腾讯云开发者社区-腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

文章/答案/技术大牛

发布

综合排序丨最热优先丨最新优先

单细胞测序流程(单细胞rna测序)

系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因 单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释 单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析 单细胞测序流程（八）单细胞的 marker基因转化和GO富集分析 单细胞测序流程（九）单细胞的GO圈图本期主讲内容——单细胞的kegg富集分析和圈图咱们在上一个课程中进行了GO圈图绘画，但是我富集分析并不只是有GO，kegg 单细胞测序流程所有课程到这里就已结束了以后我会更新一写现在比较流行的tcga挖掘发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/127991.html原文链接：

全栈程序员站长

2022-07-31

2.4K0

标签:

单细胞||什么是单细胞组学？

id=9691116906be 03单细胞组学比单细胞测序成名更早的词——组学（Omics），英文词根"-ome"表示一类个体的系统集合。因此，单细胞组学使用单细胞转录组等多组学联合分析，全面体现细胞生命进程的变化。 04单细胞测序华大基因的联合创始人杨焕明院士来华农作报告时，曾夸张地说“万物皆可测序”。 05单细胞RNA-Seq 单细胞RNA-seq(scRNA-seq)顾名思义就是单个细胞进行转录组测序，那么什么是RNA-seq呢？ 单细胞RNA测序技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达。能肯定的是，单细胞组学一定会在生物科研史上留下浓墨重彩的一笔。以上只是我了解到的单细胞技术的一些皮毛，写在这里。

2023-02-03

1.5K0

标签:

sample5 sample6 687 622 683 686 677 674 画了核糖体，但是没有用这个，轻微的用了一下红细胞基因4 整合降维聚类分群整合：单细胞数据集可能来自不同的实验批次或平台但是有一个致命缺点，想看的基因多的话数据太多了7.5 VlnPlot三个基因有点拥挤，换成两个了8.伪bulk 转录组差异分析bulk转录组："Bulk"转录组通常指的是传统的、非单细胞分辨率的转录组分析多样本才能做这个分析 #意义是什么，好吧看到后面理解啦，话火山图用的，要不怎么花差异基因图AggregateExpression是把单细胞数据整合为常规转录组数据的方式。

2024-06-23

1.2K0

标签:

单细胞系列教程：什么是单细胞（一）

导读从本文开始，将带领还未分析过单细胞(scRNA-seq)数据的读者，从如何构建环境，什么是单细胞，单细胞的完整分析流程各方面开展学习，由于内容较多，将会分章节展开，后续会整理成完整PDF教程，请持续关注作用 单细胞的作用：在人体组织中有着令人难以置信的细胞类型、状态和相互作用的多样性。为了更好地了解这些组织和存在的细胞类型，scRNA-seq 提供了在单个细胞水平上研究表达情况的可能。挑战 单细胞分析过程中存在的挑战：在scRNA-seq 之前，使用 bulk RNA-seq进行转录组分析，这是一种比较细胞表达平均值的方法。结论虽然 scRNA-seq 是一种功能强大且富有洞察力的方法，用于以单细胞分辨率分析基因表达，但存在许多挑战和变异来源，可能使数据分析变得复杂或有限。

数据科学工厂

2023-01-26

8690

标签:

单细胞数据分析 | 单细胞计数矩阵（Seurat)

在使用seurat进行单细胞分析的时候，大多数的教程都是用计数矩阵作为数据输入，但是我发现一些新手朋友对于不同数据库来源(GEO、BD)的数据或者想要去复现、借鉴一个感兴趣的文章中的下机数据时，不知道怎么把数据处理成 Seurat可以读入的计数矩阵，所以本篇文章就详细介绍单细胞数据的上游分析。

天意生信云

2025-02-18

1K0

标签:

单细胞数据分析3（单细胞数据自动注释）

2023-10-15

7460

标签:

单细胞circRNA不温不火

前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识：但都是基于大量细胞的，而我们是单细胞天地平台，有必要也系统性探索一下单细胞circRNA技术的进展。 single-cell universal poly(A)-independent RNA sequencing (SUPeR-seq) 谷歌能搜索到的单细胞circRNA技术最早应该是Published 单细胞水平评价circRNA检测软件性能我提到过2015年12月10日发表在《Nucleic Acid Research》的 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 单细胞水平同样的也可以看不同算法的差异，比如发表于Published: 31 October 2017 在Scientific Reports volume杂志的文章：Heterogeneous circRNA 研究者还测试了 GSE53386 数据集(7 single HEK293T cells,)里面的单细胞circRNA检测情况，同样的是4个软件的比较。

生信技能树jimmy

2020-03-27

8670

标签:

腾讯云开发者社区

单细胞测序概述

四、单细胞测序的应用 4.1 单细胞转录组学 单细胞转录组学，single cell RNAseq，简称 scRNAseq，是单细胞测序领域第一个也是最基础的应用。通过单细胞转录组测序对细胞进行分类 4.2 单细胞免疫分析 单细胞免疫分析解决方案带来了一种综合的方法，能够以单细胞分辨率同时研究免疫系统的细胞异质性、T 细胞和 B 细胞组库多样性以及抗原特异性整个流程的核心在于获取单细胞，得到单细胞之后提取 mRNA，反转录成 cDNA 在测序，这些步骤与常规测序基本一致。因此如何进行单细胞的捕获分选是最重要的，也是不同单细胞平台的差别。 单细胞测序的发展历史主要就是不同单细胞捕获分选的历史。 单细胞捕获分选发展历史下图中单细胞捕获分选方法的发展历史，也是单细胞测序技术的发展过程，下面我们以时间轴顺序介绍一下几种典型的单细胞测序发展历史。

生信喵实验柴

2022-10-25

5.5K0

标签:

单细胞no.1

单细胞1 能干啥2常用数据库可以都翻一翻看，最常用的还是GEO1.Gene Expression Omnibus (GEO): GEO是一个公共数据库，收集了来自全球研究机构的大量基因表达数据，其中包括很多单细胞测序数据 2.Single Cell Portal: Single Cell Portal是Broad Institute开发的在线平台，提供了丰富的单细胞测序数据资源和分析工具。他们提供了大量的单细胞 RNA 测序数据。 https://cells.ucsc.edu/数据库怎么用GEOGEO是综合数据库，不只有单细胞从首页这里点进去。常规转录组和单细胞转录组数据都在这个分类里，二者没有单独区分，要点表格第一列的GSExxxx编号，点进去看看网页上的描述，单细胞的数据就会有“scRNA”和“single cell” 这样的字眼，比如这个

2024-06-18

4780

标签:

单细胞时代|| 单细胞代谢组学之免疫代谢

生信技能树核心成员，单细胞天地特约撰稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。这不是最好的时代，也不是最坏的时代，这里是单细胞时代。灵活的单细胞系统，高效的组织解离液，开源的数据分析工具，端到端的单细胞解决方案是未来发展的趋势。将这种分析与本观点中讨论的单细胞方法相结合，必将有助于阐明在体内复杂组织微环境中单细胞水平的免疫代谢。目前单细胞代谢组学的大规模应用还为时过早，因此免疫代谢研究进入单细胞时代需要替代方法。先前使用bulk转录组学和蛋白质组学描述细胞代谢的成功表明，使用相关的单细胞组学方法是目前的发展方向。 单细胞代谢组技术的优点和缺点 单细胞转录组与Cytometry 单细胞转录组学和多颜色细胞计数术在获取信息和建立分析所需的实验装置方面是互补的方法。

生信技能树jimmy

2021-03-10

3.9K0

标签: