Snakemake，任何用glob_wildcards跳过子目录的方法 - 腾讯云开发者社区

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记02

snakemake学习笔记007~slurm的cluster提交任务主要参考 https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/snakemake-chap.html...--cluster 'sbatch --cpus-per-task={threads}' --jobs 12 -s snakemake_hpc.py 唰一下就结束了试了下更长的命令 snakemake...snakemake学习笔记007~slurm的cluster提交任务 image.png 我的文件存储层级如上，按照之前的通配符的写法，他会组合出PRJNA001/SRR0002_1.fastq.gz...前面组合文件夹和文件的命令还是有点多的，不知道有没有简单的的方法看到有的解决办法里还用到了lambda函数，还得仔细看一下lambda的用法这里换成我真实的数据集后会遇到内存不够的情况，需要再snakemake...还需要仔细看snakemake的文档我真实数据的代码 import os raw_fastq_folder = "/mnt/shared/scratch/myan/private/pomeRTD/00

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沉浸式体验WGBS(上游)

简化甲基化测序 (Reduced representation bisulfite sequencing, RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切 (Msp I) 富集启动子及...作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。...，默认选择列，下载原始数据的基本信息：ENA Browser (ebi.ac.uk) # 因为在小环境snakemake下运行，选择第二个密钥 (snakemake) yulan 14:55:14...#方法：转成家目录~，在当前目录下寻找输入：find ./ -name asperaweb_id_dsa.openssh #前面那一段有miniconda3是要换的，换自己miniconda3的地址 #...此文件夹必须包含未修改的基因组（如 .fa 或 .fasta 文件）以及在 Bismark 基因组准备步骤中生成的两个亚硫酸氢盐基因组子目录。

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您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

C#代码也VB

比如：经常看到有人问"如何用c# ping 网址?"...，园子里搜索了一下：[c#下实现ping操作]这篇算是总结得比较全面了，但其实...如果愿意暂时从C#的世界中退出来环顾一下周围，方法更简单: 先添加对Microsoft.VisualBasic的引用，...; } 再比如：如何用c#做汉字的简繁转换? using Microsoft.VisualBasic; ......Response.Write("程序集运行时所在目录：" + app.Info.DirectoryPath); } } } 如何搜索某目录及其子目录中文件内容包含...Response.Write(item + ""); } } } } 上面的代码将搜索c:\temp以所有子目录中包含

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游戏编程之十四游戏使计算机的发展超越了晶体管时代

关于DirectX 3 SDK可以有很多的话题讨论，本篇只涉及如何用DirectDraw来编写游戏中的图形部分。尽管需要一些有关OLE和构件模型（COM）接口的基础知识，整个过程还是相当简单的。...COM接口是所有DirectDraw编程的基础。下一节将讨论COM接口，如果您熟悉OLE，则可跳过它。...应用和方法接口间的联系可以清楚地看成这样：下一个例子看看如何用C++来做： ddrval = lpDD->SetDisplayMode( ScreenX, ScreenY, ScreenBpp...我将示范如何用Microsoft Developer Studio来设置这些环境，或是在命令行下使用NMAKE。...\DXDSK\SDK\SAMPLES\ DDEX4)，并键入: NMAKE 这将在当前目录下创建一个DEBUG子目录，并且在该子目录下生成可执行文件。

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DM 源码阅读系列文章（六）relay log 的实现

判断是否是 fake RotateEvent，如果是则跳过后续处理。...中已经存在，如果会造成 hole 则需要填充该 hole，如果已经存在则跳过后续的处理。...比较 relay log file 的 size 与获取到的 binlog position，如果相等则说明这个 relay log file 中包含的事务都是完整的，跳过后续的处理。...如果 relay log file 的 size 比 binlog position 更小，则向外部报告错误并跳过后续的处理。...调用 parseDirAsPossible 开始从外部指定的或上一次调用返回的子目录、文件及 offset 处开始读取，并返回下一次调用时需要的子目录、文件及 offset（即可实现切换到新的 relay

