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    Snakemake — 可重复数据分析框架

    Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...output 定义输出文件 shell 程序运行的shell命令 script 自定义脚本 注意： 1、 输入或输出项之间要有逗号。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作 并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。

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    【说站】python中yaml文件的使用规则

    python中yaml文件的使用规则 使用规则 1、大小写敏感。 2、用缩进来表示层次关系。 3、收缩时不允许使用Tab键，只允许使用空格。 4、缩进的空格数量并不重要。...只要相同层次的元素左侧对齐即可。 5、#表示注释。 解析器会忽略这个字符，就像python的注释一样。...还有就是转义字符 with open('D:\python练习\login.yaml',mode='r',encoding='UTF-8') as d:     names = yaml.load(d) #读取文件...,load是一个文件流，将yaml转为python的数据类型     print(names) # 输出对应的值 user1 = names['case1']['user1'] print(user1)...pw1 = names['case1']['pwasswd1'] print(pw1) 以上就是python中yaml文件的使用规则，希望对大家有所帮助。

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    「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

    安装 推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则 组成规则 rule test: input:...rule 每个rule定义流程中的每一步，相当于一个脚本。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...，可以检查自己的文件是否正确 可视化 ❝snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf ❞ 即可输出流程图，描述了每个rule的前后关系 流程的自动部署 在其他环境下同样使用相同的流程...解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa = "fastq/genome.fa",

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    一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

    Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...然后是定义最终需要的结果文件： rule all: input: "gatk4_mutect2_pon.vcf.gz" all是每个Snakefile文件中必有的一个rule，...fastq文件，output为样本目录下clean_fq文件夹下的两个去过接头的fastq文件，shell里就是我们平常写的shell命令，只不过可以把输入文件和输出文件用input和output替代。...文件，使用python的expand命令将每个样本的vcf文件依次添加到一个列表中。...在这里定义了参数sample，Snakemake从rule all回溯到这里的时候就知道了sample代表的具体样本名。

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    Snakemake入门

    简单来说，它有以下优点： 可读性强 易移植 模块化管理 透明 能生成流程图，看到每个过程 可扩展 可拓展的平台 2如何使用 在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...每个规则定义了一个任务，规定了输入、输出以及执行任务所需的命令。Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...，在rule的后面是规则的名称，输入输出和要运行的命令。...snakemake ds1_filtered_plot.pdf 按照入门演示的内容，它首先会从Snakefile中定义的规则中自上而下的进行匹配，这个时候将{dataset}匹配为ds1_filtered...而工作目录下并没有这个文件，它就会继续往下匹配新的规则。接下来，程序发现只要将{csvdata}匹配为ds1就可以实现rule plot中所需的输入文件ds1_filtered.csv。

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    workflow04-用snakemake处理复杂命名

    接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。 可是，该如何操作呢？....fastq.gz' 2-制定snakemake规则 通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...-np results/awesome/s00{1..2}_R{1,2}.fq 可以看到，现在snakemake 就通过s001 找到其在csv 文件中，对应的fq1 文件的位置了： [Fri May...这种做法有两点好处： 当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类； 便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递 上面的步骤提示我们，snakemake

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    使用snakemake编写生信分析流程

    下边是snakemake中的一些概念。rule脚本中的一步小的分析叫做rule，名字可以随便起，但是不能重名，也要符合python变量命名规范。...wildcard_constraints: s="|".join(["GSM6001951","GSM6001952"]), u="|".join(["L1","L2""L3""L4"])所以fastp_se中的输入文件只能匹配到如下结果...文件，虽然很长，其实就是一个判断你输入内容，然后交给fastp去执行的python脚本，所以我们需要按照作者的要求提供输入和输出文件名字，以及适当的额外参数。...wrapper: "https://jihulab.com/BioQuest/snakemake-wrappers/raw/"+"v1.29.0/bio/fastp"reason我第一写完流程跑的时候发现日志文件中写着...所以如果rule1的输出在之后的rule中没有用到，那么就应该写在rule all中，否则，rule1不会被执行。

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    snakemake 学习笔记4

    snakemake如何连接不同的rule 我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步....经验所得 每一个snakemake的rule都要有input,output, 里面的内容交叉的地方, 是确定不同rule的依赖, 比如rule1的输出文件(output)b.bed, b.bim, b.fam..., 如果作为rule2的输入文件(input), 那么rule1和rule2就可以关联了. rule all是定义最后的输出文件, 比如rule2的最后输出文件是c.raw, 那么也写为c.raw即可....定义最终的输出文件, 这里fule cfile输出的是c.log和c.raw, 因此rule all中的input也写为c.log和c.raw 2, rule bfile, 这里的input是a.map...bfile的输出, 这样就建立的依赖 4, rule cfile中的output, 对应的是rule all的input, 这样三个就建立好了依赖关系. 4.

