数据科学工厂

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LV4

发表了文章 1天前2025-05-15 04:29:06

三维基因组：Loop结构差异分析(1)

本文展示了如何利用 hictoolsr、DESeq2 和 plotgardener 包来寻找和可视化两种生物条件下差异loop结构的流程。首先，需要对原始数据进...

数据科学工厂 1天前2025-05-15 04:29:06

对象、工具、论文、数据、fs

发表了文章 1天前2025-05-15 04:27:59

CUT&Tag 分析教程 | 完结撒花

在高通量测序实验中，分析计数数据的方差与均值之间的关系，并利用负二项分布模型来检测基因表达的差异。

数据科学工厂 1天前2025-05-15 04:27:59

教程、数据、数据处理、amp、cut

发表了文章 2天前2025-05-14 03:17:16

Scanpy 分析 scRNA-seq数据|质控

在本文中，使用的数据来源于健康人类供体的骨髓单核细胞，这些数据属于 openproblem 的 NeurIPS 2021 基准数据集。这些样本是通过 10X M...

数据科学工厂 2天前2025-05-14 03:17:16

数据、图表、存储、对象、函数

发表了文章 3天前2025-05-13 02:06:28

三维基因组: SELFISH 差异分析

本系列主要讲解 3D-Genome (Hi-C) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检测，差...

数据科学工厂 3天前2025-05-13 02:06:28

软件、原理、数据处理、测试、函数

发表了文章 6天前2025-05-10 02:31:50

CUT&Tag 数据处理和分析教程（9）

通常会使用基因组浏览器来查看特定区域的染色质景观。整合基因组查看器有两种版本：一个是网络应用程序版本，另一个是本地桌面版本，这两种版本都很容易操作。UCSC 基...

数据科学工厂 6天前2025-05-10 02:31:50

amp、cut、教程、可视化、数据处理

发表了文章 6天前2025-05-10 02:30:49

7种比较Linux中文本文件的最佳工具

在 Linux 系统管理与开发领域，比较文件是更新配置文件、审查代码更改或排查问题时的一项重要任务。掌握比较两个文本文件并快速找出差异的技能，可以为你节省时间，...

数据科学工厂 6天前2025-05-10 02:30:50

linux、sudo、txt、工具、脚本

发表了文章 7天前2025-05-09 04:02:27

scRNA-seq 细胞通信分析教程（长文+代码）

之前的分析主要关注单个细胞的状态。但在生物学中，细胞之间的通信可能同样重要，甚至更为关键。不过，细胞通信无法通过单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据直...

数据科学工厂 7天前2025-05-09 04:02:27

数据、通信、表格、工具、教程

发表了文章 16天前2025-04-30 06:06:42

CUT&Tag 数据处理和分析教程（8）

SEACR（用于 CUT&RUN 的稀疏富集分析工具包）专为从染色质分析数据中识别峰值和富集区域而设计。这类数据通常背景信号极低（即某些区域完全没有读数覆盖），...

数据科学工厂 16天前2025-04-30 06:06:43

cut、教程、数据、数据处理、amp

发表了文章 18天前2025-04-28 06:07:54

Linux: 检测磁盘坏块你得会吧！

什么是坏扇区/坏块？它指的是磁盘驱动器或闪存上某个区域无法进行读写操作，通常是由于磁盘表面有永久性物理损伤或者闪存晶体管出现故障。

数据科学工厂 18天前2025-04-28 06:07:54

工具、文件系统、系统、linux、磁盘

发表了文章 19天前2025-04-27 05:12:53

还在为细胞类型注释困扰？快试试 mLLMCelltype ！

细胞类型注释是单细胞数据分析中的关键步骤。目前注释方法依赖于人工，手动将每个细胞簇中高表达的基因与文献中的经典细胞类型标记基因进行比对。这一流程及其耗时，而且需...

