如何在snakemake中引用规则的输出

在snakemake中，可以使用输出规则来引用其他规则的输出。输出规则定义了任务的输出文件，可以在其他规则中使用这些文件作为输入。

要在snakemake中引用规则的输出，可以使用output关键字来指定规则的输出文件。例如，假设有一个规则名为rule1，它的输出文件为output.txt。要在另一个规则中引用rule1的输出，可以使用以下方式：

rule rule2:
    input:
        "input.txt",
        rules.rule1.output
    output:
        "output.txt"
    script:
        "script.py"

在上面的示例中，rule2的输入文件包括一个名为input.txt的文件和rule1的输出文件。这样，在运行rule2之前，snakemake会先运行rule1，确保rule1的输出文件可用。

通过引用规则的输出，可以构建复杂的工作流程，并确保依赖关系正确。这样，在运行snakemake时，它会自动处理规则之间的依赖关系，按照正确的顺序运行规则。

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