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你相信癌症细胞系结果还是肿瘤病人数据（生信游民交流群）

生信技能树

发布于 2024-04-13 12:52:17

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看到了一个在《Journal of Thoracic Oncology》期刊的研究，文章标题：《EGFR Oncogenic Mutations in NSCLC Impair Macrophage Phagocytosis and Mediate Innate Immune Evasion Through Upregulation of CD47》，研究者们将两种最常见的突变类型EGFR19del和EGFRL858R，分别转进三种不同的癌细胞系A549、H1299和Beas-2B（前两个是肺腺癌细胞系，第三个是正常的人肺上皮细胞系），发现引入突变型EGFR后，这些细胞系在蛋白和mRNA水平上都表现出CD47的显著上调。(一般来说，肿瘤细胞系都是纯纯的恶性的上皮细胞 )

而且还经过了一些肿瘤病人的转录组队列数据集同样的EGFR突变与否的分组后差异分析，也是有CD47作为多个数据集差异结果的交集，证据链非常solid：

CD47作为多个数据集差异结果的交集

我看到了这个结论马上就想起来了，之前看到的数据挖掘文章：《Single-cell Analyses Reveal Tumor Microenvironment Differences between EGFR 19del and L858R mutations in Lung Adenocarcinoma》，作者从上面提到的GSE171145数据集里面拿到了 two 19del patients, two L858R patients and two wild-type patients ，我看了看前面GSE171145的文献里面的病人描述，确实有EGFR具体突变位点信息，文章的落脚点就是3个分组，分别是：

19del LUAD (10,688 cells),
L858R LUAD (10,286 cells),
EGFR-wild type LUAD (10,510 cells),

也就是说，这个是天然的病人分组，都没必要去做癌症细胞系实验啦，只需要看看CD47这个基因是否在EGFR突变肺腺癌病人组比EGFR野生型肺腺癌病人组高表达即可，而且还可以看看如果CD47这个基因确实是在EGFR突变肺腺癌病人组高表达的话，它是在具体的哪个单细胞亚群高表达呢？GSE171145这个数据集的表达量矩阵如下所示：

ls -lh *counts*|cut -d" " -f7-
  3.5M  3 26  2021 GSM5219674_LJQ-T.counts.tsv.gz
   14M  3 26  2021 GSM5219675_GBG-T.counts.tsv.gz
   14M  3 26  2021 GSM5219676_LYB-T1.counts.tsv.gz
   12M  3 26  2021 GSM5219677_LYB-T2.counts.tsv.gz
  9.9M  3 26  2021 GSM5219678_CYD-T.counts.tsv.gz
   12M  3 26  2021 GSM5219679_CYZ-T.counts.tsv.gz
   12M  3 26  2021 GSM5219680_XMS.counts.tsv.gz
  9.1M  3 26  2021 GSM5219681_ZYQ.counts.tsv.gz
   10M  3 26  2021 GSM5219682_TGS.counts.tsv.gz

很容易批量读取这些不同样品表达量矩阵文件：

library(data.table)
dir='GSE171145_RAW/' 
samples=list.files( dir ,pattern = '.counts.tsv.gz')
samples 

library(data.table)
sceList = lapply(samples,function(pro){ 
  # pro=samples[1] 
  print(pro)
  ct=fread(file.path( dir ,pro),data.table = F)
  ct[1:4,1:4]
  rownames(ct)=ct[,1]
  ct=ct[,-1]
  sce=CreateSeuratObject(counts =  ct , 
                         min.cells = 5,
                         min.features = 300 )
  
  return(sce)
})

do.call(rbind,lapply(sceList, dim))
sce.all=merge(x=sceList[[1]],
              y=sceList[ -1 ],
              add.cell.ids = samples  ) 
names(sce.all@assays$RNA@layers)
sce.all[["RNA"]]$counts 
# Alternate accessor function with the same result
LayerData(sce.all, assay = "RNA", layer = "counts")
sce.all <- JoinLayers(sce.all)
dim(sce.all[["RNA"]]$counts )

然后走我们的标准代码，常规的单细胞转录组降维聚类分群代码可以看链接: https://pan.baidu.com/s/1bIBG9RciAzDhkTKKA7hEfQ?pwd=y4eh ，基本上大家只需要读入表达量矩阵文件到r里面就可以使用Seurat包做全部的流程，但是初始情况下只能说是拿到如下所示的降维聚类分群图：

第一层次降维聚类分群

值得注意的是GSE171145这个数据集的作者并没有说清楚具体的每个单细胞表达量矩阵来源于的病人的突变情况，在附件也看不到，但是我们仍然是可以检查一下CD47这个基因的表达量，很简单的小提琴图即可；

sce.all = readRDS('./2-harmony/sce.all_int.rds')
sp='human' 
load('./phe.Rdata') 
rownames(phe) = colnames(sce.all)
sce.all@meta.data = phe
sel.clust = "celltype"
sce.all <- SetIdent(sce.all, value = sel.clust)
table(sce.all@active.ident) 
DimPlot(sce.all) 
colnames(sce.all@meta.data)
table(sce.all$celltype)
VlnPlot(sce.all[,sce.all$celltype=='epi'],
        'CD47',pt.size = 0,split.by = 'orig.ident') + ggsci::scale_fill_igv()

可以看到，确实是这8个病人里面的上皮细胞里面的CD47基因表达量是区别的，但是因为GSE171145这个数据集的作者没有说清楚分组，就有点麻烦了：

8个病人里面的上皮细胞里面的CD47基因表达量是区别的

我发了邮件给GSE171145这个数据集的作者，但是也没有人回复我：

Contact name Qing Zhou E-mail(s) gzzhouqing@126.com
Organization name Guangdong Lung Cancer Institute, Guangdong Provincial People's Hospital, Guangdong Academy of Medical Sciences, Guangzhou, China
Street address 106#，ZHONG SHAN ER ROAD
City Guangzhou
State/province Guangdong
ZIP/Postal code 510010
Country China