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关于强命名程序集

其实不是这样的，在命令行下查看，你会发现它实际上包含很多子目录，子目录的名字和程序集的名称是相同的，但它们都不是实际的程序集，实际的程序集位于程序集名对应的目录下。...比如进入 GCFWK 子目录，我们会发现其中又有很多的子目录。机器内每一个安装到 GAC 的 GCFWK.dll 在 GCFWK 中都会有一个子目录。...首先， GAC 使得很多程序可以共享程序集，这从整体上减少了使用的物理内存；其次，我们很容易将一个新版的程序集部署到 GAC 中，并通过一种发布者策略（差不多就是一种重定向方法，比如将原来引用版本为...public.snk文件中，以对程序集进行迟签名跳过验证：sn -Vr assembly 对assembly在开发用机上进行跳过验证处理，该assembly不是已签名的签名：sn -r assembly...keyfile.snk 对assembly 进行迟签名，这一步是在发布之前做取消跳过验证：sn -Vu assembly 对assembly在开发用机上取消跳过验证，该assembly这时是已签名的

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参考基因组没有，经费也没那么多，怎么办？

使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-seq，GBS，构建遗传图谱是研究无参考物种比较常用的方法。Stacks就是目前比较通用的分析流程，能用来构建遗传图谱，处理群体遗传学，构建进化发育树。...如下是“Genome-wide genetic marker discovery and genotyping using next-generation sequencing”对几种常见的建库方法的总结...可以将后者复制到Excel表格中，用柱状图等方法直观了解 ?.../stacks_M[1-9]/populations_r80/batch_1.populations.log中，但是通过文字信息无法直观的了解总体情况，因此更好的方法是用R处理输出绘图结果。...所用代码 snakfile 关于snakemake的用法，vip论坛有比较好的笔记，春节中奖的小伙伴记得多逛逛 SAMPLES, = glob_wildcards("01-clean-data/{sample

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如何用Python和深度神经网络寻找近似图片？

一文写完后，我收到了不少读者的反馈。其中一个很普遍的疑问是：识别相同或相似的图像，有什么好的方法么？我虽然乐于帮助读者解决问题，但实话实说，一开始不太理解这种需求。...作为咱们的演示目录。解压后，你会看到目录下有个image文件夹，其中包含两个子目录，分别是doraemon和walle。 doraemon的目录下，都是各式各样的蓝胖子图片。...如果你之前跟随我在《如何用Python和深度神经网络识别图像？》一文中创立过这个虚拟环境，此处请跳过。...原理展示了如何用10几行Python代码帮你查找相似图形后，我们来聊聊这种强大、简洁背后的原理。如果你对原理不感兴趣，请跳过这一部分，看“小结”。...你是如何处理的？使用过哪些好的工具与方法？与本文相比较，它们的优势有哪些？欢迎留言，把你的经验和思考分享给大家，我们一起交流讨论。 ----

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深度学习的学习历程

入门一定要快，不要恋战，比较难理解的知识点先跳过去。入门的目的是对深度学习的历史、概貌有个大致了解，知道深度学习能干什么。...这个阶段主要是思考上个阶段看的东西，将书本里的知识内化为自己的知识。三、看山还是山慢慢意识到，没有最好的模型，只有最合适的模型。...比如你的数据天然是线性可分的，那lr或者svm将会是最好的选择，如果你选了高大上的深度学习，结果反而会适得其反。...机器学习、深度学习思维导图一张让你代码能力突飞猛进的速查表一文读懂深度学习：从神经元到BERT Github标星3K+，热榜第三，一网打尽数据科学速查表 Github标星2w+，热榜第一，如何用Python...分析400篇任正非演讲稿，一探任正非的心胸与格局

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模块式开发

此接口类包含以下几个属性工具的名称（必需）、是否要弹出、前景色、背景色、工具启动方法（必需） public interface IToolsInterface { /// 的方法大概有两个，寻找目录的层级、创建相应的模块。...1、寻找目录层级因为模块最终要生成到一个位置，然后让主程序去搜索，所以，需要一个搜索方法，去寻找 /// /// 查找指定目录下的所有末级子目录...,bool system=false,bool hidden=false) { try { //返回当前目录的子目录集合...) { continue; } //跳过隐藏目录

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Android手机批量删除和添加.nomedia文件

发表评论 827 views A+ 所属分类：技术 Android手机里媒体扫描往往是个耗电大户，它在后台不停的监控SD卡上所有文件夹中内容的变化，只有文件夹下有一个名为“.nomedia”的文件的文件夹才会被跳过扫描...好主意，不过还有更简单的方法…… Android是基于Linux开发的，所以我们可以直接使用Linux里强大的find命令来实现这一目的。...如果我们想给SD卡里的所有子目录添加.nomedia文件，很简单，一行命令： find /sdcard/ -name ’*’ -type d -exec touch {}/.nomedia ; 或者要求他只给...4层以内的子目录添加.nomedia文件 find /sdcard/ -name ’*’ -type d -maxdepth 4 -exec touch {}/.nomedia ; 但更多的时候我们需要保留几个允许媒体扫描的目录用于放置音乐...而且给大部分目录和子目录添加.nomedia文件后手机的待机时间也有明显的提升，也不枉我花了几小时折腾这命令……

