强制snakemake在不使用--use-conda的规则中运行python2 - 腾讯云开发者社区

安装推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则组成规则 rule test: input:...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...FALSE -j 指定运行的核数，若不指定，则使用最大的核数 -f 重新运行第一条rule或指定的rule -F 重新运行所有的rule，不管是否已经有输出结果 ❞ ❝sankemake -np...提供 ❝--use-conda ❞ 解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa = "fastq...-q，在当前目录下运行(-cwd), 投递到指定的队列(-q) # --j N: 在每个集群中最多并行N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

如果是在输出导向的snakemake 中，则需要先确定输出文件。...流程分析中先要规范下文件命名。所以本文分析流程的第一步是文件的重命名，重命名，我们不采用提前手动更改命名的方式，而是直接集成至到分析流程中。.../envs/test.yaml"，然后rule中运行的程序会自动激活conda环境，使用环境中的程序来运行。该分析流程中，所需的软件都能通过conda 安装，包括R包。...snakemake运行 snakemake流程运行 $ snakemake -c 24 -p --use-conda -c 指定运行cpu核数 -p 打印出运行shell命令 -- use-conda...$ snakemake -c 24 -p --use-conda 运行后生成ATACseq_report.html，其内容如下其他上述流程，我是成功运行了一遍的。

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Snakemake入门

简单来说，它有以下优点：可读性强易移植模块化管理透明能生成流程图，看到每个过程可扩展可拓展的平台 2如何使用在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...，在rule的后面是规则的名称，输入输出和要运行的命令。...当我们运行snakemake ds1_plot.pdf时，它会从规则的output中找到能与ds1_plot.pdf匹配的。当{dataset}为ds1时，二者成功匹配。...snakemake ds1_filtered_plot.pdf 按照入门演示的内容，它首先会从Snakefile中定义的规则中自上而下的进行匹配，这个时候将{dataset}匹配为ds1_filtered...-n：只展示需要完成的步骤，不运行。 -F：强制运行所有步骤。 -j：并行运行多个任务。

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snakemake 学习笔记2

一个稍微复杂的案例, 看看snakemake的用法....过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装snakemake...这里需要时python3, 不支持python2 pip3 install --user snakemake pyaml 2, 新建几个FASTQ文件这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据,...在fastq文件夹中, 创建Sample1.R1.fastq.gz Sample1.R2.fastq.gz Sample2.R1.fastq.gz Sample2.R2.fastq.gz四个空文件 touch...预览命令, 使用命令: snakemake -np 参数介绍 -n 或者—dryrun, 表示只生成命令, 但是不执行命令, 可以预览一下生成的命令.

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Snakemake — 可重复数据分析框架

Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。...灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。...-np > test.log -p：#打印运行的shell命令 -n：#只展示需要完成的步骤，不运行 $cat test.log Building DAG of jobs...

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2.2 堆在整个jvm内存中的运行流程以及jvisualvm工具的使用

Survivor 区域 ( 即 to 区域 ) 中，然后清理所使用过的 Eden 以及 Survivor 区域 ( 即 from 区域 )，并且将这些对象的年龄设置为1，以后对象在 Survivor...GC Root根节点有哪些: 线程栈的本地变量, 静态变量, 本地方法栈的变量等等. 在Math中, 我们看栈中main方法的局部变量表中的math变量. 方法区中的user变量....程序还在继续运行, 又会产生新的对象放入到Eden区, 当Eden区又被放满了, 就会再次出发GC, 此时会寻找Eden+sruvivor(一个区域)中的GC Root, 将其标记, 没有被引用的对象被回收...实际上老年代没有能够回收的对象, 这时候在往老年代放, 就会发生OOM 使用这个工具还可以分析我们自己的程序代码的垃圾回收清空三....Stop The World 在发生GC的时候, 会发生STW, Stop the world. 那么为什么一定要stop the world呢? 不Stop the world可不可以呢?

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workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

直接使用snakemake即可： snakemake -np mapped_reads/A.bam 同样，我们也可以在我们的规则中，使用通配符： rule bwa_map: input:...我们在snakemake 中使用的{sample}，实际上是创建的wildcards 对象的一个属性。因此在shell 中需要写为{wildcards.sample}。...这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果的介绍。...，这里指定的实际上是input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs...-y pysam matplotlib bwa samtools bcftools snakemake graphviz 发现snakemake 也是可以直接在规则中整合使用的conda 环境的：

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宏转录组学习笔记（三）--通过脚本和snakemake实现自动化

