首先--我知道这不是一个具体的代码问题,所以可以投票结束这个问题,但是我今天花了大半个时间来解决这个问题,可能需要一些帮助。我还认为这个线程可以帮助任何试图让sftp协议在R中工作的人,因为我将分享我今天所做的事情。
我一直试图更新RCurl,因此它支持sftp协议。在R中,我的协议看起来是这样的(版本和主机也是如此):
> library(RCurl)
> curlVersion()$protocols
[1] "dict" "file" "ftp" "ftps" "gopher" "http" "https" "imap" "imaps" "ldap" "ldaps" "pop3" "pop3s" "rtsp" "smb" "smbs"
[17] "smtp" "smtps" "telnet" "tftp"
> curlVersion()$version
[1] "7.43.0"
> curlVersion()$host
[1] "x86_64-apple-darwin15.0"
不是很好-没有sftp的选择.
我遵循这个线程-- http://andrewberls.com/blog/post/adding-sftp-support-to-curl --在我的机器上更新curl,并在一定程度上成功地做到了这一点。成功部分反映在我在命令行中运行以下部分时:
curl -V
curl 7.55.1 (x86_64-apple-darwin15.6.0) libcurl/7.55.1 zlib/1.2.5
libssh2/1.8.0
Release-Date: 2017-08-14
Protocols: dict file ftp gopher http imap ldap ldaps pop3 rtsp scp sftp smtp telnet tftp
Features: AsynchDNS IPv6 Largefile libz UnixSockets
太棒了,因为我的卷发更新了。但是,当我在R中加载RCurl并运行curlVersion()时,它不会被更新。我检查了我的/usr/目录的lib文件夹,并遇到了以下问题。在我的/usr/lib和/usr/local/lib中都存在libcurl文件。具体地说:
我的/usr/local/lib目录中的文件是我想要使用的新文件,但是这里是我最头疼的地方。我将/usr/local/lib中的四个文件复制到/usr/lib中,并破坏了我的计算机。我的许多应用程序停止加载,我不得不重新安装我的OS,因为我害怕破坏任何其他东西。当我重新安装我的OS时,它会将我的文件放回它们各自的文件夹中(它们在上面的子弹中的样子)。
如果我不得不猜的话,我可能不该移动.a或.la文件.我没有把握。
最后一件事--当我在控制台中运行$ $PATH时,我得到:
$PATH
-bash: /Users/Home/.rvm/gems/ruby-2.3.3/bin:/Users/Home/.rvm/gems/ruby-2.3.3@global/bin:/Users/Home/.rvm/rubies/ruby-2.3.3/bin:/Users/Home/anaconda2/bin:/usr/local/git/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/Library/TeX/texbin:/Users/Home/.rvm/bin: No such file or directory
/usr/local/bin在/usr/bin之前。但是,我看不到/usr/local/lib或/usr/lib的任何内容--我可以将这些(/usr/local/lib)添加到我的路径中来修复吗?R中的.libPaths()给出了如下内容:
.libPaths()
"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library"
...if --它对我们有帮助
编辑--我应该注意到,所有问题的根源当然是因为在R中的curlVersion()$protocols中没有列出'sftp‘,所以当我运行RCurl::getURL()或RCurl::ftpUpload(我希望使用ftpUpload)时,我会收到以下两个错误:
> RCurl::ftpUpload(what = 'myfile.txt', to = 'sftp://userid:userpw@ip/'myfile.txt')
Error in function (type, msg, asError = TRUE) :
Protocol "sftp" not supported or disabled in libcurl
谢谢!
发布于 2017-09-29 08:57:12
从源头上安装RCurl对我来说是个窍门!
install.packages("RCurl", type="source")
我在这里找到了解决方案-- http://www.omegahat.net/RCurl/FAQ.html --特别是以下几行。
“我不能在RCurl中使用scp或sftp,但是curl的文档似乎表明它可以,那么为什么RCurl不支持它呢?”
RCurl确实支持它,但可能的问题是您安装的libcurl版本不支持它。您可以通过命令RCurl检查您的libcurl以及因此支持的curlVersion协议。如果scp和sftp不存在,请重新安装libcurl,但使用libssh2提供支持。在安装libcurl之前,您需要安装libssh2开发库和头。在某些OSes上,您需要从源重新构建RCurl。“
总的来说,这是对我的问题从头到尾的一个伟大的总结。如果您的RCurl版本不支持sftp,您需要首先安装(在命令行) libssh2,然后重新安装libcurl,然后出于某种原因从源代码重新构建。
发布于 2019-01-06 16:04:48
呼!最后,在一个带有rstudio的Ubuntu14.04对接容器中实现了这个功能。我把每一个问题都搞定了!但我不得不花更多的时间来计算找到所有这些东西,所以试图把所有这些都放在一个地方,让任何有这个问题的人--这就是我所做的.
在linux终端中:
apt-get install libcurl4-openssl-dev
wget libssh2 and then compile with ordinary
./configure
make
make install
wget curl and then compile
./configure --with-sshlib2=/usr/local
make
make install
如果您需要卷曲在终端使用sftp,它可能仍然没有在这一点。验证它是否使用了您刚刚安装的新libcurl.so.4。您刚刚安装的curl将安装到/usr/local/bin中,因此使用ldd验证它没有使用旧库。我使用的是一个旧的libcurl,所以我将旧libcurl链接到/usr/local/lib中的新libcurl,然后重新编译curl。
如果希望RCurl工作,请将所有新的库从/usr/local/lib (libcurl & libssh2)复制到/lib,然后移到R控制台。
在R控制台中:
install.packages("RCurl", type = "source")
验证sftp协议已启用
libcurlVersion()
RCurl::curlVersion()
这些应该分别显示为libcurl和RCurl启用的协议。把你们的手指交出来!
以防万一,我也做了这些事情,可能没做什么,但我做的时候,我是在撞墙,只是保持在原地。
升级的R和R工作室-服务器
在重新安装RCurl之前删除curl和RCurl的R版本。另外,在较新的rstudio中,不确定是否需要type=“源代码”。
同样,正如Canovice所指出的,在libcurl和libssh库中移动要小心。我打破了几次网络,幸运的是,因为它是一个码头容器,我刚刚重新启动。我发现一次移动一切都是最有效的,
cp /usr/local/lib/libssh* /lib && cp /usr/local/lib/libcurl* /lib
还应该注意,我是一个R新手,所以可能有更干净的方法来实现这一点,而不是到处移动库。我尝试在rstudio中使用.libaths(
),但最终放弃了。
发布于 2020-03-03 12:37:27
在实践中,我发现尝试更新现有的curl
和openssl
安装比安装全新版本和更新将使用它们的PATH
envar更危险
在我的例子中,我的新curl
和openssl
支持sftp,安装在
/usr/local/opt/curl-openssl/bin
/usr/local/opt/openssl/lib/
因此,我需要设置以下环境
PATH="/usr/local/opt/curl-openssl/bin:${PATH}"
LIBRARY_PATH="/usr/local/opt/openssl/lib/:${LIBRARY_PATH}"
在执行之前
install.packages("RCurl", type="source")
https://stackoverflow.com/questions/46482465
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