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LNMP笔记：安装vsftpd配置FTP账户

方法都是从网上搜索来的，也不知道谁的原创，结合自己的需要整理出来备查。...mkdir /home/ftproot //创建FTP目录 chmod -R 777 /home/ftproot //递归地给此目录下所有文件和子目录的读、写、执行权限 chgrp -R ftp.../home/ftproot //递归地把此目录及该目录下所有文件和子目录的组属性设置成ftp组站长注：如果在ftp用户的主目录中的子目录无法进行上传、删除等操作，需要重新使用 chmod 命令授权...，比如 chmod -R 777 /home/ftproot/子目录 7、增加FTP用户 adduser -d /home/ftproot -g ftp -s /sbin/nologin user 增加用户...如果是超级用户，可以用下列形式指定任何用户的口令： passwd 用户名 passwd -d 用户名此命令将用户的口令删除，这样用户下一次登录时，系统就不再询问口令 10、修改默认21端口先修改防火墙

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JSP自定义标签

get/set方法 rtexprvalue 2.2 创建标签库描述文件(tld)，添加自定义标签的配置注：tld文件必须保存到WEB-INF目录或其子目录 jstl标签库 ...-- 自定义标签的属性定义,请注意一定要在标签类中提供对应的get/set方法 --> 方法 * 2）创建标签库描述文件(tld)，必须放置到WEN-INF或其子目录下 * * 3）在页面通过taglib指令引入自定义标签库 * @author Administrator...* 例如：对应标签所执行的动作 * 返回值： * 1）SKIP_BODY:跳过主体内容不执行 * 2）EVAL_BODY_INCLUDE:计算主体内容并包含在输出中...>888与之间所执行的动作 * 返回值： * 1):SKIP_BODY:跳过主体内容不输出（在此处可以把它理解为for循环中的break） * 2):EVAL_BODY_AGAIN

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用python求圆周率

1 问题如何用python代码求圆周率。 2 方法让所用公式等式右边分子都为1，分母为递增数列，从第一项开始，奇数项符号为正，偶数项符号为负。...等式右边的分母越大，越小，圆周率π计算的值越精确代码清单 1 from math import fabs from time import perf_counter def Bar...print('\n{:=^70}'.format('计算开始')) a,b,pi,tmp = 1,1,0,1 i = 0 ''' a 分子 | b 分母 | pi 圆周率 tmp 存储a/b的值...= 2 a = -a tmp = a/b i += 2 Bar(i) print('\n{:=^70}'.format('计算完成')) print('\nPi的计算值为...：{}'.format(round(pi*4,level)) 3 结语针对如何利用python求圆周率的问题，我们利用函数通过实验，证明该方法有效，但有些地方任然有误差和错误，在未来应继续学习和改善，

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如何快速创建定时任务【Quartz.NET总结系列一】

实现IJob，在Execute方法里编写要处理的业务逻辑，系统就会按照Quartz的配置，定时处理。　　...--定义Job1 触发器每30秒执行一次Job1任务--> 　　　　　　　　　　　　　　　　　　Job1Trigger 　　　　　　　　任务--> 　　　　　　　　　　　　　　　　　　Job2Trigger1 　　　　　　　　何用Topshelf来创建我们的window服务,请看另外一篇文章《使用Topshelf 开发windows服务》。...最后以上，就简单介绍了如何用quartz.net 创建定时任务，后面会完整系统的介绍整个quartz.net框架。

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python unittest之加载及跳过测试方法和示例

前言在python unittest框架中，内置了用例加载及跳过的标准函数。其加载用例通过TestLoader类实现，而跳过测试方法则通过unittest.skip()类实现。...通过该命令，unittest测试框架会尝试在当前目录及其子目录加载所有满足要求的测试（注意：所有的用例模块应该以test开头进行命名，默认加载test开头的模块）下面我们一起看下其他相关的命令序号...-m unittest -v -s "c:\\test" -p "assert*.py" 这个命令将加载C:\test目录下所有assert开头的测试模块中的测试方法 unittest.skip跳过测试方法...python unittest测试框架从python2.7开始支持设置跳过指定的测试方法或是跳过满足某种条件的测试用例。...总结本次就用例加载及如何跳过某些测试方法或用例进行了分享，大家可以基于上述示例代码进行改造学习和实践。

