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本文以一个标准的 Seurat 单细胞分析流程为例,深入探讨衡量计算性能的关键指标——运行时间(Elapsed Time)、CPU 时间(CPU Time)和等...
随着第三代测序技术,特别是PacBio HiFi(High Fidelity)测序技术的发展,我们能够获得兼具长读长和高准确度的测序数据。这为人类全基因组重测序...
在上一篇《三代测序100问:从“小白”到“大牛”,三代科研进程启动》,我们启动了“三代测序技术100问”系列,旨在系统梳理三代测序技术从基础原理到前沿应用的关键...
在进行单细胞数据分析的时,一个普遍存在的问题是,许多优秀的分析工具分散在 R 和 Python 两大生态系统中。R 语言的 Seurat 包凭具有强大的整合分析...
近期关于NIH将禁止中国、俄罗斯、伊朗等受关注国家的机构访问其受控数据存储库和相关数据的消息引起了不少讨论。不过,可以让大家放心的是,我们日常依赖的PubMed...
在这里,我们分享最新的生信分析方法🧬、实用工具解析💻和科研经验心得🧪关注我们!解锁更多生信干货✨
为了方便用户高效开展生物信息学研究,天意云生信技术团队已在服务器环境中预装了上千款常用的生信软件及R语言软件包。这极大地简化了标准分析流程的部署。
北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)汤富酬课题组与清华大学基础医学院纪家葵课题组合作在《Science》上发表题为“Chromatin Accessib...
在现代医学实践中,仍有相当一部分遗传病患者及其家庭深陷漫长的诊断困境,历经多轮检测仍无法明确病因。传统的二代测序(NGS),虽在成本和通量上占据优势,但其短读长...
在本篇推文中,我们将首先聚焦三代测序技术本身,深入探讨其相较于传统方法的革命性优势、关键应用场景以及未来五年的发展机遇。希望通过这篇前瞻性的解读,能为您理解后续...
之前我们分享过10x平台的上游定量分析流程,本文将详细介绍BD Rhapsody平台进行单细胞转录组数据的上游定量分析流程。
Rstudio在使用过程中经常遇到的问题我们已经更新到《常见问题》文档中,本篇就做一下汇总,一次性说清Rstudio问题解决方法。
在R语言中,函数是编程的核心。无论是数据分析、统计建模还是可视化,函数都扮演着至关重要的角色。作为生物信息学研究人员,掌握函数编写技巧不仅可以提高代码的质量和可...
单细胞转录组(scRNA-seq)与普通转录组(bulk RNA-seq)在差异基因分析方面存在本质区别:
细胞互作(Cell-cell interaction)指的是不同细胞类型之间通过配体-受体对进行的信号交流过程。在复杂的组织和器官中,细胞间的通讯网络对于维持组...
拟时序分析(Pseudotime analysis)是一种在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中重建细胞发育轨迹的计算方法。它基于一个关键假设:在样本中...
AI工具爆炸,模型遍地开花。今年的科研圈,要说最显眼的变化,绝对少不了“AI工具大跃进”。但问题来了!哪个模型,才是科研人该认真选择的外挂?
今天复现的文章是2022年发表在《Nature》子刊《Communications Biology》上,题为“Single-cell transcriptomi...
前面的文章我们介绍过单细胞基于python手动注释的方法,本篇基于Seurat学习自动注释和手动注释。
统计建模是数据科学中至关重要的一部分,帮助分析和预测数据中的趋势与模式。在数据科学中,常用的统计模型有回归分析、时间序列分析、分类模型、聚类模型等,每种模型有其...
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