基配对和染色质化所提供的三重保护。而DNA具有这三种保护。◉ 尽管 RNA 也会被...

生信菜鸟团 10天前2025-02-27 14:27:22

编码、翻译、连接、异常、cell

发表了文章 10天前2025-02-27 14:26:35

表观程序 | Nature | 多尺度足迹揭示了顺式调控元件的组织结构

◉ a, 多尺度足迹工作流程概述。◉ b, 比较不同Tn5偏差校正模型性能的条形图。◉ c, 在包含0 nM（顶部）或100 nM（底部）MYC/MAX的BAC...

生信菜鸟团 10天前2025-02-27 14:26:36

数据、测试、程序、函数、模型

发表了文章 10天前2025-02-27 14:26:27

人工智能 | Nature | 针对精准肿瘤学的视觉-语言基础模型

◉ 我们开发了一个基于多模态变压器架构的视觉-语言基础模型作为网络主干。◉ 模型预训练包括两个连续阶段。◉ 首先，MUSK 在来自 11,577 名患者的近 3...

生信菜鸟团 10天前2025-02-27 14:26:27

数据、性能、人工智能、基础、模型

发表了文章 10天前2025-02-27 14:26:17

前瞻 | 溶质载体 (SLC)：代谢的看门人 | Cell

◉ 图1. 研究SLCs多功能性的挑战，多功能性是指转运蛋白能够识别和运输多种底物的能力；冗余现象，当多种转运蛋白共享重叠的底物特异性时的现象；亚细胞定位的复杂...

生信菜鸟团 10天前2025-02-27 14:26:17

框架、模型、数据、系统、cell

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