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内置了KEGG_metabolism_nc和REACTOME_metabolism两个库的代谢通路信息。
细胞受到各种外部刺激之后导致状态/功能/形状等发生变化(暂时/永久),这种改变现象可以被笼统称为“扰动”。
通常情况下,对两组或多组样本进行了不同处理/干预之后,研究者首先会进行同种细胞亚群处理前后的细胞数量的比较,但在单细胞分辨率时代之后,即使是同一个亚群中的不同细...
先将 Seurat V5 对象中的 Assay5 类型转换为 Seurat 旧版本中的 Assay 类型,然后再进行转化
上一篇推文介绍了Scanpy流程中的10X数据读取/过滤/降维/聚类步骤,这次笔者将学习一下差异分析/细胞注释/数据保存。
新手上路写的很繁琐,多多包涵,本次用的IDE是Visual studio code。
SCENIC教程中给出三个方法进行下游的可视化分析,分别可以选择网页(SCope)平台,R或者python进行分析。
重读上一篇关于monocle3的推文的时候感觉内容冗长繁琐,因此笔者把关键部分代码稍作了整理。
细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子(如配体和受体)进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制,理解组织和器官如何协调运作方面...
曾老师发来了一个工具,BisqueRNA,这个工具也可以用于单细胞/bulk数据的反卷积~
CytoTRACE2单细胞分化潜力预测工具学习:https://mp.weixin.qq.com/s/inF9iGy2X9D2CZLzQBtRdw
totipotent(多谱系分化的全能)—pluripotent(多谱系分化的多能)—multipotent(谱系限制分化的多能)—oligopoten(谱系限...
CCA(Canonical Correlation Analysis)和 Harmony 是两种常用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据整合和批次效...
前置一个推文,老师的推文已经详细讲解了非负矩阵分解的算法原理~ 如果对算法原理感兴趣的可以点击以下链接~
DecontX 是一种用于单细胞 RNA 测序数据的去除环境污染物(decontamination)的工具,主要用于减少由细胞外RNA造成的污染效应。
在单细胞RNA测序过程中,有时两个或多个细胞可能在制备过程中意外结合成一个单一的"假细胞",称为双峰细胞或双倍体。这些双峰细胞可能会扭曲数据分析和解释,因此,需...
拟时序/轨迹分析的基础知识和Monocle2流程可见推文: https://mp.weixin.qq.com/s/aVUpRIkDi83B8_Y_BSBkVA
在生命演进的过程中机体会随着时间的变化而产生不同的变化。从婴幼儿长大为成年人再到老年人的过程中,我们的身体机能经历了从"弱-强-弱"的变化过程(宽泛的说),以年...
单细胞细胞周期矫正的目的从宽泛的角度来说是因为它可以消除由于细胞周期阶段不同而导致的基因表达异质性。在单细胞数据中,不同细胞可能处于不同的细胞周期阶段(如G1、...
https://mp.weixin.qq.com/s/drmfwJgbFsFCtoaMsMGaUA
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