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人肺内皮细胞整合单细胞图谱

推荐一篇单细胞转录组测序对人肺内皮细胞进行详细解析的文献。背景：肺内皮细胞的多样性在人类中尚未得到系统的描述。我们提供了人类肺内皮细胞(ECs)的参考图谱，以促进更好地理解肺内皮细胞的表型多样性和组成。结果：6个肺scRNAseq数据集被重新分析和注释，以识别来自73个个体的15000个血管EC细胞。EC的差异表达分析显示了与内皮谱系相关的特征，包括泛内皮、泛血管和亚人群特异性标记基因集。除了淋巴、毛细血管、动脉和静脉内皮细胞的宽泛细胞类别外，还在静脉EC中发现了以前难以区分的亚群，分别为定位于肺实质的肺静脉EC (COL15A1neg)和定位于气道和肺胸膜的全身静脉EC (COL15A1pos 结论：作者综合分析提供了一个全面和精心制作的正常肺内皮细胞参考图谱，并确认和详细描述了大量人类和小鼠中此前未被识别的内皮细胞群。

生信菜鸟团

2022-10-31

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肺上皮细胞单细胞亚群

，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。反而是上皮细胞，大家很少涉及到，但是肺癌既然是来源于结直肠这样的组织，它的上皮细胞就不可能是一个纯粹的上皮，理论上是可以细分的。上面的这个文章其实也接下来部分细分：正常的肺的上皮细胞细分可以看到来自于正常的肺的上皮细胞约2000个，可以分成如下所示的5个亚群： alveolar type I cell (AT1; AGER ：近十种细胞亚群大家也可以去测试一下这些基因在你的肺部单细胞数据集里面是否好用。去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较最基础的往往是降维聚类分群

生信技能树jimmy

2022-04-18

1.7K0

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人源3D肺模型与ALI气液界面培养技术解析：Epithelix MucilAir、SmallAir与AlveolAir在呼吸系统研究中的应用

在这一背景下，人源原代肺细胞、ALI气液界面培养模型和3D肺组织模型逐渐成为呼吸系统疾病机制研究、吸入制剂评价、肺部安全性研究以及药物筛选中的重要工具。在人原代细胞方面，Epithelix可提供多种低代次冷冻保存细胞，包括原代肺泡上皮细胞、肺泡巨噬细胞等。这类细胞来自人肺组织分离，并经过标准化冻存和运输处理，以尽可能保证细胞活性与实验一致性。不过，原代细胞通常对培养条件更敏感，也不适合无限传代，因此在实验设计中需要尽量减少传代次数，并控制复苏、培养和保存条件。图2：Epithelix人原代冻存细胞产品清单。对于吸入药物研究而言，将人源肺模型与动态暴露系统结合，可以进一步接近真实吸入场景；对于肺毒性评价而言，人源细胞来源模型也有助于减少物种差异带来的解释困难。六、总结Epithelix长期专注于人呼吸系统体外模型开发，其原代肺细胞、ALI气液界面模型和3D肺组织体系，正在成为呼吸疾病研究与吸入药物开发中的重要工具。

小博聊生物

2026-05-12

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医疗大健康

ADC肺毒性评价新方法：基于人源肺泡模型同步评估抗癌疗效与肺损伤风险

关键词：人原代肺细胞、ADC、肺毒性评价、人源肺泡模型、AlveolAir、HER2、T-DXd、T-DM1、间质性肺病、药物安全性评价、MPS一、ADC肺毒性研究为何需要更高生理相关性的体外模型抗体药物偶联物该体系采用AlveolAir人源肺泡模型作为肺组织部分，并结合HER2阳性的SK-BR-3乳腺癌细胞球状体，从而模拟药物进入体内后在肿瘤与肺组织之间产生的复杂相互作用。 AlveolAir模型由原代人Ⅰ型肺泡细胞、Ⅱ型肺泡细胞以及内皮细胞共同构建，通过气液界面培养形成具有生理相关性的肺泡屏障结构。图4：T-DXd、T-DM1处理人源肺泡体外模型的整体细胞毒性四、炎症反应分析结果除了整体毒性外，研究还评估了肺组织炎症反应情况。相关研究涉及人源肺泡组织模型、原代肺细胞、肺毒性评价体系以及呼吸系统体外研究模型等方向，可为药物研发、安全性评价及机制研究提供参考。

小博聊生物

2026-06-02

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医疗大健康

单细胞测序获得人类肺的分子细胞图谱

方法流程研究结果 1人类肺的58种分子细胞类型作者获得了3个病人正常的肺组织，包括支气管、细支气管和肺泡区域以及外周血。图1 人肺和血细胞的scRNA-seq和注释策略 2新的肺细胞类型、亚型和状态基底细胞有多种分子细胞类型，在激素产生(ALOX15、ADH7、SNCA)和粘附(POSTN、ISLR、PCDH7)方面存在差异图2 肺上皮细胞，内皮细胞和基质细胞类型的身份和位置图3 肺免疫细胞 3细胞标记基因作者鉴定了大约400个细胞类型的转录因子，它们可以通过细胞重编程创建所有肺细胞类型。 5 细胞类型的进化通过细胞类型标记的保守表达确定同源细胞类型,小鼠似乎缺少58种人类肺细胞中的17种(29%)，其中包括14种(86%)新发现的肺细胞中的12种。 3) 小鼠缺少58种人肺细胞类型中的17种，进化的细胞类型和表达的变化预测小鼠将无法模拟人类的肺生理和疾病。