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轻轻松松用 Python 定位特定类型文件

本文字数：2433 字阅读本文大概需要：6 分钟写在之前今天的文章是介绍如何用 Python 去定位特定类型的文件，会讲到用字符串匹配文件名定位特定文件以及顺带介绍一下遍历目录树的函数，通过今天的这一部分以及之前文章讲到的文件获取属性的操作...('.') if txt.endswith('.txt')] ['b.txt', 'a.txt'] 其实大部分的情况下这种用字符串匹配的方法来查找文件就足够可以满足需要，如果有些情况下需要更加灵活一点的字符串匹配...遍历目录树再上一节中我们都是查找某个目录下的文件然后通过匹配去定位自己需要的文件类型。但是在实际的应用过程中我们更可能遇到的是某个目录及其子目录下的所有文件。...比如查找某个目录及其子目录下所有的 txt 文件等等，对于这类的需求，我们可以使用 os 模块下的「walk」函数。...walk 函数遍历某个目录及其子目录，对于每一个目录，walk 返回一个三元组，依次是「当前目录」，「当前目录下的子目录」，「当前目录下的文件列表」。

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如何复制 OR 删除 200 万个小文件，而且电脑不卡？

: 参数解释： /S :: 复制子目录，但不复制空的子目录。.../E :: 复制子目录，包括空的子目录。 /LEV:n :: 仅复制源目录树的前 n 层。 /Z :: 在可重新启动模式下复制文件。 /B :: 在备份模式下复制文件。.../SECFIX :: 修复所有文件的文件安全性，即使是跳过的文件。 /TIMFIX :: 修复所有文件的文件时间，即使是跳过的文件。 /PURGE :: 删除源中不再存在的目标文件/目录。.../X :: 报告所有多余的文件，而不只是选中的文件。 /V :: 生成详细输出，同时显示跳过的文件。 /TS :: 在输出中包含源文件的时间戳。 /FP :: 在输出中包含文件的完整路径名称。...附另两种快速删除大量文件或目录的方法：命令分别如下： rmdir [drive:]path [/S] [/Q] del [drive:]path [/S] [/Q] 其中 rmdir 与 rd 命令相同

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2019年，Python工程师必考的6个面试题，Python面试题No5

span=(0, 1), match='a'> >>> print(re.search('a','bac').span()) (1, 2) >>> 结论：match() 使用限制更多第3题：如何用...类似于rmdir(), 如果子目录被成功删除， removedirs() 将会删除父目录；但子目录没有成功删除，将抛出错误。...例如， os.removedirs(“a/b/c”) 将首先删除c目录，然后再删除b和a, 如果他们是空的话，则子目录不能成功删除，将抛出 OSError异常 os.rmdir(path) 删除目录...而检查a == b 的时候，实际是调用了对象 a 的 __eq()__ 方法，a == b 相当于 a.__eq__(b)。...方法一 >>> a = 5 >>> b = 6 >>> a = a+b >>> b = a-b >>> a = a-b 方法二 >>> a = a^b >>> b = b^a >>> a = a^b 方法三

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在Debian和Ubuntu上使用SFTP Jails限制访问

作为您的Linode的系统管理员，您可能希望让您的用户能够安全地将文件上传到您的服务器。...最常见的方法是允许通过使用SSH提供加密的安全文件传输协议（SFTP）进行文件传输，这要求您为用户提供SSH登录。...请注意，这些说明并非旨在支持shell登录; 根据本指南修改的任何用户帐户都可以传输文件，但无法登录远程shell会话。这些说明适用于Ubuntu 9.04，Debian 5及更高版本。...修改用户帐户此部分将为您的用户帐户设置正确的组，所有权和权限。...SFTP登录他们的帐户并将文件传输到他们指定的子目录或从他们指定的子目录传输文件，但是他们应该无法看到您的Linode文件系统的其余部分。

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记02

沉浸式体验WGBS(上游)

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关于强命名程序集

参考基因组没有，经费也没那么多，怎么办？

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用python求圆周率

如何快速创建定时任务【Quartz.NET总结系列一】

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