最近在后台留言“qPCR引物设计”的朋友比较多,所以今天重新推送之前我们发过的一篇推文,希望更多朋友能看到。
去年,Nucleic Acids Research在线发表了西南大学农学与生物科技学院等单位题为“qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”研究论文,该研究构建了qPCR引物数据库qPrimerDB,收录了包括66种重要植物(拟南芥、水稻、玉米、大豆、油菜和马铃薯等)等在内的147个物种共3331426个基因的51091785对qPCR引物。
qPCR是现代分子生物学研究最重要的研究手段之一,广泛用于基因表达量检测、单核苷酸多态性基因分型、转基因生物检测和人类疾病诊断。但该方法的准确性和一致性与设计引物的特异性和扩增效率密切相关。虽然,qPCR引物可以人工设计,但该过程非常耗时,且很难保证引物的特异性、扩增效率一致性。该研究团队设计了基于热动力学的基因特异qPCR引物设计流程,并对人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等共147个已完成全基因组测序物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,这147个物种包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他动物)、1种真菌(酵母)和66种植物(39种双子叶植物、18种单子叶植物和9种其他植物)。并构建了相应的数据库qPrimerDB,收录了147个物种共3331426个基因的51091785对qPCR引物。该数据库的建立为涉及相关检测分析的研究人员提供了宝贵的引物数据,极大地提高了不同研究人员结果的可比性,具有重要的意义和价值。
qPCR引物数据库网址:
该数据库与在本公众号之前的报道的,北京基因组所生命与健康大数据中心开发的国际上首个实时定量PCR内参基因知识库—ICG(见报道:首个实时定量PCR内参基因知识库,请收藏!),相辅相成,让小伙伴们不在应为荧光定量而烦恼~
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