接下来，我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。一个「shell脚本」是一个文本文件的完整的shell命令，运行时就如同你在命令行交互方式运行它们。...好吧，请注意，quality目录是在脚本开始创建的，所有内容都在该目录中执行。...这基本上用脚本的编写语言来注释脚本，因此您不必自己了解或记住。所以：这不是必须的，但这是一个很好的技巧。您也可以始终通过指定或来强制脚本以特定语言运行。...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。添加环境在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...规则中使用此环境！

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workflow01-初探snakemake

这种输出为导向的方法具有以下优点：工作流可以从执行完毕的地方继续执行（在shell 脚本中，我们可以需要设计status 文件以判断某些步骤是否成功执行完毕），即使程序发生意外失败，也不用重头运行。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。...这个过程总结如下：同样地，在命令行中我们也可以使用通配符： $ snakemake -np results/awesome/00{1..3}_R{1,2}.fq Building DAG of jobs

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使用snakemake编写生信分析流程

deployed to any execution environment.通过官网的介绍，可知snakemake是一个python包，所以可以在snakemake脚本中使用任何python语法。...下边是snakemake中的一些概念。rule脚本中的一步小的分析叫做rule，名字可以随便起，但是不能重名，也要符合python变量命名规范。...比如这一步使用fastp软件对fastq文件去接头，因为是单端测序，所以可以命名为fastp_se，但是这不是强制的，完全可以命名为abcd。...wildcardsnakemake使用正则表达式匹配文件名，比如下边的代码fastpse脚本中，我们使用{s}{u}去代替两个字符串，而且我们也可以对这两个字符串的内容进行限制。...在snakemake流程中，读入的config是一个嵌套字典，而且config是全局变量samples: config/samples.tsvgenome: dir: /home/victor/DataHub

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一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...这是Snakemake的一个优点，另外Snakemake支持“断点续行”，假如你的任务运行到一半因为某种原因中断了，你可以重新运行一下命令，Snakemake会机智的从中断的地方继续运行，已经成功运行的任务不会重复运行...这里需要注意：1、Snakemake会自动创建不存在的目录；2、如果shell命令没有定义输出文件，也可以不写output；3、这一步使用了{sample}这个参数，但实际上{sample}还没有定义，...文件，使用python的expand命令将每个样本的vcf文件依次添加到一个列表中。...通过添加--cores/--jobs/-j N参数可以指定并行数，如果不指定N，则使用当前最大可用的核心数。一切准备妥当，运行命令snakemake --cores 16，程序就跑起来了。

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React useEffect中使用事件监听在回调函数中state不更新的问题

很多React开发者都遇到过useEffect中使用事件监听在回调函数中获取到旧的state值的问题，也都知道如何去解决。...// 再次点击addEventListenerShowCount的按钮 eventListener事件回调函数打印state值控制台打印结果如下图片手动实现的简易useEffect中，事件监听回调函数中也会有获取不到...，初始化数据，Obj可以获取到函数内的a变量，因此，变量a所分配的内存不会释放，再运行App函数，Obj获取到的变量a始终是第一次初始化时的a在内存中指向的值。...在React函数中也是一样的情况，某一个对象的监听事件的回调函数，这个对象相当于全局作用域变量（或者与函数同一层作用域链），在回调函数中获取到的state值，为第一次运行时的内存中的state值。...而组件函数内的普通函数，每次运行组件函数中，普通函数与state的作用域链为同一层，所以会拿到最新的state值。

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workflow05-snakemake的进阶操作一

同样，我们可以把线程的信息配置在规则中： rule bwa_map: input: "data/genome.fa", "data/samples/{sample...执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...4-日志文件在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。

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pytest学习和使用3-对比unittest和pytest脚本在pycharm中运行的方式

一句话来说下，unittest和pytest脚本在pycharm中使用基本是一样的。...基本是两种：第一种：直接运行脚本【运行】-【Run】,选择需要运行的脚本即可图片图片第二种：选择运行框架【文件】-【设置】-【Python Integrated Tools】-【Default test...runner】，选择默认的运行框架即可：比如选择pytest，鼠标放在类或test开头的方法上，并右键，“运行（U）pytest in xx.py”的字样图片图片写一个unittest框架的脚本，在test_a...if __name__ == "__main__": unittest.main()我们先在if __name__ == "__main__":上右键，以pytest运行，发现是可以运行的，如下：...，此时我们把运行默认框架改为unittest，再次运行，发现显示的是“运行（U）unittests in xx.py”的字样图片

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workflow04-用snakemake处理复杂命名

接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。可是，该如何操作呢？...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...是使用wildcards对象进行传递的，因此在规则中我们直接使用的也是函数： import pandas as pd samples_table = pd.read_csv("samples.csv"...： snakemake -np results/awesome/s00{1..2}_R{1,2}.fq 可以看到，现在snakemake 就通过s001 找到其在csv 文件中，对应的fq1 文件的位置了...这种做法有两点好处：当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类；便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递上面的步骤提示我们，snakemake

