首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R Kaplan Meier曲线按性别和危险因素划分的-divide曲线

R Kaplan-Meier曲线是一种非参数统计方法,用于估计生存函数,即在不同时间点上生存的概率。当数据中包含分类变量(如性别)或其他危险因素时,我们可以根据这些变量来划分曲线,以观察不同组之间的生存差异。

以下是如何在R中使用survivalsurvminer包来绘制按性别和其他危险因素划分的Kaplan-Meier曲线:

1. 安装和加载必要的包

代码语言:javascript
复制
install.packages("survival")
install.packages("survminer")
library(survival)
library(survminer)

2. 准备数据

假设你有一个数据框df,其中包含生存时间time、事件指示status、性别gender和其他危险因素(例如risk_factor)。

代码语言:javascript
复制
# 示例数据
df <- data.frame(
  time = c(10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100),
  status = c(1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1),
  gender = c("Male", "Female", "Male", "Female", "Male", "Female", "Male", "Female", "Male", "Female"),
  risk_factor = c("High", "Low", "High", "Low", "High", "Low", "High", "Low", "High", "Low")
)

3. 拟合Kaplan-Meier模型

代码语言:javascript
复制
# 拟合基本的Kaplan-Meier模型
km_model <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = df)

4. 绘制按性别划分的Kaplan-Meier曲线

代码语言:javascript
复制
# 绘制按性别划分的Kaplan-Meier曲线
ggsurvplot(km_model, data = df, risk.table = TRUE, pval = TRUE, break.time.by = 20,
            ggtheme = theme_minimal(), legend.title = "Gender",
            facet.by = "gender", palette = "jco")

5. 绘制按危险因素划分的Kaplan-Meier曲线

代码语言:javascript
复制
# 绘制按危险因素划分的Kaplan-Meier曲线
ggsurvplot(km_model, data = df, risk.table = TRUE, pval = TRUE, break.time.by = 20,
            ggtheme = theme_minimal(), legend.title = "Risk Factor",
            facet.by = "risk_factor", palette = "jco")

6. 绘制按性别和危险因素划分的Kaplan-Meier曲线

代码语言:javascript
复制
# 绘制按性别和危险因素划分的Kaplan-Meier曲线
ggsurvplot(km_model, data = df, risk.table = TRUE, pval = TRUE, break.time.by = 20,
            ggtheme = theme_minimal(), legend.title = "Gender and Risk Factor",
            facet.by = c("gender", "risk_factor"), palette = "jco")

注意事项

  1. 数据准备:确保你的数据框中包含所有必要的列,并且数据格式正确。
  2. 包版本:确保你使用的survivalsurvminer包是最新版本。
  3. 颜色和主题:你可以根据需要调整颜色和主题,以使图形更美观。

通过以上步骤,你可以轻松地在R中绘制按性别和其他危险因素划分的Kaplan-Meier曲线。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言生存分析可视化分析

Kaplan-Meier生存评估 Kaplan-Meier(KM)方法是一种非参数方法,用于估计观察到生存时间生存概率(KaplanMeier,1958)。...R生存分析 安装并加载所需R包 我们将使用两个R包: 生存计算生存分析 survminer总结可视化生存分析结果 安装软件包 install.packages(c("survival","survminer...、 Kaplan-Meier生命表:生存曲线总结 如上所述,您可以使用函数summary()来获得生存曲线完整摘要: summary(fit) 在生存曲线已经与一个或多个变量拟合情况下,surv_summary...复杂生存曲线 在本节中,我们将使用多个因素组合计算生存曲线。...在这篇文章中,我们演示了如何使用两个R软件包组合来执行可视化生存分析:生存(用于分析)生存者(用于可视化)。

1.2K30

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)目录

介绍 在前一章(TCGA生存分析)中,我们描述了生存分析基本概念以及分析总结生存数据方法,包括:1.危险生存功能定义 2.为不同患者群构建Kaplan-Meier生存曲线用于比较两条或更多条生存曲线...logrank检验 但是上述方法--Kaplan-Meier曲线logrank测试 - 是单变量分析例子。...他们根据调查中一个因素来描述生存,但忽略了任何其他因素影响。 此外,Kaplan-Meier曲线logrank检验仅在预测变量是分类时才有用(例如:治疗A与治疗B;男性与女性)。...Cox模型R总结给出了第二组相对于第一组风险比(HR),即女性与男性。在这些数据中,性别的β系数= -0.53表明女性死亡风险(较低存活率)低于男性。 危险比(HR)(exp(coef))。...每个因素都通过单独单变量Cox回归来评估。 变量sex,ageph.ecog具有统计学意义,而ph.karno系数不显着。 年龄ph.ecog具有正β系数,而性别具有负系数。

