我创建了以下snakemake规则： input: output: log:a 'A{100}' --nextseq-trim=20 -m 20" "0.50.4/bio/cutadapt/se"不能从输出文件中确定params中的通配符。由于{}，<
浏览 9提问于2020-04-13得票数 4
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我有两个参数，我试图在一个Snakemake中迭代它们。使用expand通常是可行的，但是，我想在命令行中使用expand中的一个参数： STEPSMSA=["0","10","20","30","40"]
LENGTHS=["30","35","40","LENGTHS)
浏览 22提问于2021-06-16得票数 0
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然而，Snakemake将所有的样本一次性推到Parabricks --似乎不知道GPU的内存限制。一种解决方案是告诉Snakemake一次处理一个样本，因此问题是：
如何让Snakemake一次处理一个样本？由于parabricks是一种许可产品(因此不一定是可复制的)，我将展示我试图运行的parabricks规则的示例(pbrun fastq2bam)，以及一个使用开源软件(fastqc)的最小可复制示例我的pa
浏览 0提问于2020-09-04得票数 1
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我有一些代码，我正在合并到Snakemake管道中。我还希望能够独立于Snakemake运行代码，所以我想编写灵活的代码。我在我的Snakemake文件中的规则中有以下结构： input: output:
output_file这很好，只是我在虚拟环境中工作，我想使用的Python版本与Sn
浏览 3提问于2019-04-30得票数 3
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如果我运行snakemake --cores 56，有没有办法访问snakemake规则中的参数？我意识到我可以有一个configfile值，但我希望有像args.cores这样的东西能给我在命令行中传递的内容。谢谢。
浏览 0提问于2021-03-14得票数 0
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我希望将发送到snakemake命令的所有/大部分参数放在Snakemake文件中，并缩短命令行。而不是跑： snakemake
使用: snakemake -h -PROFILE
浏览 4提问于2020-05-13得票数 0
背景：我必须将我的Snakemake管道从一个节点的使用调整到一个具有资源管理的集群。使用特定于SLURM的Snakemake配置文件，我的规则成功地作为SLURM作业提交，因此我继续将Snakemake指令resources添加到每个非本地规则中，以优化队列调度。问题：我的管道有许多小的单CPU作业，我用Snakemake规则
浏览 5提问于2021-11-12得票数 0
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我想让Snakemake为单个规则设置绑定内存限制。根据snakemake文档，mem_mb参数似乎可以工作，但作业使用的内存比我分配的要多。
下面是一个使用几GB内存的简单规则。我希望规则一旦达到内存限制就停止，但它完成时没有问题。我想要一个便携的，适用于Windows和Linux的解决方案。我在本地使用snakemake，而不是使用批处理调度器或容器设置。
浏览 101提问于2020-02-26得票数 4
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编辑，在尝试任何操作之前，请确保安装Snakemake之前：如广告所示：。不要像这里所宣传的那样安装它：，您将得到一个非常旧的版本( -c conda-forge是很重要的！)我今天一直在和蛇搏斗。我的问题是，我的明星法则给了我一个错误：
/rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch
浏览 2提问于2018-11-15得票数 0
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当之前在流水线中创建的文件被删除时，SnakeMake似乎不认为这是一个问题，只要后面的文件还在： input: "testC1.txt", "testC2.txt"
output: "{X}C{Y}.txt"将此SnakeFile保存在test.sf中，-s test.
浏览 1提问于2017-09-01得票数 9
我试图在snakemake中创建一个迭代规则。数据中有一个空文本文件/名为basic_0。我希望通过调用$ snakemake data/basic_<x>.txt --cores 1对其应用一条规则"x“倍(其中"x”是一个整数)，其中snakefile如下所示： shell:
"
浏览 6提问于2022-06-29得票数 3
我正在创建一个snakemake管道，在那里，我可以在某种程度上过滤我的结果。但是有两种过滤器我可以应用，所以我想在启动管道时把它作为一个参数，然后，根据参数，我想应用一条规则或另一条规则。例如：其中过滤器可以是Hard或Soft output:
浏览 7提问于2020-06-26得票数 3
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请注意，我忽略了我认为与本次讨论无关的参数。如果我将这些文件夹放在我的slurm.json文件中，作业就会失败。此结构...{rule}{wildcards}...适用于其他不需要创建新文件夹的规则(因为通配符不包含文件夹路径)。我知道我可以事先找出所有的文件夹，并在运行snakemake之前创建它们，但是这看起来效率很低。在snakemake中没有为我做这件事的功能吗？2019年4月24日根据Johannes Ko
浏览 6提问于2019-04-22得票数 2
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我想编写一系列规则，但有些规则不使用与其他规则相同的通配符。当我尝试这个时，Snakemake无法确定通配符。假设我有这样一个工作流：
为30 chromosomesrun生成单独的数据文件--在这30 chromosomesrun上都有参数"foo“的程序名为"algorithm1”--在这30 chromosomesAlgorithm1和2上都有参数为“”的不同程序"algorith
浏览 8提问于2022-09-05得票数 1
我正在使用，它非常有趣，但是如果VSCode不再抱怨Undefined variable: 'snakemake'，我会很高兴的。问题是，Snakemake以这样的方式运行作业，从而将此全局注入您的python范围，但是idea不知道它是真正定义的。我想知道是否有办法让它做两件事：
做自动完成--它应该基于Snakefile中定义的规则(输入、输出、参数等)自动完成。以及
浏览 3提问于2020-06-10得票数 2
我正在寻找一种在Snakemake中定义目标模式规则(没有输入模式)的方法。.PHONY: all echo x > $@rule test:
outp
浏览 4提问于2017-09-13得票数 1
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我在snakemake管道中得到以下错误： Building DAG of jobs...F19FTSEUHT1027.PSU4_ISF1A_long.fastq.gzcanuwildcards.
浏览 49提问于2020-01-15得票数 0
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。据推测，Snakemake将把任
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
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在Snakemake，我有5条规则。对于每个选项，我都设置了resources mem_mb选项的内存限制。看起来是这样的： input: file2input.file1} -v {input.file2} -q {input.file3} --cores 5 -o {output.foldr} "
我希望通过执行以下操作来限制整
浏览 1提问于2018-01-31得票数 5
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使用：它似乎成功地构建了环境，当我在..snakemake/conda/79eeda 10/bin/samtools中检查版本时，它是1.9但是，version.txt中的输出表明正在运行的samtools为1.3：Using htslib 1.3
Copyright (C) 2015 Genome Research当我使用这个方法运行一个只在1.9版本<
浏览 0提问于2021-01-04得票数 1
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