funricegenes：水稻功能基因数据库

funRiceGenes dataset for comprehensive understanding and application of rice functional genes

04 December 2017

GigaScience（7.463）

Huazhong Agricultural University

&

Henan Agricultural University

背景

水稻不仅仅是主要粮食作物，也是一种单子叶植物功能基因组研究的模式生物。解码水稻基因组中的每一个DNA元素对于提高粮食需求都是至关重要的。在过去的15年里，水稻功能基因组学取得了非凡的进展。每一个水稻基因的系统鉴定和正确研究对功能研究和作物遗传改良都是非常具有重要意义的。

水稻功能基因在染色体上的分布情况

文章建立了一个全面的、准确水稻功能基因数据库，包括2800个基因和∼5000不同基因家族成员。所有的数据都来自已发表的文章和公开数据库。

在39045个注释蛋白编码水稻基因中，本数据集占19.2%，这些数据集都是水稻中起重要功能的基因。

水稻功能基因组应用的技术统计

文章还构建了214个基因相互作用网络。最大的网络具有762个基因，这表明了基因的多效性和不同通路之间的关系。

762个基因的互作网络图

所有的数据都存放在数据库中的

https://funricegenes.github.io

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较为高级的搜索和数据库提交

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结论

funricegenes数据将使进一步探索基因功能和水稻的自然变化之间的交联，这也有利于提高水稻育种设计目标农艺性状。