3.8K20
  • 数据运营系列(一):生存分析与用户行为如何联系起来

    :事件标志(用户有购买行为该值为1,否则为0) duration:时间段(截止时间减去注册时间) (2)转化率随时间变化趋势: 通过Kaplan-Meier无参估计方法绘制出生存估计量曲线发现,在50...exp(coef)等于0.9916,即风险比例等于0.9916,说明女性(female=0)增加了0.9916倍转化风险,将回归数据性别分类指标进行分层发现,性别为女性用户会更早做出购买行为。...COX-PH回归: Cox模型基本假设为: 在任意一个时间点,两组人群发生时间风险比例是恒定;或者说其危险曲线应该是成比例而且是不能交叉;也就是如果一个体在某个时间点死亡风险是另外一个体两倍...Cox模型与Kaplan-Meier法比较: Kaplan-Meier法是非参数法,而Cox模型是半参数法,一般来说在符合一定条件下,后者检验效应要大于前者。...Kaplan-Meier法一般处理单因素对研究生存结局影响,而Cox模型可以同时处理多个因素对生存结局影响。 Cox model形式:h0(t)βk都是待估参数,Zk为协变量。 ?

    1.7K21

    【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

    可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。...第4部分:高级主题  涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?...作生存曲线R语言解释生存分析中危险率和风险率变化 R语言中生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例

    93800

    【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

    可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1创建生存对象Kaplan-Meier...:time,其中包含每个时间间隔起点终点surv,其中包含每个对应生存概率 timeKaplan-Meier图 现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图 建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。...第4部分:高级主题 涵盖内容生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归地标分析时间相关协变量竞争风险分析累积发生率回归还有什么?...语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标R语言绘制生存曲线估计|生存分析|如何R作生存曲线R语言解释生存分析中危险率和风险率变化R语言中生存分析Survival analysis晚期肺癌患者

    73400

    【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享

    可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即 S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...让我们看一下前10个观察值: ## \[1\] 306 455 1010+ 210 883 1022+ 310 361 218 166 用Kaplan-Meier方法估算生存曲线...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图 现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图 建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。 默认图 带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...第4部分:高级主题 涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?

    1.4K30

    【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

    可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...让我们看一下前10个观察值: ##  [1]  306   455  1010+  210   883  1022+  310   361   218   166 用Kaplan-Meier方法估算生存曲线...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。 01 02 03 04 默认图  带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...第4部分:高级主题  涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?

    68700

    【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

    可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...让我们看一下前10个观察值: ##  [1]  306   455  1010+  210   883  1022+  310   361   218   166 用Kaplan-Meier方法估算生存曲线...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。...第4部分:高级主题  涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?

    43600

    4分+基于SEER数据库挖掘原发性肝淋巴瘤发病率、预后因素生存结局

    采用Kaplan-Meierlog-rank检验评估总生存率(OS)疾病特异性生存率(DSS)。采用单因素因素Cox回归分析确定OSDSS独立预后因素。...根据患者出生年份将病人分为三组,三者之间生存率存在显著差异,说明不同年份PHLOSDSS显著不同(图3A、B)。图4显示了PHL主要亚型OSDSSKaplan-Meier曲线。...对于年龄、性别、种族、诊断年份、婚姻状况治疗策略分层患者进行Kaplan-Meier生存分析,可以发现老年人与低OSDSS显著相关(图5A、6A)。...然后使用C指数校准曲线来评估所建立列线图性能。OSDSS列线图预测C指数分别为0.6890.667,表明新建立列线图相当准确。...类似地,训练集验证集校准曲线也显示出列线图预测实际OSDSS之间极好一致性(图10)。 ? ? ?

    97220

    R语言中生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例

    理解KAPLAN-MEIER曲线实用指南。耳鼻咽喉头颈外科:美国耳鼻咽喉头颈外科学会官方杂志。2010; 143(3):331-336。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即 S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图 现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图 建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。 ---- 01 02 03 04 默认图 带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...第4部分:高级主题 涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?

