circos 可视化手册-tile 篇

tile用来展示基因组上区域的分布，和之前介绍过的highlight不同，这些区域在图中并不是位于同一层的。为了避免不同区域之间的重叠，tile会将有重叠的区域分布在不同的层，结合图片来理解一下这个概念。示例图片如下

染色体之外的部分，就是tile了。图上共有5圈tile。可以看到，每个tile位于一个圆环区域内，其中的基本单位是一个个的矩形方块，我们也称为tile; 不同的矩形方块不会有重叠，而是堆积成好几层。这里的每一层，我们称为layer。

配置文件的写法如下：

首先看下file定义的文件格式，和之前介绍过的scatter, line, histograms有所区别，每一行是一个区间，并没有value值

对于配置文件中的其他属性，可以分成两部分

1. 位置相关属性

决定位置的有以下几个属性：

1. r0
2. r1
3. orientation
4. margin
5. padding
6. layer
7. layer_overflow
8. layer_overflow_color

r0和r1定义圆环的内径和外径，这两个参数在之前的文章中就介绍过了，就不详细展开了。

margin定义了外边距，用于判断两个tile之间是否有重叠

file文件中定义了每个区间的start和end，在判断两个区间是否重叠时，首先在原来区间的基础上，添加上margin, 变成了[start + margin, end + margin], 如果转换后的区间存在重叠，就认为两个原始区间有重叠，需要位于不同的layer。

padding定义了内边距，用于指定不同layer之间的间隔，示意图如下

orientation在tile中有了一个新的取值，叫做center, 代表的是r0和r1之间的中间位置。这个参数的作用就是表明不同层的layer如何摆放，示意图如下

layer参数指定layer的个数，layer = 5表示最多可以有5个layer;

layer_overflow参数控制超出个数的layer如何显示；layer_overflow_color指定超出个数的layer的填充色

layer_overflow = hide 表示超出的部分不显示

layer_overflow = grow 表示超出的部分继续显示，此时layer的个数会增加，示意图如下

layer_overflow = collapse表示超出的部分不用新的layer来显示，而是堆积在已有的layer上，此时layer的个数不会增加，示意图如下

2. 外观相关属性

包括以下4个属性：

1. thickness
2. color
3. stroke_thickness
4. stroke_color

外观的属性都很好理解，stroke_thickness和stroke_color分别控制边框的粗细和颜色，thickness控制tile的高度，color控制tile的填充色。

需要掌握的一点是rules的写法，示例如下

在scatter等图表类型中，通过var(value)定义不同的条件，但是tile中并没有value的概念，只有size的概念，size指的是每个区间的宽度。在tile中，通过var(size)来定义不同的条件。

上面示例中的color 属性的学法也是值得学习的，remap_round函数实现了一个线性变换，将[10000, 150000]映射为[0, 4], 将size的值映射为0到4之间的一个整数；qw(lgrey grey dgrey vdgrey black)定义了一个数组，数组中共有4个元素，对应4种不同的颜色根据size的大小，转换为不同的下标，从数组中根据下标得到不同的颜色。