分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

1.设定工作目录，打开文件

打开PyMOL软件，设置我们的工作目录。

或者通过命令cd F:\AutoDock来实现，这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。

导入刚才下载的复合物PDB文件（1e8y.pdb）。

注意：有两种方法导入文件，一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…，另一种是通过命令行。通过load命令加载：load 1e8y.pdb，因为这样可以同时把工作目录设置好，方便后续保存文件。

假设我们的工作目录为F:\AutoDock。注意：路径中不要有中文和空格，这是导致很多计算类软件（尤其是免费软件）出现问题的原因。

如果是从PDB网站上下载蛋白，如 1e8y.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白，点击菜单栏中的 File->Get PDB，或者通过fetch 命令下载，这在前面有介绍。

2.对象属性操作介绍

加载到蛋白后。

• 1个是all, all 不是真实的object,它代表了所有的object
• 1个是1e8y ，1e8y就是我们刚刚载入的蛋白

每个object 都有对应的A S H L C操作：

A：代表Action ，主要包含了对object的常用操作的集合，如 复制、删除object,对object加氢，展示Object等，

S：代表Show ，将object 渲染成cartoon 、line、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式

H：Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏

L：Label 显示object中残基、原子等名称或者属性

C：Color 对Object 进行着色

知道这些，里面的内容多试试几次就知道怎么回事啦。比如下面2种操作。

• 点击 A->preset->simple 显示蛋白的简单形式

• 点击 A->preset->ball and stick 显示球棍模型

再如下面的一些操作介绍；

L->residue 在α碳原子上标记其残基名字和编号 （常用）

L->residue name 在所有原子上标记残基名字 （不常用）

L->clear 删除该对象上所有的Label

L->element symbol 显示对象上所有原子的元素名字

L->vdw radius 看原子的范德华半径

3.可视化窗口操作

• 平移，按住鼠标中键不放，然后上下左右移动，进行体会，蛋白会随着鼠标而移动
• 旋转，按住鼠标左键不放，然后上下左右移动鼠标，蛋白会进行旋转
• 缩放，按住鼠标右键不放，然后上下移动，蛋白会进行缩放
• 切割 滚动鼠标中键， 建议将蛋白渲染成surface模式，然后滚动鼠标中键

多的不介绍了，B站有很多视频教程，这里我给大家找到了一个文本教程。http://pymol.chenzhaoqiang.com/ ，对作者的贡献表示感谢。

下面我们就简单处理一下我们前面对接的结果

4.对接结果简单处理演示

我们前面对接的结果文件，result.pdbqt，我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。

我们用pymol打开result.pdb文件，在右下角处Selecting 处点击切换到Chains，然后选中蛋白质，在左上角sele处选择A，然后选择rename selection，然后在左上角的窗口处会弹出一行，在：后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele,protein实现。

我下面通过命令set_name protein,p又将protein改为p。

为了更好的区分受体和配体，我们通过C(color）来更改，根据自己喜好。

Selecting 处切换到残基。

然后选择小分子，右侧又多了一个sele，我们同样可以更改名字。

我这里把名称改成了ligand，我们选中小分子，按下图选择，让小分子显示氢键。

我们鼠标旋转，可以看见4个氢键。

接下来我们显示这4个氢键对接在氨基酸上的那几个残基上。首先，点击蛋白质（p）的S，点击sticks。

然后点击ligand的A，点击center，将配体小分子设置为中心。后面可以通过鼠标放大缩小旋转都以它为中心。

然后我们放大(长按鼠标右键拖动），旋转到合适角度，可以看见。

然后鼠标选中对接的残基

同样将残基改一个名字，我这里是rr。

在p中的H点击sticks，将蛋白的棍状结构隐藏起来。

然后是在rr中选择S里面的sticks，单独显示残基的棍状结构。

我们可以给残基换一个颜色(C)。

改变背景色，这里改为白色，同时我再把残基改成了蓝色。

可以保存文件编辑好的图片。

至于美化，这里远远不够，就得去自己好好研究这个软件怎么使用了，反正上面的教程也挺详细的，后续在介绍另外一个软件VMD。

参考：

http://pymol.chenzhaoqiang.com/