生信交流平台

2022-09-21

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人原代肝细胞PHH与肝非实质细胞应用解析：药物代谢、肝毒性检测与MASH模型研究

摘要：人原代肝细胞（PHH）和人肝非实质细胞是药物代谢、肝毒性检测、药物相互作用研究以及肝病机制研究中的重要体外模型。关键词：人原代肝细胞、PHH、人肝非实质细胞、Kupffer细胞、肝星状细胞、肝内皮细胞、肝细胞培养基、药物肝毒性检测、MASH模型、体外肝脏模型一、人原代肝细胞选型主要标准人原代肝细胞是药物研发中评估代谢稳定性三、人原代肝细胞PHH的主要类型与应用场景人原代肝细胞是药物研发中使用广泛的肝脏细胞模型。人原代肝细胞培养基清单以冻存人原代肝细胞为例，细胞签收后应立即转移至气相液氮中长期储存，推荐储存温度通常在-135℃至-190℃范围内。关于技术来源undefined本文基于人原代肝细胞、PHH、人肝非实质细胞、Kupffer细胞、肝星状细胞、肝内皮细胞、人原代肝细胞培养基、药物肝毒性检测、药物代谢和MASH模型研究等公开资料整理，用于科研信息分享和实验参考

小博聊生物

2026-07-06

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医疗大健康

AbMole | FGF-9在原代细胞、干细胞及类器官培养中的应用

一、重组FGF-9蛋白在原代细胞培养中的应用FGF-9（Recombinant Human FGF-9）在原代细胞培养体系中具有独特优势。与永生化细胞系不同，原代细胞在体外培养时往往面临增殖能力有限和表型不稳定的挑战。添加FGF9能有效促进多种原代细胞（如肺血管平滑肌细胞、神经元前体细胞和肿瘤细胞）的存活和增殖。 FGF9促进腰椎黄韧带原代细胞体外增殖的划痕实验[2]二、 FGF-9（重组FGF-9蛋白）在干细胞培养中的应用1. 在小鼠肺上皮干细胞的研究中，FGF-9显著增加了肺上皮干细胞集落的数目和体积，且这种作用不被其受体抑制剂消除，表明FGF-9通过非受体依赖途径促进细胞增殖[4]。例如，在脑类器官的培养中，FGF-9被用于促进神经干细胞的增殖和分化[13]。在肺类器官的培养中，FGF-9也被用于促进肺上皮细胞的分化和成熟[14]。

2026-05-12

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单细胞谱系分析重建人类肺末梢祖细胞分化过程

当原始肺祖细胞在体外分化时，作者观察到分叉的细胞命运轨迹，其中一些子代达到其AEC2命运目标，而其他子代则转向其他非肺内胚层命运。此外，在Nkx2-1表达缺失的情况下，多个肺上皮细胞通过一种涉及Foxa2驱动的非肺命运抑制缺失的机制，在胎儿或成人肺中恢复为NLE命运（Little等人，2019年）（Snyder等人，2013年）。这就导致了一个可扩展的肺祖细胞池，即使在体外大量增殖后，也能维持稳定的AEC2样命运。虽然我们在对祖细胞进行分类后尽可能早地对细胞进行采样，但在对肺祖细胞标记物NKX2-1进行分类前，或使用表观遗传分析方法，早期收集内胚层样本，可以识别在我们的转录组学分析中可能遗漏的某些细胞命运预测的模式这些结果与先前的观察结果一致，即所有远端肺上皮细胞后代均通过内胚层NKX2-1 +祖细胞的通路产生，而不是来自其他来源。

生信技能树jimmy

2020-03-30

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文献分享--空间单细胞图谱揭示健康与病变人肺的区域性差异

作者，Evil Genius最近有一些人问我什么是封装类的脚本，其实这种脚本就是以传参的形式分析我们的单细胞数据，以单细胞整合为例，如果批次矫正的方法原本是CCA，现在想换成harmony，如果脚本不封装这种多技术联用策略为构建高精度肺组织空间图谱提供了可靠方案结果2、不同组织区域中的特定细胞类型和状态细胞分布具有明确的区域偏好性：远端肺：主要富集AT1和AT2肺泡上皮细胞。基因表达谱（如KRT5/15在气管，SFTPB在远端肺）进一步证实了这种组成差异。揭示了分泌细胞的高度异质性与区域分布：杯状细胞：主要富集于气管和近端肺。前终末细支气管细胞：仅存在于远端肺。 GHRL阳性神经内分泌细胞在成人远端肺中的特异性存在。）肺组织在细胞组成和空间结构上的特异性改变。

2025-11-06

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各种肺上皮单细胞亚群的处理前后差异

跟我们在2021的尾巴在《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号推出来的10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万，比较类似。可以参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释，我们演示了第一层次的分群。如果你对单细胞数据分析还没有基础认知，可以看基础10讲： 01. 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较我们前面其实提到过来自于正常的肺的上皮细胞可以分成如下所示的其它单细胞转录组高级分析，我们也多次分享过细节教程：张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚细胞通讯分析的背景知识构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）细胞通讯分析结果的解读 SCENIC转录因子分析结果的解读人人都能学会的单细胞聚类分群注释对单细胞表达矩阵做gsea分析单细胞转录因子分析之SCENIC流程

生信技能树jimmy

2022-03-14

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