动植物源性鉴定—用DNA 条形码 + 成分特异 PCR判断配方中是否含有指定物种来源成分

可以用PCR的方法检测某复方或者中药制品是否含有某种物质，这里初步记录下如何进行引物设计等

数据挖掘—KEGG通路图绘制和通路图标注上下调基因

在做差异基因分析后，使用差异基因做KEGG富集时候，常常需要绘制某些KEGG通路图以及在通路图上标注上下调基因，这里我包装了个函数来快速的进行绘制

数据挖掘—GPL5175探针注释处理

GPL5175，并无明显的symbol列，需要从gene_assignment列中提取对应的基因名

服务器设置代理网络的方法及VSCode连接不上服务器的解决方案探索（服务器无外网场景）

空间转录组（1）—输入文件说明及数据读取

JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点

最近实验室有个分析需求，要求用JASPAR数据库预测转录因子Sox18与Itch 结合位点（物种：小鼠），需要Itch的启动子区域以及突变后的序列。

数据挖掘—植物物种鉴定及引物设计

top hit是：Apodanthera（葫芦科），Halosicyos（葫芦科），Doyerea（葫芦科），Cucurbita（南瓜属）

单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA

接着单细胞测序—标准流程代码（3）—marker 基因富集分析_差异基因,继续分析

GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件2

近几个月的工作主要在空间转录组、实验室项目方面，已经很久没做基础的GEO数据挖掘了，都感觉有些陌生了。

数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析

最近遇到实验室的一个需求：CHIP-PCR验证某转录因子与JAK1、JAK2基因的启动子序列是否结合，并使用NCBI primer blast设计特异性引物。前...

动物物种鉴定—使用NCBI工具Primer-BLAST设计qPCR引物

最近遇到一个项目，大概是检测一块组织，如牛 (Bos taurus)中，是否含有羊 (Ovis aries)、猪 (Sus scrofa)、鸡 (Gallus ...

表观遗传基础（1）—辨析DNA表观遗传和蛋白质表观遗传

非常好的问题！这些都是与基因表达调控密切相关的分子，常出现在分子生物学、遗传学和细胞生物学中。下面我来分别解释这三个概念：

使用Python进行生信分析—Spyder下载与介绍

之前一直使用R来进行数据分析的，对于python已经断断续续学了好些次了，但是一直没有实际运用到项目中，也没有写笔记，过段时间又忘了。最近总是看到一些帖子，在说...

MSP甲基化引物设计

参考教程：https://www.bilibili.com/video/BV1Nh4y1577V/?spm_id_from=333.337.search-car...

代谢组学—Metabolomics Workbench数据库介绍

之前做的代谢组学下游分析，其实都是从测序公司给的下游数据开始处理的。对于代谢组学还有两个比较关键的点没有涉及，一是从原始的离子峰（质谱数据）处理，而是从公共数据...

可视化—转录组基因表达相关性热图

可视化—转录组箱线图美化

以前画的箱线图比较基础，最近看到一篇关于单细胞箱线图美化的帖子，正好今天在做bulkRNA的分析，就照个这篇帖子的代码，重写了一份适合bulkRNA的箱线图美化...