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发表了文章 2024-06-252024-06-25 08:21:06

Cytoscape从安装到应用cytoHubba、GlueGO寻找hub基因和做富集分析

当前页面的提示，Cytoscape依赖于Java12，安装的时候会自动安装，如果没有安装成功，需要点击here，下载Java安装。下面是下载安装包后点安装包的提...

DoubleHelix 2024-06-252024-06-25 08:21:07

工具、网络、数据库、布局、插件

发表了文章 2024-06-132024-06-13 19:29:19

一行代码即可下载TGCA数据库的数据

但是TCGA数据库这2年就更新了两次，有些以前的教程可能就不在适用，我也写了一篇文章来介绍了最新版的内容：2024年TCGA数据库改版后的数据下载问题，为了下载...

DoubleHelix 2024-06-132024-06-13 19:29:19

数据、数据库、函数、基础、开发

发表了文章 2024-05-312024-05-31 20:09:48

DeepSurv：一种基于深度神经网络的 Cox 比例风险模型方法

该文章表示：在模拟和真实的生存数据上进行了大量的实验训练 DeepSurv。证明 DeepSurv 的表现与其他最先进的生存模型一样好，甚至更好，并验证 Dee...

DoubleHelix 2024-05-312024-05-31 20:09:48

神经网络、函数、模型、数据、性能

发表了文章 2024-05-312024-05-31 20:09:05

重大发现：nature和science同时报道科学界发现全新未知生命实体“方尖碑(obelisks)”

近日，科学界迎来了一项重大突破。斯坦福大学的一组研究员在人体微生物群落中发现了一种全新的未知生命实体，这一发现不仅再次模糊了生命的界限，也为我们理解生命进化提供...

DoubleHelix 2024-05-312024-05-31 20:09:06

https、com、编码、开发

发表了文章 2024-05-312024-05-31 20:08:21

Graphpad如何绘制多组柱状图？

1. 在Graphpad中选择如下图。如果一组有多个数据，可以在Enter replicate values in side-by-side subcolu...

DoubleHelix 2024-05-312024-05-31 20:08:22

anova、format、model、数据、统计

发表了文章 2024-05-062024-05-06 17:22:00

scGHOST:鉴定单细胞3D基因组亚区室

单细胞Hi-C测序技术 (Single-cell Hi-C, scHi-C)是解析细胞特异的染色质3D结构的利器。下面是一些基本概念。

DoubleHelix 2024-05-062024-05-06 17:22:00

https、cell、map、开发、数据

发表了文章 2024-04-152024-04-15 10:34:20

基于Python语言使用DESeq2方法进行bulk-RNAseq的差异表达分析

注意：读入的数据进行转置，是因为使用pydeseq2包进行分析时，count矩阵需要的是行为样本，列为基因名称，和R语言中的DESeq2包刚好相反。

DoubleHelix 2024-04-152024-04-15 10:34:21

统计、python、import、对象、数据

发表了文章 2024-04-152024-04-15 10:29:31

conda命令在创建环境时报错问题解决

清除conda缓存：有时候，conda的缓存文件可能会损坏。运行以下命令来清除缓存：

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conda、file、line、python3、缓存

发表了文章 2024-03-042024-03-04 11:21:54

空间转录组学习手册合辑

近年来空间转录组的各类平台层出不穷，其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Sca...

DoubleHelix 2024-03-042024-03-04 11:21:54

工具、可视化、methods、slide、测试

发表了文章 2024-01-152024-01-15 18:13:01

一行代码将PDB文件的几条链分割为多个PDB文件

如果是PDB数据库的蛋白，只需要PDB蛋白的id，然后通过get.pdb函数获取即可。

DoubleHelix 2024-01-152024-01-15 18:13:01

null、path、pdb、函数、数据库

发表了文章 2023-12-262023-12-26 11:48:19

harmony包整合多批次单细胞数据以去除批次效应（batch effect）

单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上...

DoubleHelix 2023-12-262023-12-26 11:48:23

变量、对象、教程、数据、算法

发表了文章 2023-12-142023-12-14 09:29:26

RNAseq数据分析中count、FPKM和TPM之间的转换

现在常用的基因定量方法包括：RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是：通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示，以便于后续差异分析。

DoubleHelix 2023-12-142023-12-14 09:29:29

数据库、数据分析、count、函数、数据

发表了文章 2023-11-162023-11-16 13:18:05

aPEAR：一个用于通路富集网络自主可视化的R包

生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析该包主要包括下面方法或对象

DoubleHelix 2023-11-162023-11-16 13:18:07

对象、教程、可视化、数据、网络

发表了文章 2023-10-272023-10-27 18:06:23

全网最详细的imagJ教程：imagJ自动细胞内荧光点计数

（1）因为荧光图片荧光点是亮的，而背景是黑色的，所以将black background 勾选上。Process----Binary----options,在跳出...

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background、bit、file、教程、软件

发表了文章 2023-10-242023-10-24 11:43:01

基于单细胞转录组数据评估细胞代谢激活分数

method有4种：VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。

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数据分析、对象、可视化、数据、原理

发表了文章 2023-09-182023-09-18 08:31:05

python的下载安装以及环境变量的配置

Downloads 》》Windows 跳转页面：https://www.python.org/downloads/windows/

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python、程序、配置、软件、系统

发表了文章 2023-09-062023-09-06 10:09:08

文献 | 对免疫检查点阻断的反应、耐药性和毒性的标志

使用免疫检查点封锁 (ICB) 在癌症治疗方面取得了前所未有的进展。然而，反应仅限于一部分患者，免疫相关不良事件 (irAE) 可能会产生问题，需要停止治疗。迫...

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基础、开发、模型、数据、系统

发表了文章 2023-09-062023-09-06 10:08:22

WGCNA + ssGSEA的组合分析

生物信息数据分析教程视频——16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估

DoubleHelix 2023-09-062023-09-06 10:08:22

paste、pdf、视频、数据、字符串

发表了文章 2023-09-062023-09-06 10:07:50

美国德州理工大学健康科学中心（TTUHSC）生物信息学、计算基因组学博后及博士生招聘

德州理工大学健康科学中心 Texas Tech University Health Sciences Center 全美医学排名前一百，其中临床全美排名19（U...

DoubleHelix 2023-09-062023-09-06 10:07:50

网站、数据分析、https、软件开发、数据

发表了文章 2023-09-062023-09-06 10:07:23

scMetabolism包用于评估单细胞代谢激活分数

method有4种：VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。

DoubleHelix 2023-09-062023-09-06 10:07:23

数据分析、对象、可视化、数据、原理

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个人简介

贵州大学 | 博士
生物信息学菜鸟一枚
r 语言 python linux 数据库人工智能
贵州大学 | 生物信息学
http://www.bioinfocloud.cn
贵州省 | 贵阳市
加入社区时间：2018-02-04

个人成就

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