    1.2K10

    R语言中生存分析Survival analysis晚期肺癌患者4例

    理解KAPLAN-MEIER曲线实用指南。耳鼻咽喉头颈外科:美国耳鼻咽喉头颈外科学会官方杂志。2010; 143(3):331-336。...可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图   建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。 默认图  带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...第4部分:高级主题  涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?

    1.7K10

    4分+基于SEER数据库挖掘原发性肝淋巴瘤发病率、预后因素生存结局

    采用Kaplan-Meierlog-rank检验评估总生存率(OS)疾病特异性生存率(DSS)。采用单因素因素Cox回归分析确定OSDSS独立预后因素。...根据患者出生年份将病人分为三组,三者之间生存率存在显著差异,说明不同年份PHLOSDSS显著不同(图3A、B)。图4显示了PHL主要亚型OSDSSKaplan-Meier曲线。...对于年龄、性别、种族、诊断年份、婚姻状况治疗策略分层患者进行Kaplan-Meier生存分析,可以发现老年人与低OSDSS显著相关(图5A、6A)。...然后使用C指数校准曲线来评估所建立列线图性能。OSDSS列线图预测C指数分别为0.6890.667,表明新建立列线图相当准确。...类似地,训练集验证集校准曲线也显示出列线图预测实际OSDSS之间极好一致性(图10)。 ? ? ?

    1.6K31

    最权威生存分析神器,你值得拥有!

    数据库介绍 在我们阅读文献或者做科研课题过程中,生存分析往往是非常重要一环,能够显示我们目标基因对于患者生存预后影响,通常我们会使用一些R包去绘制生存曲线,对于一些对编程了解较少小伙伴们,小编要给大家推荐一个生存分析领域最经典权威工具...Kaplan-meier Plotter数据库是基于来源于GEO、EGATCGA等数据库芯片RNA-seq数据构建,评估了54, 675个基因在21种癌症中对于生存率影响,其中乳腺癌(6234...Kaplan-meier Plotter一大特点是:直接绘制出KM曲线图虽然配色不可调,但非常精美,完全可以直接放入文章中使用!...设置完毕以后通过Draw Kaplan-Meier plot绘制KM曲线,稍等片刻就可以出结果啦!...小编总结 Kaplan-Meier Plotter可调整临床信息全面、可以分析癌症多个亚型生存曲线,数据使用自由度高、能自动选择最优分组策略、操作简便、出图也相对美观。

    3.2K10

    【视频】R语言生存分析原理与晚期肺癌患者分析案例|数据分享|附代码数据

    可以估计为当时活着但没有损失随访患者人数除以当时活着患者人数 生存概率Kaplan-Meier估计是这些条件概率乘积 在时间0,生存概率为1,即  S(t0)=1S(t0)=1 创建生存对象 Kaplan-Meier...让我们看一下前10个观察值: ##  [1]  306   455  1010+  210   883  1022+  310   361   218   166 用Kaplan-Meier方法估算生存曲线...: time,其中包含每个时间间隔起点终点 surv,其中包含每个对应生存概率 time Kaplan-Meier图  现在, 绘制对象 获得Kaplan-Meier图。...Kaplan-Meier图  建立在上ggplot2,并可用于创建Kaplan-Meier图。 01 02 03 04 默认图  带相关置信带(阴影区域)阶跃函数(实线)。...第4部分:高级主题  涵盖内容 生存分析基础知识,包括Kaplan-Meier生存函数Cox回归 地标分析时间相关协变量 竞争风险分析累积发生率回归 还有什么?

    45400

    手动使用R示例

    估计 要估计生存函数,我们需要使用能够处理截尾估计量。最常见估计量是非参数KaplanMeier(1958)估计量(有时也称为乘积限估计量,或更简单地称为K-M估计量)。...Kaplan-Meier估计量优点是: 它简单且容易使用和解释 它是一个非参数估计量,因此它从数据构建生存曲线,不对底层分布形状做出假设 它提供了生存函数图形表示,对于说明目的非常有用 请注意,估计成立一个重要假设是截尾与事件发生是独立...Kaplan-Meier曲线可以看作是生存数据描述统计量。现在,我们关注统计学第二个分支,假设检验,它允许根据样本对总体进行结论(如果需要,可以查看关于总体样本之间差异快速提醒)。...我们展示了如何通过Kaplan-Meier估计器估计生存函数,以及如何通过对数秩检验测试两组之间生存情况。我们既手动说明了这些方法,也在R中进行了说明。...通过Cox模型,我们通过其对危险函数影响来建模不同因素X1、X2、…、Xq对生存影响: 其中: h(t|X)是在时间t之前存活条件下瞬时死亡率。

    19610

    生存分析中统计检验方法你用对了吗?

