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发表了文章 12天前2025-02-22 19:32:25

单细胞实战之亚细胞分群从T/NK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1）

在完成了1. 基础流程、2. 三个“矫正”工具、3. “差异”与“富集”两个工具、以及 4. 两个映射工具这四个初级部分的学习后，我们将正式进入中级篇，第一讲...

凑齐六个字吧 12天前2025-02-22 19:32:25

数据挖掘

发表了文章 19天前2025-02-16 08:00:55

单细胞实战之Scissor和BayesPrism映射——入门到进阶(初级篇4）

我们在上一讲内容中学习了pseudobulks和GSVA富集分析~ 接下来我们我们学习一下两个“映射”工具——Scissor和BayesPrism。同时本次分析...

凑齐六个字吧 19天前2025-02-16 08:00:55

数据挖掘

发表了文章 20天前2025-02-15 07:56:05

单细胞实战之pseudobulks分析，GSVA富集分析——入门到进阶(初级篇3）

我们在上一讲内容中学习了“矫正”数据的三个工具~ 分别为细胞周期矫正，去除双胞体和RNA污染。接下来我们再来学习一下pseudobulks分析、GSVA富集分析...

凑齐六个字吧 20天前2025-02-15 07:56:05

数据挖掘

发表了文章 22天前2025-02-12 20:25:58

单细胞上游分析/cellranger流程学习(一）

这次来学习一下单细胞数据的上游分析，本次主要集中在环境部署、软件安装和数据下载这三个方面。

凑齐六个字吧 22天前2025-02-12 20:25:58

数据挖掘

发表了文章 23天前2025-02-11 11:48:44

如何选择单细胞分析流程中的主成分数量：策略学习

在单细胞流程中，需要选定合适的主成分数量然后再进行后续的分析，过多和过少的主成分都可能会为后续的分析带来不同程度的影响。

凑齐六个字吧 23天前2025-02-11 11:48:44

数据挖掘

发表了文章 25天前2025-02-10 07:53:52

单细胞实战之细胞周期矫正，双胞体和RNA污染去除——入门到进阶(初级篇2）

我们在上一讲内容中得到处理好后的数据集之后，接着来学习“矫正”数据的三个工具~ 分别为细胞周期矫正，去除双胞体和RNA污染。

凑齐六个字吧 25天前2025-02-10 07:53:52

数据挖掘

发表了文章 25天前2025-02-09 08:20:03

单细胞实战之样本整理，细胞注释和部分图表绘制---从入门到进阶(初级篇1）

在完成了马拉松课程后，我们应该对单细胞分析有了基本了解。接下来，我们将开启新的篇章——单细胞实战：从入门到进阶。

凑齐六个字吧 25天前2025-02-09 08:20:03

数据挖掘

发表了文章 2025-01-312025-01-31 16:20:00

datapasta包学习-可复制网页、Excel表格等其他来源的数据至Rstudio中

datapasta 是一个 R 语言中用于优化数据复制和粘贴（copy-paste）的 R 包，旨在简化数据导入和转换过程，减少手动格式调整的需求，提高数据...

凑齐六个字吧 2025-01-312025-01-31 16:20:00

数据挖掘

发表了文章 2025-01-202025-01-20 08:09:20

临床预测模型-中位随访和生存时间区别及R语言计算

在生存分析或随访性研究中，“中位随访时间（median follow-up time）” 和 “中位生存时间（median survival time）” 是两...

凑齐六个字吧 2025-01-202025-01-20 08:09:20

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发表了文章 2025-01-172025-01-17 21:23:27

ChAMP甲基化芯片分析官方流程学习

ChAMP(Chip Analysis Methylation Pipeline)是一个用于Illumina 450K和850K DNA甲基化芯片数据分析的R包...

凑齐六个字吧 2025-01-172025-01-17 21:23:27

数据挖掘

发表了文章 2025-01-102025-01-10 15:00:17

SHAP (SHapley Additive exPlanations)及kernelshap预测单样本/全局情况和shapviz可视化学习

在上一期推文中学习了如何结合DALEX和shapviz 对单样本进行预测并进行可视化分析。

凑齐六个字吧 2025-01-102025-01-10 15:00:17

数据挖掘

发表了文章 2025-01-052025-01-05 07:58:35

SHAP (SHapley Additive exPlanations)及DALEX预测单样本变量情况和shapviz可视化学习

SHapley Additive exPlanations（SHAP）是一种广泛用于解释机器学习模型预测的方法。由于目前所构建的模型都是非常复杂的，从而难以去...

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数据挖掘

发表了文章 2024-12-172024-12-17 21:28:53

医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第三部分-细胞互作/stripe/ATAC)

单细胞推断细胞互作存在缺陷：仅根据配体-受体的表达水平，没有考虑细胞的空间位置关系，可能会导致假阳性结果。

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数据挖掘

发表了文章 2024-12-152024-12-15 07:59:34

医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第二部分-inferCNV/拟时序/RNA速率)

关于估计文库大小及分散度: 1. 目的是计算每个细胞的大小因子，进行归一化处理从而消除测序深度的影响。2. 估计每个基因的离散度，用于衡量基因表达的变异性，估计...

凑齐六个字吧 2024-12-152024-12-15 07:59:34

数据挖掘

发表了文章 2024-12-052024-12-05 17:53:06

医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第一部分-Cellchat)

关键点：作用数量和强度(两者一般是一致的，那么假设出现不一致或者所关心的内容变化趋势不同是不是可以重点分析？)

凑齐六个字吧 2024-12-052024-12-05 17:53:06

数据分析

发表了文章 2024-12-042024-12-04 15:36:16

RcisTarget转录因子分析学习

RcisTarget 是一个用于基因调控网络构建和转录因子分析的R包。它可以从一组基因中识别潜在的转录因子（Transcription Factors, TFs...

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数据分析

发表了文章 2024-12-012024-12-01 19:02:20

生信技能树单细胞分析流程基础直播课(曾老师版本)细节学习

最近重新回溯了一下曾老师版本的单细胞教学视频课—肝癌单细胞数据集里面的NK多吗(视频号：2023年8月9日) ，降维聚类分群环节细节满满非常值得新手们学习~

凑齐六个字吧 2024-12-012024-12-01 19:02:20

数据分析

发表了文章 2024-11-292024-11-29 07:42:58

Robust Rank Aggregation(RRA)分析学习

Robust Rank Aggregation (RRA) 是一种排名整合算法，用于从多个排序列表中识别在所有或大多数列表中排名靠前的元素/基因/变量，目标是找...

凑齐六个字吧 2024-11-292024-11-29 07:42:58

数据分析

发表了文章 2024-11-272024-11-27 07:53:21

sra-tools安装流程再学习(包含镜像设置)

SRA-Tools (Sequence Read Archive Tools) 是一组用于处理美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 的序列读取档案（Seque...

凑齐六个字吧 2024-11-272024-11-27 07:53:21

数据分析

发表了文章 2024-11-262024-11-26 07:52:20

CNCB(国家生物信息中心)数据下载流程学习(Anaconda/Aspera/Edge turbo）

China National Center for Bioinformation (CNCB)（中国国家生物信息中心）是我们国家层面设立的生物信息学研究与数据资...

凑齐六个字吧 2024-11-262024-11-26 07:52:20

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