加速R中的嵌套循环以创建邻接矩阵
加速R中的嵌套循环以创建邻接矩阵
提问于 2014-11-04 23:15:32
我需要一些帮助来并行化或加速以下嵌套循环：
- 有一个顶点列表(由一个id号标识)，并且每个id都有一个与其相关联的数字字符串(字符串的长度有限，通常为60-200)。
id是一个大约的列表。10,000个不同ids
seq是(不同长度)序列的列表，每个序列都与唯一的id相关联。
- 在这些顶点上，如果顶点
i和顶点j的序列有公共元素，则建立它们的邻接矩阵。下面是我正在努力改进的代码： id_矩阵<-矩阵(nrow=length(Id)，ncol=length(id))用于(i in 1:(length(id)){ for (j in 1：(length(Id){ edgelisti，j=length(intersect(seqi，seqj) }
(对于不重叠的id序列，这将产生0，并且在有重叠的情况下产生一个有限的数目，这可以作为边的权重，并进行归一化)。
我尝试过foreach、dopar等选项，但我没有成功。使用length(id)=100运行需要超过2分钟！一个完整的运行将需要至少一个月！我正在使用R Studio 0.98.507版本的Windows。
任何帮助都是非常感谢的，特别是在R中并行处理这两个嵌套循环方面。
注:这是一个稀疏矩阵:大约1%的所有可能的10^8边发生。
谢谢你的帮助!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2014-11-05 00:31:03
在我的电脑上
id_matrix <- matrix(0, nrow = length(id), ncol = length(id))
for (i in 1:length(id)) {
for (j in i:length(id)) {
id_matrix[cbind(c(i,j),c(j, i))] <- length(intersect(seq[[i]],seq[[j]]))
}
}当length(id)为10000时，只需不到半小时。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/26751604
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