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本系列讲解 空间转录组学 (Spatial Transcriptomics) 相关基础知识与数据分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发，文末有交流群！
为了识别由于热休克导致的染色质 3D 构象中的变异，我们将使用 R 包 diffloop 进行差异分析，该包实现了两种策略来评估可变 DNA Loop的显著性：...
由于 HiChIP 实验流程中包含免疫沉淀步骤，因此可以把 loops 定义为被靶向蛋白结合的区间（即 anchor regions）之间的相互作用。
过滤步骤将配置文件和每个 mate 的最终合并 BAM 文件作为输入，并使用以下命令执行 reads 配对并将其分配到限制片段（-s proc_hic）：
HiC-Pro 是用于处理 Hi-C 数据的 pipeline，它从测序 reads（FASTQ 文件）开始，执行多个步骤，如 alignment、filter...
在本文中，我们将分析 Lyu 等人 的数据集，该数据集包含来自人类胚胎干细胞（hESC）在不同“architectural proteins”于热休克处理前后的...
HiChIP 是一种基于原位 Hi-C 的新型方法，用于分析染色质相互作用，它在流程中加入了一个免疫沉淀 (ChIP) 步骤，以研究由特定蛋白质驱动的染色质结构...
本系列讲解 使用 Scanpy 分析单细胞（scRNA-seq）数据 教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发！
在本文中，我们将使用 Caki2 细胞系的 Hi-C 数据来说明利用 Hi-C 数据发现 SVs 的过程。
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