自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图、数据挖掘
R和Bioconductor主网站位于国外,可选择国内镜像e.g.清华镜像(tuna, Beijing)、中科大镜像(ustc, Hefei)
paste0(rep("x",times=3),1:3,rep("a",time=3))
利用脚本编辑器储存代码,可重复运行。可选择逐行运行或选中多行运行(“shift”)
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通过昨天下载的TSV文件,我们得到了对应fastq文件的下载链接。接下来在Linux服务器上部署aspera并批量下载。
从GEO中选择示例数据:GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老(cellranger V2定量),我们重新运行该过程。
参考教程:单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)
现在 Nearing, Douglas et al. Nature Comm. Microbiome differential abundance method...
complexheatmap_plotting_funcs.R来自于R可视化:微生物相对丰度或富集热图可视化参考章节,它提供了充足的说明
本教程是使用一个Python脚本来分析多种微生物(即strains, species, genus等)的共现模式。
本教程旨在使用基于R的函数以及Python脚本来估计使用MetaPhlAn profile的微生物群落的Beta多样性
本教程使用基于R的函数来估计微生物群落的香农指数和丰富度,使用MetaPhlAn profile数据。估计结果进一步进行了可视化,并与元数据关联,以测试统计显著...
x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length,color = Species))
热图(Heatmap)是一种数据可视化方法,它通过颜色的深浅或色调的变化来展示数据的分布和密度。在微生物学领域,热图常用于表示微生物在不同分组(如不同的环境、时...
在R语言中,安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分。当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时,你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而,...
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))