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文章/答案/技术大牛

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LV4

发表了文章 2天前2025-04-21 12:58:41

单细胞scRank药物反应推断工具学习

scRank是一种利用目标扰动基因调控网络(target-perturbed gene regulatory networks, tpGRN)对未处理scRNA...

凑齐六个字吧 2天前2025-04-21 12:58:41

数据挖掘

发表了文章 4天前2025-04-19 16:42:24

单细胞实战之CytoTRACE2和monocle3——入门到进阶(高级篇2）

接下来将回顾学习CytoTRACE2和monocle3两个工具，CytoTRACE2通过预测细胞发育潜能分数和分类，辅助研究者定位发育轨迹的起始点；而monoc...

凑齐六个字吧 4天前2025-04-19 16:42:24

数据挖掘

发表了文章 7天前2025-04-16 23:57:34

单细胞geneNMF分析流程学习

非负矩阵分解是一种用于分析高维数据的方法，它可以从一组非负数据向量中提取稀疏且有意义的特征。该方法非常适合分解单细胞RNA测序数据，有效地将大型的复杂矩阵(基因...

凑齐六个字吧 7天前2025-04-16 23:57:33

数据挖掘

发表了文章 10天前2025-04-13 08:35:01

单细胞实战之cellchat——入门到进阶(高级篇1）

在中级篇中已经完成了细胞亚群的细分流程，并回顾了几个重要的分析工具。接下来将进入高级篇的内容。首先将回顾最常用的细胞通讯工具之一——CellChat。在该讲中会...

凑齐六个字吧 10天前2025-04-13 08:35:01

数据挖掘

发表了文章 18天前2025-04-06 01:44:23

单细胞实战之Ro/e、Augur、miloR——入门到进阶(中级篇4）

在上一讲中完成了inferCNV的分析流程，本讲将回顾学习单细胞分析中的三个工具：Ro/e、Augur、miloR，这三个工具分别能够判断细胞簇在组织分布倾向、...

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数据挖掘

发表了文章 19天前2025-04-05 02:14:20

sc-DRS: 连接疾病GWAS与单细胞数据的分析方式

近几年，孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）方法在疾病因果推断研究中备受关注。MR利用基因变异作为工具变量，推断暴露因子与疾...

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数据挖掘

发表了文章 21天前2025-04-02 23:51:15

Dependency Map(DepMap)数据库学习

简单来说DepMap数据库已经探索了改变不同基因之后不同细胞模型的功能表型（增殖活力）的影响，而这个数据我们可以在官网进行在线探索，也可以下载之后进行自行分析。

凑齐六个字吧 21天前2025-04-02 23:51:15

数据挖掘

发表了文章 24天前2025-03-30 08:10:25

单细胞实战之inferCNV——入门到进阶(中级篇3）

在前两讲中，我们已经完整介绍了CD4+ T细胞的提取及其亚群细分的流程。本讲将聚焦于单细胞分析领域中的重要工具——inferCNV，用于判断不同细胞亚群的CNV...

凑齐六个字吧 24天前2025-03-30 08:10:25

数据挖掘

发表了文章 2025-03-232025-03-23 15:28:40

单细胞实战之亚细胞分群之CD4+T细胞分群——从入门到进阶(中级篇2）

上一讲在完成了从T/NK至CD4+T细胞流程实践后，在这一讲内容中我们将对CD4+T细胞进行亚群的细分。中级篇1最后的工程文件以及本次课程中会用到的一些文件：链...

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数据分析

发表了文章 2025-02-222025-02-22 11:32:25

单细胞实战之亚细胞分群从T/NK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）

在完成了1. 基础流程、2. 三个“矫正”工具、3. “差异”与“富集”两个工具、以及 4. 两个映射工具这四个初级部分的学习后，我们将正式进入中级篇，第一讲...

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数据挖掘

发表了文章 2025-02-162025-02-16 00:00:55

单细胞实战之Scissor和BayesPrism映射——入门到进阶(初级篇4）

我们在上一讲内容中学习了pseudobulks和GSVA富集分析~ 接下来我们我们学习一下两个“映射”工具——Scissor和BayesPrism。同时本次分析...

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数据挖掘

发表了文章 2025-02-142025-02-14 23:56:05

单细胞实战之pseudobulks分析，GSVA富集分析——入门到进阶(初级篇3）

我们在上一讲内容中学习了“矫正”数据的三个工具~ 分别为细胞周期矫正，去除双胞体和RNA污染。接下来我们再来学习一下pseudobulks分析、GSVA富集分析...

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数据挖掘

发表了文章 2025-02-122025-02-12 12:25:58

单细胞上游分析/cellranger流程学习(一）

这次来学习一下单细胞数据的上游分析，本次主要集中在环境部署、软件安装和数据下载这三个方面。

凑齐六个字吧 2025-02-122025-02-12 12:25:58

数据挖掘

发表了文章 2025-02-112025-02-11 03:48:44

如何选择单细胞分析流程中的主成分数量：策略学习

在单细胞流程中，需要选定合适的主成分数量然后再进行后续的分析，过多和过少的主成分都可能会为后续的分析带来不同程度的影响。

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数据挖掘

发表了文章 2025-02-092025-02-09 23:53:52

单细胞实战之细胞周期矫正，双胞体和RNA污染去除——入门到进阶(初级篇2）

我们在上一讲内容中得到处理好后的数据集之后，接着来学习“矫正”数据的三个工具~ 分别为细胞周期矫正，去除双胞体和RNA污染。

凑齐六个字吧 2025-02-092025-02-09 23:53:52

数据挖掘

发表了文章 2025-02-092025-02-09 00:20:03

单细胞实战之样本整理，细胞注释和部分图表绘制---从入门到进阶(初级篇1）

在完成了马拉松课程后，我们应该对单细胞分析有了基本了解。接下来，我们将开启新的篇章——单细胞实战：从入门到进阶。

凑齐六个字吧 2025-02-092025-02-09 00:20:03

数据挖掘

发表了文章 2025-01-312025-01-31 08:20:00

datapasta包学习-可复制网页、Excel表格等其他来源的数据至Rstudio中

datapasta 是一个 R 语言中用于优化数据复制和粘贴（copy-paste）的 R 包，旨在简化数据导入和转换过程，减少手动格式调整的需求，提高数据...

凑齐六个字吧 2025-01-312025-01-31 08:20:00

数据挖掘

发表了文章 2025-01-202025-01-20 00:09:20

临床预测模型-中位随访和生存时间区别及R语言计算

在生存分析或随访性研究中，“中位随访时间（median follow-up time）” 和 “中位生存时间（median survival time）” 是两...

凑齐六个字吧 2025-01-202025-01-20 00:09:20

数据挖掘

发表了文章 2025-01-172025-01-17 13:23:27

ChAMP甲基化芯片分析官方流程学习

ChAMP(Chip Analysis Methylation Pipeline)是一个用于Illumina 450K和850K DNA甲基化芯片数据分析的R包...

凑齐六个字吧 2025-01-172025-01-17 13:23:27

数据挖掘

发表了文章 2025-01-102025-01-10 07:00:17

SHAP (SHapley Additive exPlanations)及kernelshap预测单样本/全局情况和shapviz可视化学习

在上一期推文中学习了如何结合DALEX和shapviz 对单样本进行预测并进行可视化分析。

凑齐六个字吧 2025-01-102025-01-10 07:00:17

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