科学术语扫盲：Zenodo

今天在看 2023 年发表在 Cell Reports 的文章 Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection时发现了一个我之前没有关注过的数据库 Zenodo。

1Zenodo 是啥

官方的解释为

ZENODO is a CERN Data Centre-backed research data repository for the long-tail of science, enabling researchers to preserve and share their research output from any science, regardless of the size and format. ZENODO is an innovative and easy to use web-platform, which allows for upload, curation and sharing of the research data through an easy to use web interface and integration with other collaboration and data sharing services. ZENODO ensures the discovery and citability of the research output by assigning a Digital Object Identifier (DOI) to every upload, as well as promotes software citation and preservation through one-click integration with GitHub.

Zenodo作为一个开放获取的数字存储库和数据存储平台，具有以下主要功能：

1. 存储和分享科学研究成果：用户可以将科学论文、数据集、软件代码、预印本、技术报告等各种科研成果上传至Zenodo平台，进行存储和分享。
2. 持久标识符（DOI）分配：Zenodo为每个上传的项目分配唯一的持久标识符（DOI），使其可被引用和引用。这样，研究人员可以将其研究成果以可持续的方式公开分享，并为其工作提供持久的链接。
3. 元数据管理：Zenodo支持用户为上传的项目添加详细的元数据，包括标题、作者、摘要、关键词等信息，以便更好地描述和分类研究成果。
4. 版本管理：Zenodo允许用户管理多个版本的同一项目。用户可以上传和存储不同版本的研究成果，并随时更新和替换。
5. 集成和交互：Zenodo支持与其他科学存储库（如Figshare、Dryad等）进行集成，以进一步扩展研究成果的可见性和可访问性。此外，Zenodo还提供API和数据导出功能，方便与其他平台和工具进行交互和数据共享。
6. 许可证和访问控制：用户可以为上传的项目选择适当的许可证，以控制对其研究成果的访问和使用。Zenodo支持各种常见的开放许可证，如CC BY、CC0等。

其官网给了以下使用 Zenodo 的理由

• 安全——只要CERN存在，您的研究就可以安全地存储在CERN的数据中心，以备将来使用。
• 值得信赖——由CERN和OpenAIRE建立和运营，以确保每个人都能加入开放科学。
• 可引用——每次上传都会分配一个数字对象标识符（DOI），使其可引用和跟踪。
• 无需等待时间——一旦点击发布，上传就可以在线进行，并且DOI在几秒钟内注册。
• 开放或关闭——通过我们的受限访问模式，仅与医疗专业人员共享例如匿名临床试验数据。
• 版本控制--使用我们的版本控制功能轻松更新数据集。
• GitHub集成--在Zenodo中轻松保存您的GitHub存储库。
• 使用统计信息--所有上载都显示符合标准的使用统计信息

2使用程度如何

出于好奇，我对保存的在 Zotero 上的文章进行了检索，发现 821 篇论文中，有 70 篇提到了 Zenodo。相比之下，检索 NCBI 则有 700 篇。

发表在Nature、Science、Nat Com、Cell Rep、GB、ISME J、eLife、New Phyto 等各种期刊的文章都有涉及到。

比如，2022 年发表在 Nature 文章 The evolution, evolvability and engineering of gene regulatory DNA ，作者将处理过的数据上传至 Zenodo，而源数据上传至 NCBI GEO。

而 2019 年发表在 Science 上的文章 Pathogen-induced activation of disease-suppressive functions in the endophytic root microbiome ，作者将 Zenodo 链接放在了 References and notes 中，提到将测序数据传到了 EBI，其他数据、脚本代码传到了 Zenodo。

3小结

作为数据库，Zenodo 不只局限于数据，支持跨学科和多语言，对多领域的研究人员友好。但与 NCBI 相比，其数据类型和使用频率还是略逊一筹，也缺乏更丰富的分析工具。