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问合并未知字符串的匹配切片
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Stack Overflow用户

提问于 2020-03-06 02:50:27

回答 1查看 44关注 0票数 3

我正在解一个谜，我有一个很大的数字字符串的几个片段。起初，它们似乎是随机的，但通过一些频率分析，我了解到它们都是一个大字符串的片段。

问题是这些切片可能包含大字符串的单独部分，但不包含它们所在位置的信息，甚至可能包含单独的子字符串。例如：

text: 0102030405060708091011121314151617181920
slice 1: 010203041516171819
slice 2: 030405060717181920
slice 3: 060708091011121314
slice 4: 040506071213141516

请注意，通过滑动切片，我可以重建原始文本：

slice 1: 01020304                    1516171819
slice 2:     0304050607                  17181920
slice 3:           060708091011121314
slice 4:       04050607        1213141516

由于原始文本可能是数百甚至数千位数字，手动完成它是非常困难和耗时的。我有一个80个切片的集合，它们应该产生一个合并的字符串，这是原始文本，而我没有。

我搜索了一些字符串匹配算法，例如最长的公共子字符串，但它们不包括拆分切片以尝试匹配。此外，diff算法通常不支持一次合并多个字符串，并且两个切片包含的共同之处太少，因此这一点没有用，通常会给出错误的匹配，最终失败。

string-matching

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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-03-06 03:44:05

如果我有这样的名声，我会发表评论，但这个问题看起来类似于从大量小的测序片段组装基因组。我不确定最新的技术是什么，但我是如何被教导如何做到这一点的。

这个问题(关于基因组组装-但同样可能适用)可能会有所帮助：http://rosalind.info/problems/grep/

和来自Rosalind的关于De Brujin图http://rosalind.info/search/?q=%20bruijn的问题子集

票数 0

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/60556884

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