迭代Snakemake规则中的2个参数 - 腾讯云开发者社区

[size=medium] Apache 中RewriteRule 规则参数 Apache模块 mod_rewrite 提供了一个基于正则表达式分析器的重写引擎来实时重写URL请求。...此重写操作的结果可以是内部子处理，也可以是外部请求的转向，甚至还可以是内部代理处理。这里着重介绍一下 RewriteRule 的规则以及参数说明。RewriteRule指令是重写引擎的根本。...:key|default}） [flags]标记作为RewriteRule指令的第三个参数，是一个包含以逗号分隔的下列标记的列表： ‘chain|C‘（链接下一规则）此标记使当前规则与下一个规则相链接...‘last|L‘（结尾规则）立即停止重写操作，并不再应用其他重写规则。它对应于Perl中的last命令或C语言中的break命令。这个标记用于阻止当前已被重写的URL被后继规则再次重写。...此时再次进行处理的URL已经不是原始的URL了，而是经最后一个重写规则处理过的URL。它对应于Perl中的next命令或C语言中的continue命令。

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Apache中 RewriteRule 规则参数介绍

Apache中 RewriteRule 规则参数介绍摘要: Apache模块 mod_rewrite 提供了一个基于正则表达式分析器的重写引擎来实时重写URL请求。...它支持每个完整规则可以拥有不限数量的子规则以及附加条件规则的灵活而且强大的URL操作机制。这里着重介绍 RewriteRule 规则以及参数说明。...key|default}) [flags]标记作为RewriteRule指令的第三个参数，是一个包含以逗号分隔的下列标记的列表：‘chain|C'(链接下一规则)此标记使当前规则与下一个规则相链接。...}1 [C] #把用户输入完整的地址（GET方式的参数除外）作为参数传给下一个规则，[C]是Chain串联下一个规则的意思RewriteRule ^([^.]+).osall....我们只将查询变量中没有出现“marker”标记的链接进行重定向，然后将原有的链接替换成新的格式，并且通过[QSA]FLAG在已有的参数加一个“marker”标记。

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Apache中 RewriteCond 规则参数介绍

●在CondPattern之后追加特殊的标记[flags] 作为RewriteCond指令的第三个参数。...last|L (最后一个规则 last) 立即停止重写操作，并不再应用其他重写规则。它对应于Perl中的last命令或C语言中的break命令。...●在rewritePattern 之后追加特殊的标记[flags] 作为RewriteRule 指令的第三个参数。flags可以使用的标记，和上面RewriteCond使用的一样。...3) 此外，Substitution还可以追加特殊标记[flags] 作为RewriteRule指令的第三个参数。...last|L (最后一个规则 last) 立即停止重写操作，并不再应用其他重写规则。它对应于Perl中的last命令或C语言中的break命令。

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Python 中的迭代器

前面操作中使用的迭代器是用 iter() 函数生成，注意该函数的参数必须是可迭代对象，或者说这个函数只能将可迭代对象转化为迭代器。“任何对象都可以自定义”，这是我们从第8章以来已经逐步确立的观念。...另外，在 __next__() 方法中以 self.i 参数值也包含在了迭代器返回值范围。...再观察类 MyRange 内的方法，__iter__() 和 __next__() 是迭代器的标志，在类中定义了这两个方法，就得到了能生成迭代器的类。在第7章7.1.2节曾经写过斐波那契数列函数。...Fibs 创建的斐波那契数列对象，包含了很多项（读者还可以设置更大的参数）。...在 Python 标准库中，还有一个与迭代器密切相关的模块 itertools ，在此也简要给予介绍。

