我是SnakeMake的新手。我试着用这个简单的Snakefile自学： (IDS, ) = glob_wildcards( "{id}.txt" ) input下一次，IDS包含'out/c-1', 'out/a-1', 'out/b-1'，这当然不是我想要的，因为我希望glob_wildcards只扫描
浏览 83提问于2020-03-18得票数 1
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我有一个包含10个子目录(从dir01到dir10)的目录，每个子目录中都有一些文件(每天都会有新文件添加到子目录中)。我正在尝试编写一个snakemake文件，它将遍历所有子目录和所有文件并处理它们(运行我的convert.exe可执行文件将我的.Stp文件转换为.Xml)。处理后的文件将被移到一个新目录，但会移到与之前同名且文件名相同的子目录中。我刚刚开始使用snakemake
浏览 1提问于2016-06-22得票数 3
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我尝试使用子目录作为通配符，但是snakemake将通配符扩展到子目录中。我试着想出一个最小的例子，但要做到这一点并不容易。如果这个例子不是那么清楚的话，我很抱歉。不过，它应该能开箱即用。在子目录中，生成任意数量的文件。projects在子目录为projects通配符的不同目录中创建一个文件。由于snakemake在文件夹secondstep中创建了一个.snakemake_timestamp，所以我还有一个名为.<
浏览 3提问于2021-03-18得票数 1
我有一个包含多个子文件夹的文件夹，每个文件夹都包含.fastq文件，我想要对齐一个基因组。我正试图为它创建一个snakemake工作流。首先，我使用通配符访问每个子目录及其中的文件。然后使用展开函数存储文件的所有路径，并编写规则将文件映射到基因组。守则如下： import sys
directories, files =
浏览 2提问于2017-09-26得票数 0
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我有一个相当复杂的snakemake生物信息学工作流程，由200多条规则组成。它基本上从一组FASTQ文件开始，从这些文件中推断变量，如下所示：然后对这些规则进行扩展以生成目标文件，例如(为简洁起见，我跳过了中间规则)： expand("mappings/{wc1}_{wc2}_{wc3&
浏览 1提问于2019-10-29得票数 2
file2.clean.vcf file1.output.vcf到目前为止，我已经尝试使用glob_wildcards：input: expand("DIR_A/{dir}/{name}.clean.vcffile1.clean.vcfinput: exp
浏览 2提问于2018-05-18得票数 2
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我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。
# Rules ----------------这是我在使用directory()时发现的另一个问题，因为我找不到为rule all.指定目标的
浏览 0提问于2018-08-24得票数 0
为此，我创建了以下snakemake工作流。from collections import defaultdict
for x,y in zip(dirsq.gz’，'XD_
浏览 3提问于2021-08-04得票数 0
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我刚开始使用snakemake，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz，我想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个snakemake文件。import osimport glob
(SAMPLES,READS,) = glob_wildcards("raw/{sample}_{read}.fastq.gz/minico
浏览 1提问于2019-05-23得票数 1
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在使用集群执行时，我有一个关于Snakemake并行化的基本问题:来自同一规则的作业可以同时在节点内和多个节点之间并行吗？SAMPLES, = glob_wildcards(&
浏览 4提问于2022-07-22得票数 0
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在一个有几个步骤的数据处理项目中，使用Snakemake，子目录中有一个Python木星笔记本，它处理一些数据：with open但是，当从Snakemake运行时，请使用我收到一条错误消息这是因为笔记本是在不同的目录
浏览 7提问于2022-06-23得票数 1
我正在整理一个snakemake slurm工作流程，我的工作目录被slurm输出文件弄得乱七八糟。我希望我的工作流程至少将这些文件定向到我的工作目录中的“slurm”目录。{input} --noextract --outdir 'analysis/fastqc_raw' 2> {log.err} > {log.out}然后我用以下命令调用：
snakemake我不想在运行我的</
浏览 6提问于2020-05-18得票数 5
在规则脚本中，我有几个失败的示例，但大多数都通过了。我希望Snakemake能够看到这些故障，并继续使用下游规则build_script_table。我真不知道该怎么做。目前，我有一个简单的.py脚本来处理这个问题，但是如果可能的话，我想要自动化这个脚本。
浏览 2提问于2022-03-14得票数 0
我知道在Snakefile中定义基于包装的规则的三种工作方法： wrapper:
"0.0.8/bio/samtools_sort，包括指向具有绝对路径文件://或相对路径文件:的本地文件的URL：。每个包装器的示例都可以在位于Snakemake包装库的包装器子目录中的README中找
浏览 1提问于2019-02-19得票数 2
我尝试了所有类型的方法，使用配置文件等，但没有工作，我不知道如何准确地检测错误检查逐行。HISAT2_INDEX_PREFIX = "/media/jim/Elements/Happy/index/genome_chromosomes"
output: tx
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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我刚刚开始使用snakemake，想知道在同一个文件上运行一组参数的“正确”方法是什么，以及这将如何用于规则链？ "scripts/preprocess.py"
然后通过以
浏览 208提问于2017-01-21得票数 3
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snakemake: "subworkflow/Snakefile"
input: sub("subresult") input: sub("ANY_PATH/subresult")
rule sub_all:我的代码有什么问题吗？是否有方法在子文件夹中指定子工作流的
浏览 1提问于2019-04-27得票数 2
我正在尝试构建一个用来分析RNAseq数据集的snakemake管道。有些数据集可能是(1)单端或成对端，(2)数据集之间的搁浅程度也可能不同。我想出了一种使用infer_experiment.py从RSeQC中输出文件"strandedness.txt“的方法(注意前2行是空的)。/strandedness.txt
现在我想调用snakemake文件中的脚本，但我不知道如何做到这一点。google上的大多数示例都
浏览 7提问于2022-05-19得票数 0
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我用snakemake编写了这个管道，以处理我的fastq文件并获取原始计数，但由于某些原因，我在最后一条规则(特性计数)中不理解这个错误：
其他规则使用与featureCounts规则相同的输入，因此我不明白为什么它会返回该特定规则的
浏览 7提问于2022-07-03得票数 0
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我的当前目录结构是 /shared/dir2/file2.bam我希望将各种.bam文件转换为结果目录中的fastqfastq.gz results/file3_2.fastq.gz END=["1","2"]
(dirs, files) =
浏览 5提问于2017-08-21得票数 1
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