Perl，使用带有部分文件名的数组来匹配目录的文件。
Perl，使用带有部分文件名的数组来匹配目录的文件。
提问于 2015-03-02 12:29:57
因此，我有一个目录，其中的文件名如下：
HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam.bai
HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.exome.20120522.bam_herc2_data.bam
HG00117.mapped.illumina.mosaik.GBR.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam
HG00117.mapped.illumina.mosaik.GBR.exome.20110411.bam.bai
NA20828.mapped.illumina.mosaik.TSI.exome.20110411.bam_herc2_phase1.bam
NA20828.mapped.ILLUMINA.bwa.TSI.low_coverage.20130415.bam_herc2_data.bam我有一个input.txt文件，它包含在每一行中。
NA20828
HG00119如您所见，input.txt文件在目录中具有文件名的开头。
我想要做的是过滤input.txt中具有名称的目录中的文件(在本例中仅为开头)。我不知道我是否清楚，但这是我迄今所做的代码。
use strict;
use warnings;
my @lines;
my @files = glob("*.mapped*");
open (my $input,'<','input.txt') or die $!;
while (my $line = <$input>) {
push (@lines, $line);
}
close $input;我使用glob只过滤名称中映射的文件，因为我在那里有其他我不想查找的文件。
我尝试了一些foreach循环，也尝试了grep和regex，我很确定我的方法是正确的，我认为我的错误可能是关于范围的。
我会感谢任何帮助的人！谢谢!
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2015-03-02 13:34:03
好的，首先-您的while循环是多余的。如果从列表上下文中的文件句柄读取，它会读取全部内容。
my @lines = <$input>; 将执行与while循环相同的操作。
现在，对于您的模式-您将一个列表与另一个列表进行匹配，但部分匹配。
chomp ( @lines );
foreach my $file ( @files ) {
foreach my $line ( @lines ) {
if ( $file =~ m/$line/ ) { print "$file matches $line"; }
}
}(是的，像grep或map之类的东西可以做到这一点，但我总是发现这两个让我头疼--它们更整洁，但它们在隐式循环，所以算法效率不高)。
Stack Overflow用户
发布于 2015-03-02 15:21:41
您可以从input.txt的内容构建一个正则表达式，如下所示
my @lines = do {
open my $fh, '<', 'input.txt' or die $!;
<$fh>;
};
chomp @lines;
my $re = join '|', @lines;然后使用以下方法查找所需文件
my @files = grep /^(?:$re)/, glob '*.mapped*';请注意，如果input.txt中的列表包含任何regex元字符，如.、*、+等，则需要转义它们，可能需要使用如下所示的quotemeta
my $re = join '|', map quotemeta, @lines;而且，除非您确信文件中永远不会有这样的字符，否则最好还是这样做。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/28818912
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