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Snakemake入门

当你整理好流程以后，只需简单替换几个参数，就能快速开始分析一个新的数据。 Snakemake 的另一个强大特性是它的并行处理能力。...简单来说，它有以下优点：可读性强易移植模块化管理透明能生成流程图，看到每个过程可扩展可拓展的平台 2如何使用在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...每个规则定义了一个任务，规定了输入、输出以及执行任务所需的命令。Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...snakemake ds1_filtered_plot.pdf 按照入门演示的内容，它首先会从Snakefile中定义的规则中自上而下的进行匹配，这个时候将{dataset}匹配为ds1_filtered...如果我们修改了数据，程序会识别文件的修改时间判定其为一个新文件，进而重新运行命令。 3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。

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java递归和迭代_Java中的迭代与递归

在进行每一步计算时，只要要知道当前结果(product)和i的值即可以了。这种计算形式称之为迭代。迭代有这样几个条件：1、有一个有初始值的变量。2、一个说明变量值如何升级的规则。3、一个结束条件。...但是相对于递归的简单易懂，迭代就比较生硬难懂了。尤其是遇到一个比较复杂的场景的时候。但是，代码的难以了解带来的有点也比较显著。迭代的效率比递归要高，并且在空间消耗上也比较小。...递归中肯定有迭代，但是迭代中不肯定有递归，大部分可以相互转换。能用迭代的不要用递归，递归调用函数不仅白费空间，假如递归太深的话还容易造成堆栈的溢出。...比较典型的就是斐波那契数列：用文字形容就是斐波那契数列中前两个数字的和等于第三个数字：0,1,1,2,3,5,8,13,21…… 递归实现代码如下： int fib (int n) { if (...== 0) { return 0; } else if (n == 1) { return 1; } else { return fib(n-1) + fib(n-2); } } 计算过程中，

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Golang 中的“潜规则”

GO语言中要提供给外面访问的方法或是结构体必须是首字母大写在一个公共的头文件中定义了一个结构体，如下所示： type Header struct { ver int magic_num...int len int } 在另一个执行文件中，进行了初始化和赋值： var head comm.Header; head.ver = 1...example_struct2binary.go:23: head.len undefined (cannot refer to unexported field or method len) 后来想起，GO语言中要提供给外面访问的方法或是结构体必须是首字母大写...这个结构体只有结构体名大写了，而里面的字段没有首字母大写，而GO语言在模板调用时应该认为是两个不同的过程，所以找不到值。于是把结构体中字段首字母改为大写后解决。

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Python Python中的迭代器

Python中的迭代器什么是迭代器同步进行(不需要等待所有数据都写入内存即可使用) 如何生成迭代器 - iter 介绍生成一个迭代对象用法 iter(iterable) 参数介绍 iterable...: 可迭代的数据类型迭代器的用法 - next 介绍返回迭代器中的数据用法 next(iterator) 参数介绍 iterator: 迭代器对象迭代器常用方法之生成迭代器 for循环生成法...—yield for循环一行生成迭代器迭代器常用方法之for循环获取 (i for i range(10)) 用完再用不会报错.

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JavaScript 中的可迭代对象与迭代器是啥

迭代器 ES6 中的迭代器使惰性求值和创建用户定义的数据序列成为可能。迭代是一种遍历数据的机制。迭代器是用于遍历数据结构元素（称为Iterable）的指针，用于产生值序列的指针。...JS 中的很多对象都是可迭代的，它们可能不是很好的察觉，但是如果仔细检查，就会发现迭代的特征： new Map([iterable]) new WeakMap([iterable]) new Set([...(展开操作符) const [a, b, ..] = iterable (解构赋值) yield* (生成器) JavaScript中已有许多内置的可迭代项： String,Array,TypedArray...使用 TypeScript，可迭代协议如下所示： interface Iterable { [Symbol.iterator]() : Iterator; } Symbol.iterator]()是无参数函数...在本文的前面，我已经提到 JS 中的某些语句需要一个可迭代的对象。

