R语言做生态位分化分析（4）结果保存到本地自己作图

用户7010445

发布于 2024-07-02 16:20:37

890

发布于 2024-07-02 16:20:37

这个生态位分化分析整个的运行过程时间还是挺长的，所以想写个脚本直接在服务器上提交一个任务，最开始是想直接用save函数把运行结果保存下来。但是这个结果非常大，保存到本地以后有60多个G（暂时还没太搞懂这个数据里都有什么）。最后能用到的结果是

result$p.values

result$p.values%>%as.data.frame()%>%rownames_to_column()

这个是 p 值，可以转换为数据框保存

result$reps.overlap

result$reps.overlap %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  write_tsv("reps.overlap.tsv")

这个是作图用到的数据

第一行是结果图垂直虚线的位置

单独把这个数据保存成一个数据框然后输出应该就可以了，图用这个数据来做

其余的行是频率分布直方图的数据

result$d.plot
result$i.plot

这两个是可能会用到的结果图，暂时没有想明白单独保存图文件也会非常大，不知道为啥

下面运行一下这个R中的帮助文档，保存数据然后自己作图

帮助文档中的代码

library(ENMTools)
library(tidyverse)

cyreni <- iberolacerta.clade$species$cyreni
monticola <- iberolacerta.clade$species$monticola
cyreni$range <- background.raster.buffer(cyreni$presence.points, 100000, euro.worldclim)
monticola$range <- background.raster.buffer(monticola$presence.points, 100000, euro.worldclim)
identity.test(cyreni, monticola, env = euro.worldclim, type = "glm",
              f = pres ~ bio1 + bio12, nreps = 100) -> result

result$reps.overlap %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  write_tsv("reps.overlap.tsv")

读取数据作图

read_tsv("reps.overlap.tsv") %>% 
  filter(rowname != "empirical") -> dat

p1<-ggplot(data=dat,aes(x=D))+
  geom_histogram(color="grey",fill="#009f73")+
  geom_vline(xintercept = 0.471,lty="dashed")+
  theme_bw(base_size = 15)+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  annotate(geom = "text",x=0.6,y=50,label="P=0.0099",size=10)


p2<-ggplot(data=dat,aes(x=I))+
  geom_histogram(color="grey",fill="#0072b1")+
  geom_vline(xintercept = 0.471,lty="dashed")+
  theme_bw(base_size = 15)+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  annotate(geom = "text",x=0.6,y=50,label="P=0.0099",size=10)

library(patchwork)
p1+p2