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    Git中.gitignore文件不起作用的解决以及Git中的忽略规则介绍

    201 次查看 使用Git管理代码的过程中，可以修改.gitignore文件中的标示的方法来忽略开发者想忽略掉的文件或目录，如果没有.gitignore文件，可以自己手工创建。...在.gitignore文件中的每一行保存一个匹配的规则例如： *.a      # 忽略所有 .a 结尾的文件 !...lib.a   # 但 lib.a 除外 /TODO # 仅仅忽略当前目录下的 TODO 文件，不包括 其他目录下的/TODO build/   # 忽略 build/ 目录下的所有文件 doc/*.txt...原因是git忽略目录中，新建的文件在git中会有缓存，如果某些文件已经被提交到版本管理中，就算是在.gitignore中声明了忽略文件也是不起作用的，这时候我们就应该先把本地缓存删除，然后再进行git...add，这样就不会追踪忽略的文件了。

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    Git中.gitignore文件不起作用的解决以及Git中的忽略规则介绍

    在Studio里使用Git管理代码的过程中，可以修改.gitignore文件中的标示的方法来忽略开发者想忽略掉的文件或目录，如果没有.gitignore文件，可以自己手工创建。...在.gitignore文件中的每一行保存一个匹配的规则例如： # 此为注释 – 将被 Git 忽略 *.a # 忽略所有 .a 结尾的文件 !...doc/*.txt # 会忽略 doc/notes.txt 但不包括 doc/server/arch.txt 在填写忽略文件的过程中，我发现在Android Studio里面，.gitignore中已经标明忽略的文件目录下的文件...，当我想git push的时候还会出现在push的目录中，原因是因为在Studio的git忽略目录中，新建的文件在git中会有缓存，如果某些文件已经被纳入了版本管理中，就算是在.gitignore中已经声明了忽略路径也是不起作用的...，这时候我们就应该先把本地缓存删除，然后再进行git的push，这样就不会出现忽略的文件了。

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    流程管理工具snakemake学习笔记杂记

    的作用还是没有搞明白，看有的文档说是最终保留的文件 ，我这里rule all 只写了了最终的html和json，但是最终的结果里是有过滤后的fastq文件的 还有好多基础知识需要看 路径里的文件夹如果不存在会新建一个文件夹...snakemake学习笔记002：hisat2+samtools+stringtie流程转录组分析 今天的内容增加了config文件 input_folder: "/home/myan/scratch...gtf_folder: "/mnt/shared/scratch/myan/private/practice_data/RNAseq/chrX_data/genes/chrX.gtf" config文件主要用来指定文件的存贮路径...snakemake文件的内容 configfile: "config.yaml" import os import glob print(config) print(config['input_folder...HISAT, StringTie, and Ballgown 中的数据 snakemake学习笔记003：stringtie合并转录本 SRR, = glob_wildcards("output.gtf

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    流程管理工具snakemake学习笔记杂记02

    内容是fastp对原始数据进行过滤 snakemake文件的内容 input_folder = "/mnt/shared/scratch/myan/private/practice_data/RNAseq...image.png 我的文件存储层级如上，按照之前的通配符的写法，他会组合出PRJNA001/SRR0002_1.fastq.gz的文件 这里的问题是如何指定expand()函数的组合 流程处理的问题还是...前面组合文件夹和文件的命令还是有点多的，不知道有没有简单的的方法 看到有的解决办法里还用到了lambda函数，还得仔细看一下lambda的用法 这里换成我真实的数据集后会遇到内存不够的情况，需要再snakemake...-mail-type=FAIL --mail-user=mingyan24@126.com' --jobs 8 -s pomeRTD_snakemake_v01.py 这种写法会在当前目录下生成一大堆任务提交的日志文件....py 这个命令写到.sh文件中吗？

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    ​宏转录组学习笔记（三）--通过脚本和snakemake实现自动化

    接下来，我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。 一个「shell脚本」是一个文本文件的完整的shell命令，运行时就如同你在命令行交互方式运行它们。...在这里，我们将创建一个从中获取并一次运行它们全部的命令。 编写shell脚本 让我们将质量控制过程中的所有命令放入一个脚本中。 我们称之为run_qc.sh。...关于shell脚本的最后说明： set -e并且set -x仅在shell脚本中起作用-它们是bash命令。您需要在Python和R中使用其他方法。 Snakemake自动化！...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。 添加环境 在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...规则中使用此环境！

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    【Java】file操作-删除文件中某一行中符合某一规则的

    效果 此处规则，删除已空格分隔的域名行，为防止因制表符等引起误删，强制插入的规则空格分隔 同时要过滤掉# 和其他非自己插入的数据格式，避免误删 代码 package com.ths.arsenaldnsnginxconfig.test...catch (IOException ex) { ex.printStackTrace(); } } /** * 查找完全匹配的域名...String[] sArr = line.trim().replaceAll(" +", " ").split(" "); System.out.println("切割到的空格后字符串...String realmName = sArr[1].substring(0, sArr[1].lastIndexOf('.')); System.out.println("匹配到的字符串...StringTokenizer pas = new StringTokenizer(str, " "); // str = ""; //这里清空了str，但StringTokenizer对象中已经保留了原来字符串的内容

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