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Java中的命名规则

Java中的命名规则在查找java命名规则时，未在国内相关网站查找到较为完整的文章，这是一篇国外程序开发人员写的java命名规则的文章，原文是英文写的，为了便于阅读，遂翻译为汉语，以便帮助国内开发者有所了解...在较小的层面上，这似乎没有意义，但考虑到工业层面，为了节省时间，有必要编写干净的代码，因为已经制定了某些规则，其中一个因素是命名关键字这在Java中被称为命名约定。...尝试在末尾使用“able”，是的，据说是尝试，因为没有硬的和快速的绑定规则，就像我们考虑一个内置接口，比如“Remote”，它在末尾没有ble。...Java中的命名规则在java中，将类、变量和方法命名为它们实际应该做的事情，而不是随机命名，这是一种很好的做法。下面是java编程语言的一些命名约定。...注意:请注意以下java中驼峰大小写的例外情况：在包中，即使我们在java中组合两个或多个单词，一切都用小写在常量中，我们确实将所有内容都用作大写字母，即使我们在java中组合两个或多个单词，也只使用

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【原创】TypeScript中的迭代器

TypeScript中的迭代器当一个对象实现了Symbol.iterator属性时，我们任务它时可迭代的。...一些内置的类型如Array，Map,Set,String,Int32Array,Uint32Array等都具有可迭代性。...for…of语句迭代器 let arr = [1,'Sting',false]; for(let entry of arr){ console.log(entry); //对数组中的元素进行遍历。...输出结果 1，String，false } for…in语句迭代器 let arr = [1,'Sting',false]; for(let entry1 in arr){ console.log(...entry1); //对数组中的下标进行遍历。

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敏捷迭代运作中的罪与罚

三周敏捷迭代模型规划图图中要素说明： 1、绿色字样的是整个团队的核心里程碑交付节点； 2、蓝色字样是各角色各阶段工作需完成里程碑节点； 3、此迭代模型迭代周期为三周，故仅适用于后台开发工作量在两周以内的需求...后台开发角色：在上图三周迭代模型中，后台开发是最早启动的，综合技术能力要求也是最高的，但是可以专注于单一微服务模块的开发。...，将中台代码发布到生产环境，供测试进行生产Uat测试，至此当前版本中台的工作基本就算结束了，当前周中台的主要工作放在下一版本的中台方案设计与开发上。 ...前端开发角色：其实整个敏捷迭代模型都是围绕前端开发人员的工作时点来设计的，既是因为前端交付才是产品可测试的功能交付，也是因为前端联调验证通过了才算得上真正意义上的中后台交付通过。...九大原罪同时，此模型非常强调各个里程碑的交付质量，坚决禁止需求错误或者方案错误级别的返工行为，以下便是笔者带领团队进行迭代运作过程中总结的九条迭代原罪以及相应影响：原罪一：

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workflow01-初探snakemake

snakemake 的工作流可以简单概括为：1）首先定义一些规则；2）设置需要的输出类型，snakemake 将会判断需要何种软件或流程以获得对应的输出类型。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。...The order of jobs does not reflect the order of execution. 5-多加一个任务如果我们的规则中只有一个任务，那和一般的脚本并没有太大的区别。

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Mapreduce程序中reduce的Iterable参数迭代出是同一个对象

今天在对reduce的参数Iterable进行迭代时，发现一个问题，即Iterator的next()方法每次返回的是同一个对象，next()只是修改了Writable对象的值，而不是重新返回一个新的Writable...使用wordcount来验证：我的代码如下： protected void reduce(Text key, Iterable values, Reducer... } result.set(sum); context.write(key, result); } 日志输出： objects is same -> true 这个Iterable的实现是...org.apache.hadoop.io.serializer.WritableSerialization的deserialize(Writable w)方法， Writable deserialize...ReflectionUtils.(, getConf()); } { writable = w; } writable.readFields(); writable; } 该方法只是调用了入参w的readFields

