Procrustes test

Listenlii-生物信息知识分享

发布于 2020-05-29 17:15:12

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文章被收录于专栏：Listenlii的生物信息笔记

上文

WR: 评估中国46个饮用水供应系统的水源水对自来水细菌群落的影响

提到了Procrustes test，本文简要说明一下。

该方法来自于2001年一篇文章，目前引用655次。

Link: https://link.springer.com/article/10.1007/s004420100720

Procrustes test比较两组数据的相似性，可作为Mantel test的替代。

文章结果表明，Procrustes test的效果等于或优于Mantel test。

Procrustes通过将一个矩阵旋转到与目标矩阵的最大相似度，从而最小化差异的平方和。

在R中vegan包可以简单实现。

 1##Protest: Procrustes test
 2
 3library(vegan)
 4
 5procrustes(X, Y, scale = TRUE, symmetric = FALSE, scores = "sites", ...)
 6X:目标矩阵
 7Y:要变换的矩阵
 8scale:允许缩放Y轴
 9
10#protest是procrustes增强的函数，结果包含内容更多。
11data(varespec)
12vare.dist <- vegdist(wisconsin(varespec))
13mds.null <- monoMDS(vare.dist, y = cmdscale(vare.dist))
14mds.alt <- monoMDS(vare.dist)
15#用以上两个矩阵进行procrustes
16vare.proc <- protest(mds.alt, mds.null)
17vare.proc
18
19Call:
20protest(X = mds.alt, Y = mds.null) 
21
22Procrustes Sum of Squares (m12 squared):        0.2575 
23Correlation in a symmetric Procrustes rotation: 0.8617 
24Significance:  0.001 
25Permutation: free
26Number of permutations: 999
27
28#0.8617 为相关性
29#0.001为显著性
30
31plot(vare.proc)