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springboot+security 数据库中读取账号密码使用security加密规则实体类不继承security的实体接口

security.service * @Author: huat * @Date: 2019/12/12 17:35 * @Version: 1.0 */ //UserDetailsService 是security中的类....**.utile * @Author: huat * @Date: 2019/12/12 14:48 * @Version: 1.0 */ @Service//将这个类注入到spring容器中...springSecurity加密规则 //@Override public UserDetails loadUserByUsername(String username) throws...@Override public void configure(HttpSecurity http) throws Exception { //释放静态资源，指定资源拦截规则...@Override public void configure(HttpSecurity http) throws Exception { //释放静态资源，指定资源拦截规则

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记

snakemake学习笔记001：使用fastp对原始数据过滤参考 1 https://www.jianshu.com/p/14b9eccc0c0e 2 https://stackoverflow.com...HISAT, StringTie, and Ballgown 中的数据 snakemake学习笔记003：stringtie合并转录本 SRR, = glob_wildcards("output.gtf...merge {params} -p {threads} -G {input.refgtf} -o {output.gtf} {input.gtflist} """ 第二个rule就是不运行...原来是在rule all 代码里少写了第二个rule的输出文件正确写法是 SRR, = glob_wildcards("output.gtf/"+"{srr}.gtf") #SRR = ["ERR188401...@output[["rdat"]]) 这里有一个问题是snakemake流程里怎么样使用已经存在的conda环境，看这个流程的时候 https://github.com/Alipe2021/NLncCirSmk

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使用MAGeCK-VISPR生成CRISPR Screen分析流程

snakemake文件，实现分析的流程化。...：在~/MAGeCK_VISPR_test/目录下生成了snakemake文件config.yaml 换了文件夹再运行了一次，发现旧文件没有被覆盖。...图中也有 rra方法需要我们提供分组信息 cat之后长这样 6- 检查&运行yaml文件 cd ~/MAGeCK_VISPR_test snakemake -n 说我的文件不存在......注释掉再次 snakemake -n 这下对了，能看到进程总览运行snakemake文件 snakemake --cores 8 运行结束后的界面 7- 输出结果 8- 软件优势 1-...能提供完整的pipeline文件，直观看到分析中使用的参数，方便参考和流程的整理 2-结合了snakemake的优势，批量操作便捷

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一步到位-生信分析流程构建框架介绍

大部分时候，这样都会满足我们分析需求，但是其作为一个生信流程有着严重的缺点就是缺乏重入性（reentrancy），即当流程在运行过程中，很容易因为某些不知名的原因而发生中断，而普通的脚本流程只能是从头来过了...Make是最常用的软件编译器，作为一个1977年诞生的工具，其存在的年代确实有点久远了，但是其依然在科学计算流程管理文件转化中焕发了新生。...，自然也会有它的缺点： Make不能够在集群上的多个节点上分派任务进行平行化的运算，这就对于大型任务而言增加了用户的等待时间； Make的语法是限制一个通配符只能在一个规则里面使用，不同规则里面通配符不能互相识别...Implicit convention frameworks（基于Make的框架）这类框架最典型的例子是Nextflow、Snakemake，它们在保留了make一贯的隐式通配符的风格（即用rule中定义的通配符来实现上下游文件的依赖关系...Configuration-based frameworks 在这个框架中，任务之间的连接既不依赖于上下游的代码，也不依赖于文件命名规则，只仅仅需要配置文件的输入，通常这个配置文件的格式是XML、YAML

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【CSS】文字溢出问题 ( 强制文本在一行中显示 | 隐藏文本的超出部分 | 使用省略号代替文本超出部分 )

一、文字溢出问题 ---- 在元素对象内部显示文字 , 如果文本过长 , 则会出现文本溢出的问题 ; 下面的示例中 , 在 150x25 像素的盒子中 , 显示骐骥一跃，不能十步;驽马十驾，功在不舍;...; 显示效果 : 二、文字溢出处理方案 ---- 文字溢出处理方案 : 首先 , 强制文本在一行中显示 ; white-space: nowrap...; 然后 , 隐藏文本的超出部分 ; overflow: hidden; 最后 , 使用省略号代替文本超出部分 ; text-overflow: ellipsis; white-space 样式用于设置...文本显示方式 : 默认方式 : 显示多行 ; white-space: normal; 显示一行 : 强行将盒子中的文本显示在一行中 ; white-space: nowrap; text-overflow...文字溢出处理 div { width: 150px; height: 25px; border: 1px solid red; /* 首先强制文本在一行中显示

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「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

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