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java中迭代器的用法

容器中常用到，迭代器就是用来遍历集合的！使用方法iterator()要求容器返回一个Iterator。使用next()获得序列中的下一个元素。使用hasNext()检查序列中是否还有元素。...Iterator接口提供了很多对集合元素进行迭代的方法。每一个集合类都包括了可以返回迭代器实例的迭代方法。...迭代器可以在迭代过程中删除底层集合的元素，但是不可以直接调用集合的remove(Object obj)删除，可以通过迭代器的remove()方法删除 image.png image.png image.png...因为Iterator接口的核心方法next()或者hasNext() 是依赖于迭代器的当前迭代位置的。...如果Collection直接实现Iterator接口，势必导致集合对象中包含当前迭代位置的数据(指针)。

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workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

，shell 中的语法规则有所不同。...ps：这里-T 参数实际也是指定的临时文件的前缀。...3-编写target规则默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...，这里指定的实际上是input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs...-y pysam matplotlib bwa samtools bcftools snakemake graphviz 发现snakemake 也是可以直接在规则中整合使用的conda 环境的：

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深入理解Python中的迭代器与可迭代对象

为了提高效率和节省内存空间，我们可以使用迭代器来逐行读取文件中的数字，并在读取过程中实时计算统计结果。...通过以上代码，我们可以方便地对大型数据集合进行统计分析，无需将所有数据加载到内存中。迭代器和可迭代对象的灵活性使得处理大型数据变得高效和便捷。...总结本文深入解释了Python中的迭代器和可迭代对象的概念，并通过示例代码演示了它们的用法。...迭代器和可迭代对象在实际应用中具有重要意义，特别是在处理大数据集合时，它们提供了高效和节省内存的方式。通过合理地运用迭代器和可迭代对象，我们可以更加灵活和高效地处理数据，提高代码的可读性和可维护性。...希望通过本文的介绍，读者能够对迭代器和可迭代对象有更深入的理解，并能在实际开发中灵活运用它们。祝愿大家在Python编程的道路上越走越远！

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workflow05-snakemake的进阶操作一

同样，我们可以把线程的信息配置在规则中： rule bwa_map: input: "data/genome.fa", "data/samples/{sample...执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...或者是应对不同的场景需求，设置参数呢？

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Web前端中的命名规则

能以背景形式呈现的图片, 尽量写入css样式中; 13. 重要图片必须加上alt属性; 给重要的元素和截断的元素加上title; 14...., 此文件包含reset及头部底部样式, 此文件不可随意修改; 3. class与id的使用: id是唯一的并是父级的, class是可以重复的并是子级的, 所以id仅使用在大的模块上, class可用在重复使用率高及子级中..., 请以自己代号加下划线起始, 比如i_clear; d）a,b两条, 适用于在2中已建好框架的页面, 如, 要在2中已建好框架的页面代码中加入新的...原生JavaScript变量要求是纯英文字母, 首字母须小写, 如iTaoLun; jQuery变量要求首字符为'_', 其他与原生JavaScript 规则相同, 如: _iTaoLun; 另, 要求变量集中声明...开发过程中严格按分工完成页面, 以提高css复用率, 避免重复开发; 2. 减小沉冗代码, 书写所有人都可以看的懂的代码. 简洁易懂是一种美德. 为用户着想, 为服务器着想.

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关于Python中迭代器的作用

参考链接： Python迭代器迭代器的定义：含有__iter__()方法和__next__()方法的就是迭代器,即（iterate）含有__iter__()方法就可以使用for循环，即iterable...（可迭代的） Iterable 可迭代的 -- > __iter__ #只要含有__iter__方法的都是可迭代的# []....__iter__() 迭代器 -- > __next__ #通过next就可以从迭代器中一个一个的取值迭代器的作用： # 只要是能被for循环的数据类型就一定拥有__iter__方法# print...__iter__())# 一个列表执行了__iter__()之后的返回值就是一个迭代器在Python中可迭代的： 1.range(10) 2.dict 3.list 4.tuple... 5.set 6.str 7.open() 8.enumerate枚举使用迭代方法的好处： 1.可节省内存空间 2.会从容器里面挨个取值，直到取完为止转载于:https

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