    ---- 生存分析可能大家采用Kaplan-Meierlog-rank检验生存率差异,很多TCGA在线工具也是用这2种方法,下面先对这2种方法简单介绍。 1....Kaplan-MeierKaplan-Meier法简称K-M法,又称乘积极限法(Product-limit Estimate)是生存分析方法中最常用一种,主要用于估计患者生存率绘制生存曲线。...Kaplan-Meier曲线(生存曲线),以生存时间为横轴,生存率S (tk)为纵轴,绘制而成连续型阶梯形曲线,用以说明生存时间与生存率之间关系。...一般情况下,不同组生存曲线不交叉,但如果有交叉,则提示可能存在混杂因素,可以用校正方法(如逆概率加权法),获得校正后K-M曲线。...3.Two Stage Hazard Rate Comparison 在R中使用TSHRC包进行统计检验,该检验方法同时可以计算Kaplan-MeierLog-Rank testp值。

    3.1K30

    生存分析——KM生存曲线、hazard比例、PH假定检验、非比例风险模型(分层时变参数模型)(二)

    2.4 其他生存时间相关概念 3 Kaplan-Meier 生存概率估计 3.1 寿命表( life table) 3.2 KaplanMeier 方法 3.3 KM组别差异指标一:中位生存时间...例如,某项关于脑卒中复发危险因素研究,生存时间规定为从第一次脑卒中发病到下一次脑卒中发病之间时间间隔。...3.2 KaplanMeier 方法 KaplanMeier 方法主要思路,基于刚才表格,我们也可以用数学公式来表示。...一般来说,生存分析是要比较不同组之间一个生存情况,因此 Kaplan-Meier 生存曲线一般不止一条曲线,如下图所示: 图中不同颜色表示不同两组病人,在时间轴上生存情况不同表现。...因为用户活得越久,接受大疗程越多,注入要药剂也越多。换而言之,药剂量在用户生存期内,是随时间变化,不像性别这些因素一样保持不变。

    6.6K31

    生信文献 | 一种新自噬相关lncRNA乳腺癌预后风险模型

    通过Kaplan-Meier分析、单因素及多因素Cox回归分析受试者工作特征(ROC)时间曲线分析,进一步验证风险模型是乳腺癌患者新独立预后因素。...其中,Cox比例风险分析显示,24个自噬相关lncRNA与TCGA乳腺癌患者生存显著相关(P < 0.01),包括19个低风险lncRNA(危险比(HR)<1)5个高风险lncRNA(危险比(HR)...随后,多因素Cox分析,从上述24个具有预后意义自噬相关lncrna中筛选出11个。 Kaplan-Meier生存分析显示高危组总生存期(OS)较低危组差。...为了评估上述11个自噬相关lncrna风险模型是否为乳腺癌独立预后因素,作者进行了单因素因素Cox回归分析。...TCGA数据库:生存分析 肿瘤免疫细胞浸润与临床相关性分析 一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程 基因表达谱热图绘制 GraphPad Prism绘制生存曲线R语言批量绘制生存曲线

    1.2K30

    R语言系列第五期:④R语言与生存分析

    而相对于逻辑回归只有分类结局,只考虑终点事件是否出现情况,详情点击:R语言系列第五期:③R语言逻辑回归预测检验、R语言系列五:②R语言与逻辑回归建立 生存分析结局还会考虑观察对象达到终点所经历时间长短...KaplanMeier估计 Kaplan-Meier估计(乘积极限法)用以计算右侧截断数据生存函数估计,这个估计是一个阶梯函数,它跳跃点是给定时间点。...生存函数Kaplan-Meier估计计算可以通过调用函数survfit()来实现。该函数最简单形式只带有一个参数,即为Surv对象。函数返回一个survfit对象。...我们要获取不同性别的生存曲线,可以输入如下代码: > surv.bysex<-survfit(Surv(days,status==1)~sex) > plot(surv.bysex) #Tips:原来...—ln(RR),因此真正风险比是exp(coef),其实得到就是RR(相对危险度)。

    1.8K10
    领券