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最近看论文 Genetic subdivision and candidate genes under selection in North American ...
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8
这个生态位分化分析整个的运行过程时间还是挺长的，所以想写个脚本直接在服务器上提交一个任务，最开始是想直接用save函数把运行结果保存下来。但是这个结果非常大，保...
今天给同学发了一个证件照，忘记了这个证件照是哪里来的了清晰度不太够，查了一下有没有软件能够直接增加证件照的清晰度
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Seque...
做这个分析用到的R包是 ENMtools，用到的函数是 identity.test()
基本的思路是：先把otu表格宽格式转换成长格式，然后根据样本分组求和，生成一个新的列，然后用绝对丰度值除以求和列得到相对丰度，最后再转换为长格式
没有找到论文中提供的数据，我们自己来构造数据，如何利用otu表格把数据整理成作图需要用的格式，这个今天的推文不做介绍，今天的推文只介绍已经有了作图需要用到的数据...
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06877-w
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867424004732
代码主要参考 GraffiTE 的代码，链接https://github.com/cgroza/GraffiTE/blob/main/main.nf这个工具是利...
https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Data_Preparation.html
发现ggtree的作者Y叔也关注了这个R包的作者的github。那这个作者也是个大佬无疑了。
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9
最简单的一个思路，只保留vcf文件中不包含任何缺失数据的位点。然后随机把某些样本的部分位点替换成缺失，用beagle做基因型填充，比较填充后和填充前的一致性。
现在做群体基因组的论文大部分会公开自己论文分析中的变异检测结果，通常是vcf文件，我们自己可以把vcf文件下载下来试着复现论文中的内容，有时候vcf文件过大，每...
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08418-7
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1909-7
https://github.com/YaoZhou89/TGG/tree/main/4.Graph_pangenome/1.construction_grap...
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