单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA

接着单细胞测序—标准流程代码（3）—marker 基因富集分析_差异基因,继续分析

GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件2

近几个月的工作主要在空间转录组、实验室项目方面，已经很久没做基础的GEO数据挖掘了，都感觉有些陌生了。

数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析

最近遇到实验室的一个需求：CHIP-PCR验证某转录因子与JAK1、JAK2基因的启动子序列是否结合，并使用NCBI primer blast设计特异性引物。前...

动物物种鉴定—使用NCBI工具Primer-BLAST设计qPCR引物

最近遇到一个项目，大概是检测一块组织，如牛 (Bos taurus)中，是否含有羊 (Ovis aries)、猪 (Sus scrofa)、鸡 (Gallus ...

表观遗传基础（1）—辨析DNA表观遗传和蛋白质表观遗传

非常好的问题！这些都是与基因表达调控密切相关的分子，常出现在分子生物学、遗传学和细胞生物学中。下面我来分别解释这三个概念：

使用Python进行生信分析—Spyder下载与介绍

之前一直使用R来进行数据分析的，对于python已经断断续续学了好些次了，但是一直没有实际运用到项目中，也没有写笔记，过段时间又忘了。最近总是看到一些帖子，在说...

MSP甲基化引物设计

参考教程：https://www.bilibili.com/video/BV1Nh4y1577V/?spm_id_from=333.337.search-car...

代谢组学—Metabolomics Workbench数据库介绍

之前做的代谢组学下游分析，其实都是从测序公司给的下游数据开始处理的。对于代谢组学还有两个比较关键的点没有涉及，一是从原始的离子峰（质谱数据）处理，而是从公共数据...

可视化—转录组基因表达相关性热图

可视化—转录组箱线图美化

以前画的箱线图比较基础，最近看到一篇关于单细胞箱线图美化的帖子，正好今天在做bulkRNA的分析，就照个这篇帖子的代码，重写了一份适合bulkRNA的箱线图美化...

孟德尔随机化—解决提取IEU数据库中提取不到数据的情况

最近在做孟德尔随机化的分析工作，需要从ieu数据库中提取gwas数据，如"ieu-b-40"，但是一直报错，如

非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）

这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。

非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）

这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。

非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）

这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可

可视化—KEGG气泡图和桑葚图绘制

最近太忙了，其实有很多很多笔记需要整理，无奈实在没有时间进行。今天看到其他小伙伴的代码里绘制的KEGG气泡图和桑葚图觉得特别好看，就仔细扒一扒，写一篇笔记。

可视化—KEGG\GO分析结果气泡图美化

之前做的图比较丑，这里记录下比较好看的美化代码。没有封装函数了，改起来比较方便，随用随拿。

数据挖掘—NCBI中获取某基因序列和转录起始位点

https://www.bilibili.com/video/BV1fM411q7tV/?spm_id_from=333.1387.homepage.video...