数据科学工厂 19天前2025-04-27 05:12:53

可视化、框架、模型、数据、性能

发表了文章 19天前2025-04-26 12:46:56

单细胞轨迹分析教程（长文+代码）

伪时间分析和 RNA 速度分析为揭示了单细胞水平上细胞状态变化的丰富细节。当研究发育中的原代组织或类器官等干细胞模型这样的复杂动态系统时，希望利用这些信息来追踪...

数据科学工厂 19天前2025-04-26 12:47:37

对象、教程、模型、数据、系统

发表了文章 19天前2025-04-26 12:46:43

三维基因组: Hi-C 差异分析(1)

本系列主要讲解 3D-Genome (Hi-C) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检测，差...

数据科学工厂 19天前2025-04-26 12:46:44

压缩、命令行工具、数据分析、编码、数据

发表了文章 23天前2025-04-23 03:20:57

CUT&Tag 数据处理和分析教程（7）

某些项目可能需要对比对质量分数进行更严格的过滤。本文细讨论了bowtie如何分配质量分数，并举例说明。

数据科学工厂 23天前2025-04-23 03:20:57

cut、教程、数据、数据处理、amp

发表了文章 24天前2025-04-22 06:17:20

R中单细胞RNA-seq分析教程 (16)

本系列开启 R 中scRNA-seq数据分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！想要获取更多教程内容或者生信分析服务可以添加文末的学习交流群或客服QQ:941...

数据科学工厂 24天前2025-04-22 06:17:20

模型、数据、对象、工具、教程

发表了文章 26天前2025-04-19 15:21:20

3D-Genome | TAD 调用之 HiCseg

本系列合集主要用于 3D-Genome (Hi-C ) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检...

数据科学工厂 26天前2025-04-19 15:21:20

函数、模型、数据、索引、动态规划

发表了文章 2025-04-142025-04-14 03:05:24

虚惊一场！GitHub官方回应

4 月 13 日，访客身份 + 中国 IP 直联访问 GitHub 出现 403 禁止的报错。

数据科学工厂 2025-04-142025-04-14 03:05:24

com、ip、登录、配置、github

发表了文章 2025-04-132025-04-13 09:16:24

CUT&Tag 数据处理和分析教程（6）

CUT&Tag 技术会在靠近固定酶的染色质颗粒两侧加上接头，不过染色质颗粒内部的标签化反应也有可能发生。所以，当 CUT&Tag 针对组蛋白修饰时，得到的主要是...

数据科学工厂 2025-04-132025-04-13 09:16:24

教程、数据处理、amp、cut、size

发表了文章 2025-04-092025-04-09 06:04:20

R中单细胞RNA-seq分析教程 (15)

之前讲解了如何通过扩散图（diffusion map）为一条没有分叉的细胞轨迹重建伪时间（pseudotimes）。但如果系统很复杂，包含多种不同的终点状态，还...

数据科学工厂 2025-04-092025-04-09 06:04:21

系统、数据分析、函数、教程、数据

发表了文章 2025-04-092025-04-09 06:03:02

3D-Genome之如何衡量不同的TADs结果

本系列合集主要用于 3D-Genome (Hi-C ) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检...

数据科学工厂 2025-04-092025-04-09 06:03:02

工具、公众号、函数、程序、多线程

发表了文章 2025-04-042025-04-04 08:16:41

CUT&Tag 数据处理和分析教程（5）

CUT&Tag 技术会将接头序列插入到抗体连接的 pA-Tn5 附近的 DNA 中，而插入的具体位置会受到周围 DNA 可及性的影响。因此，那些起始和结束位置完...

数据科学工厂 2025-04-042025-04-04 08:16:41

数据处理、alignment、cut、教程、数据

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暂未填写公司和职称
聚焦「数据科学 | 生命科学 | Python | 机器学习」等前沿交叉学科，定期分享理论教程与应用实践等。
腾讯云开发者社区程序人生
暂未填写学校和专业
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加入社区时间：2018-09-07

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