circos 可视化手册-ticks 篇

在circos中，通过ticks block来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的，需要有一个最小单位。

通过chromosomes_units定义最小单位，用法如下

chromosomes_units = 1000000

之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线，有两个全局参数控制其显示方式

1. show_ticks show_ticks = yes 表示显示刻度线
2. show_tick_labels show_tick_labels = yes 表示显示刻度线上的标签

对于刻度线而言，可以由多个不同标准的刻度组成，和厘米，毫米的概念差不多，可以每5M标记一个刻度线，也可以每10M标记一个刻度线。对于每一种规格的刻度线，通过tick 这个block 定义。看下面这个例子

首先是两个全局参数，表明显示刻度线。接下来就是ticks模块。上图中的ticks 由两个tick构成。

关于刻度线的相关参数，可以分成一下两大类别

刻度线的显示

1. radius radius 表示刻度线显示的位置，用法radius = 0.8r;
2. spacing spacing 指定刻度线之间的间隔，比如 spacing = 5u, 表示每5个单位标记一个刻度线
3. color 刻度线的颜色, 用法color = grey
4. thickness 刻度线的粗细, 用法thickness = 2p
5. size 刻度线的长度，用法size = 5p

刻度线的标签的显示

1. show_label show_label = yes 表示显示标签
2. lable_size 控制label文字的大小, 用法 label_size = 5p
3. label_offset 控制label的偏移量，设置label和刻度线之间的间隔，用法label_offset = 10p
4. skip_first_label 不显示第一个label
5. skip_last_label 不显示最后一个label
6. multiplier multiplier定义了label和实际刻度之间的比例，公式为tick_label = tick_value * multiplier, 实际标记的label需要在原来的基础上乘以multiplier 。multiplier = 1 / 1u, 表示1：1的比例，实际5u的地方就标记5； multiplier = 10 / 1u, 表示10：1的比例，实际5u的地方就标记50。
7. mod mod 用于格式化标签的显示方式，使标签更加的美观。mod 代表取余数的意义 在spacing = 0.1u 的情况下，在10M-11M 之间会有10.1, 10.2 这样的刻度，当添加了mod = 1u时，10.1 除以1，余数为0.1， 所以10.1 对应的 label 变成了0.1；
8. suffix 给label添加后缀，比如 suffix = Mb,这样每个label 最后都会再加上Mb
9. prefix 给label 添加前置，比如prefix = +, 这样每个label 前面都会在加上+
10. format 格式化label的显示，用法和perl 语言中的 是sprintf函数的用法相同