问如何避免在省略参数时出现argparser类型错误？
EN

Stack Overflow用户

提问于 2020-07-28 17:30:21

回答 1查看 266关注 0票数 1

在R中使用argparser时，当在对add_argument的调用中指定参数的类型，但没有在MacOSX命令行将参数传递给脚本时，我得到了一个错误。例如，给定这个R脚本：

library(argparser)
p <- arg_parser(description = "A test parser")
p <- add_argument(p, "--alpha", type = "double", help = "alpha for p-value")
p <- add_argument(p, "--sig-digits", type = "integer", help="number of significant digits")
args <- parse_args(p)
print(str(args))

并在命令行中调用它：

Rscript argparser-test.R --alpha 0.1

我得到的结果是：

Error in (function (object, class, nargs)  :
Invalid argument value: expecting integer but got: (NA).
Calls: parse_args -> mapply -> <Anonymous>

有趣的是，如果让--alpha接受它的默认值，就不会出现错误：

Rscript argparser-test.R

List of 5
 $           : logi FALSE
 $ help      : logi FALSE
 $ opts      : logi NA
 $ alpha     : logi NA
 $ sig_digits: logi NA
NULL

注意，这里sig_digits的NA值是logical类型，而不是add_argument函数中定义的integer类型。

我是不是做错了什么？同时，我想我可以通过设置默认的--sig-digits = -1来解决这个问题，然后将其作为异常处理，但我不希望这样做。

更新:实际上，-1抛出了同样的错误，这是非常令人沮丧的，因为我想使用一个数字来表示没有意义的异常。9999可以工作，不太可能由用户输入，但实际上它是有效的。

argparse

command-line-arguments

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-07-28 17:38:42

大约一个月前，我经历了这个错误。这是argparser包如何解析可选参数的问题。基本上，它确实尊重可选参数的顺序，因为它在每种情况下都应该这样做，有时它会因此期望错误的参数类型。

我已经在package bitbucket页面上打开了一个issue。我强烈建议提升这一点，并添加一个评论，以帮助增加对该问题的关注。

在我的问题中，我为这个问题提供了一个可能的解决方案，它相当于将parse_args更改为以下定义(您可以使用此函数拉出并重新创建包，在这一点上，它将按预期工作)

parse_args <- function (parser, argv = commandArgs(trailingOnly = TRUE)) 
{
    stopifnot(is(parser, "arg.parser"))
    values <- list()
    argv <- preprocess_argv(argv, parser)
    arg.flags <- parser$args[parser$is.flag]
    x <- as.logical(parser$defaults[parser$is.flag])
    x[is.na(x)] <- FALSE
    names(x) <- sub("^-+", "", arg.flags)
    flag.idx <- match(arg.flags, argv)
    flag.idx <- flag.idx[!is.na(flag.idx)]
    if (length(flag.idx) > 0) {
        x[match(argv[flag.idx], arg.flags)] <- TRUE
        argv <- argv[-flag.idx]
    }
    values <- c(values, x)
    if (values$help) {
        print(parser)
        quit()
    }
    x <- parser$defaults[parser$is.opt.arg]
    arg.opt <- parser$args[parser$is.opt.arg]
    names(x) <- sub("^-+", "", arg.opt)
    i <- match("--opts", argv)
    if (!is.na(i)) {
        opts <- readRDS(argv[i + 1])
        opts <- opts[!names(opts) %in% c("opts", "help")]
        idx <- match(sanitize_arg_names(names(opts)), sanitize_arg_names(names(x)))
        if (any(is.na(idx))) {
            stop("Extra arguments supplied in OPTS file: (", 
                paste(setdiff(names(opts), names(x)), collapse = ", "), 
                ").")
        }
        x[idx] <- opts
    }
    arg.idx <- match(arg.opt, argv)
    arg.idx <- arg.idx[!is.na(arg.idx)]
    arg.opt.types <- parser$types[parser$is.opt.arg]
    arg.opt.nargs <- parser$nargs[parser$is.opt.arg]
    ###               ###
    ## Altered section ##
    ###               ###
    if (length(arg.idx) > 0) {
        # extract values following the optional argument label
        x[ind <- match(argv[arg.idx], arg.opt)] <- argv[arg.idx+1];
        # convert type of extraced values; x is now a list
        x[ind] <- mapply(convert_type,                                
                         object = x[ind], 
                         class = arg.opt.types[ind], 
                         nargs = arg.opt.nargs[ind], 
                         SIMPLIFY = FALSE);                                    
        # remove extracted arguments
        to.remove <- c(arg.idx, arg.idx+1);
        argv <- argv[-to.remove];
    }
    ###               ###
    ## Altered section ##
    ###               ###
    values <- c(values, x)
    x <- argv
    args.req <- parser$args[parser$is.req.arg]
    args.req.types <- parser$types[parser$is.req.arg]
    args.req.nargs <- parser$nargs[parser$is.req.arg]
    if (length(x) < length(args.req)) {
        print(parser)
        stop(sprintf("Missing required arguments: expecting %d values but got %d values: (%s).", 
            length(args.req), length(x), paste(x, collapse = ", ")))
    }
    else if (length(x) > length(args.req)) {
        print(parser)
        stop(sprintf("Extra arguments supplied: expecting %d values but got %d values: (%s).", 
            length(args.req), length(x), paste(x, collapse = ", ")))
    }
    else if (length(args.req) > 0) {
        names(x) <- args.req
        x <- mapply(convert_type, object = x, class = args.req.types, 
            nargs = args.req.nargs, SIMPLIFY = FALSE)
    }
    values <- c(values, x)
    names(values) <- sanitize_arg_names(names(values))
    values
}