这次真的是Y叔的锅了吗：为什么KEGG通路富集结果中的分类有NA呢？

收到我们微信群里一个网友的提问，她使用 Y叔的 clusterProfiler包做KEGG Pathway的富集分析，发现结果的通路分级中含有NA值，如下图。 那为什么KEGG富集通路结果中的分类有NA呢？

一起来找问题

1、先去官网看看是不是真的没有大类信息

看看这个通路：Neuroactive ligand signaling

官网：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html

查询结果：

结果：

官网有这个信息，我还查了其他通路，确定官网所有的通路都有这个层级分类！

2、看看是不是包的版本问题

一开始我没在意，以为是版本的原因呢。我看了下自己的版本，不是最新的。

packageVersion("clusterProfiler")
# [1] ‘4.16.0’

更新到最新，步骤如下：

• step1：重启Rstudio，一定要重启。
• step2：重新安装最新版本：

devtools::install_local("clusterProfiler-devel.zip",updata = FALSE )
packageVersion("clusterProfiler")

但是没有解决问题，还是会有NA，看来不是版本的问题了。

3、看源码

这下没办法，只能抠一下作者的源码了，先找到添加分类的地方：

找到这个函数：res <- append_kegg_category(res)

在代码：clusterProfiler-devel/R/kegg-utilities.R:append_kegg_category 中

看看这个函数：append_kegg_category函数

作者用的这个包里面内置的整理好的层级分类！

clusterProfiler-devel/data/kegg_category.rda

utils::data(list="kegg_category", package="clusterProfiler")
get("kegg_category", envir = .GlobalEnv)

## 看看在不在里面
data_sub$Description
data_sub$Description %in% kegg_category$name

结果：确实都不在里面，但是官网是有这个分类信息的，所以看看有缘人发给Y叔，想办法更新一下这个文件了！

上面有分类信息有NA的几个通路有好几个是New的。

在线蹲一个Y叔的反馈！

希望他不要打我！

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