单细胞Scillus可视化R包学习

注：若对内容有疑惑或者有发现明确错误的朋友，请联系后台。更多相关内容可关注公众号：生信方舟 。

基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(五)-cellchat

CellChat是一个专门用于分析单细胞数据中细胞–细胞通讯的R包。它可以根据单细胞表达数据，结合配体–受体数据库推断细胞群体之间的信号网络，并为每个配体–受体...

Scissor工具常见报错及解决

最近有小伙伴问起Scissor工具的报错，因此就再次回顾一下。目前在很多分析中都会用到Scissor法，但由于Scissor法目前没有更新还是最兼容Seurat...

TMEclassifier免疫微环境分类工具学习

这个R包可以基于134个肿瘤微环境相关的基因表达谱把样本分成三类，分别为免疫激活型(IA)、免疫抑制型(IS)和免疫荒漠型(IE)，并且其主要是IOBR这个工具...

基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(四)-hdWGCNA

hdWGCNA全称是high-dimensional Weighted Gene Co-expression Network Analysis，即高维加权基因共...

基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(三)-SpaCET

SpaCET用于估算肿瘤微环境中的细胞谱系组成和细胞间相互作用。简而言之，SpaCET首先通过整合常见恶性肿瘤的基因模式字典来推断癌细胞丰度。随后，SpaCET...

基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(二)-SPOTlight

上一篇推文采用了RCTD工具，本次我们使用SPOTlight映射，SPOTlight 是一种用于解析（去卷积）细胞类型及其在每个捕获位置中所占比例的工具，这些位...

单细胞scDblFinder异质性双细胞检测学习

scDblFinder包含了一系列用于在单细胞测序数据中检测和处理双细胞/多细胞（即在同一个液滴或反应体系中捕获了多个细胞）的方法，这些方法可以补充基于细胞标签...

基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(一)

本次分析使用的数据集是：GSE281978，选择了其中的一个数据GSM8633891进行分析；

CellphoneDB的分析流程(方法二)学习

CellphoneDB 是一个用于分析单细胞转录组数据中细胞-细胞通讯的数据库和计算工具。它基于细胞中表达的配体（ligands）和受体（receptors）来...

数量和比例气泡图学习(Python版)

通常在做数据分析的时候需要判断一下不同细胞类型/成分在样本或者分组中的数量和百分比，那么气泡图也是其中一种实用的方式。在R语言中一般会采用gplots::bal...

inferCNVpy分析流程学习

inferCNV的用途大家都已经很清楚了，接下来就走一下流程，试一试Python版的inferCNV。

Apriori关联分析学习(arules包)

R语言中的arules包系列为表示、处理和分析事务数据与模式提供了基础架构，基于频繁项集(frequent itemsets)和关联规则(association...

单细胞数据的细胞提取及分组UMAP图绘制流程参考(Python)

单细胞数据的差异分析及火山图绘制(Python)

既往内容基于Python绘制了纵向、横向和比例条形图(柱状图)：https://mp.weixin.qq.com/s/n_JCFlg0_FaoQJEmrrWu9...

复杂多样本10X单细胞数据整理及读取流程(Python)

既往整理过R语言版本的读取流程：常见不同单细胞数据类型的读取及Seurat对象创建方法整理(单多样本/10X/h5/txt/csv/tsv)，https://m...

GEO数据库中单细胞数据下载中断或太慢？多种下载/提速方法汇总

在GEO网站上直接点击下载数据时，可能会遇到下载中断或速度过慢的问题，此时可以尝试以下几种替代方法来获取数据。