我想知道如何最好-或最简单地-使用snakemake与conda。我知道“但是，对于一个简单的snakemake工作流，我认为只需(i)激活单个现有的conda环境、(ii)运行snakemake工作流和(iii)再次禁用环境就更容易了。我是否需要将Snakemake及其依赖项包含在我所有相关的conda环境中，还是应该在全球安装snakemake</em
浏览 1提问于2017-11-13得票数 3
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我有一个简单的Snakefile，我有一个使用YAML配置文件中定义的Conda环境的规则。但是，在运行此Snakefile时，Snakemake不激活Conda环境，并返回此错误： jobid: 0我尝试通过同时使用SnakeMake和source activate 805d
浏览 0提问于2018-09-11得票数 0
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我在snakemake管道中得到以下错误： Building DAG of jobs...F19FTSEUHT1027.PSU4_ISF1A_long.fastq.gz
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake但是Canu包确实存在于conda环境中： (hybrid_assembly) [lamma@fe1 Assembly]$ conda list
浏览 49提问于2020-01-15得票数 0
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我从shell脚本调用Snakemake工作流。conda activate myenvsnakemake工作流中的规则使用conda:创建自己的环境。(e.x
浏览 2提问于2021-05-02得票数 2
我想在我的托管环境中将snakemake与fish shell和conda环境一起使用(基本上我没有root权限，默认shell也不能更改)。我设法让conda使用this与fish一起工作，但它的缺点是在fish中激活conda环境的命令与bash不同。在bash中，命令是source activate ...，在fish中是conda activate ...。 在使用sour
浏览 40提问于2020-07-23得票数 2
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如何让snakemake激活我的环境列表中已经存在的conda环境？ 我知道您可以将--use-conda与.yaml环境文件一起使用，但这似乎会生成一个新的环境，当该环境已经存在时，这会很烦人。我尝试过使用： 但它只是为环境中的包返回命令未找到错误
浏览 341提问于2019-11-29得票数 2
我有一个带有规则的Snakefile，可以使用samtools版本1.9从yaml文件创建和激活conda环境，然后检查该版本： conda:snakemake --cores 1 --use-conda
它似乎成功地构建了环境，当我在..snakemake/conda/79eeda 10/bin/samtools
浏览 0提问于2021-01-04得票数 1
我在一个SGE集群上工作，其中可以使用conda提供一些工具：我可以使用conda在我的snakemake工作流与yaml，但这样，我将重新安装环境name: unicycler - bioconda - defaults - unicycler=0.4.7是否有可能激活现有的环境？版本：
蛇
浏览 0提问于2019-07-25得票数 3
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我在一个名为myenvname的conda环境中安装了一个Python模块myenvname。，这意味着在我指定的环境中没有modulename。: conda env list >> {output} """
在输出文件中，我有以下内容此尝试证明<em
浏览 21提问于2022-11-17得票数 0
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我在conda环境中使用Snakemake。在我的snakefile的开头，我有一个"log-Rule"，用来保存运行信息。这些信息之一是哪些工具是环境(conda list >> log.file)的一部分。list >> {output}
""" 这可能不是最优雅的方式，但它可以在其他环境中工作。然而，在当前版本中，它说它找不到命令"<em
浏览 155提问于2021-09-27得票数 1
编辑，在尝试任何操作之前，请确保安装Snakemake之前：如广告所示：。不要像这里所宣传的那样安装它：，您将得到一个非常旧的版本( -c conda-forge是很重要的！)我今天一直在和蛇搏斗。我的问题是，我的明星法则给了我一个错误：
/rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch/swo-406/<em
浏览 2提问于2018-11-15得票数 0
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我正在尝试下载miniconda ->安装miniconda ->安装环境->激活环境->从该环境运行命令。bioconda
conda init bash conda init bash
浏览 33提问于2019-09-04得票数 1
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对于一个项目，我使用Python3创建了一个虚拟环境(venv)。在我激活venv之后，我使用一个简单的bash脚本(见下图)安装了所有必要的依赖项。我的项目使用了snakemake，所以我运行了这个snakemake突击队： snakemake --snakefile Snakefile.py all 我得到了这个错误： ? 我知道它一定与venv有关，因为没有venv，snakemake运行得很好。我已经阅读了Snakemake的安装文档，它说我必须安装<em
浏览 14提问于2021-01-11得票数 0
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我希望从Docker容器中运行Snakemake工作流，即容器本身应该包含Snakemake，但也包含预装的所有必需的可执行文件。一些Bioconda工具需要进入它们自己的环境，因为它们与安装的其他部分不兼容。但是由于Snakemake不能使用预先存在的环境，所以我只能使用conda指令(在运行时从Docker映像中安装？！)
浏览 0提问于2021-04-21得票数 1
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我在snakemake管道中有一个运行multiqc的规则： input:Activating conda environment: /XXXX/.snakemake/conda/e8f3e6def45259d12dddd42fcd679657Traceback (most recent call last):
浏览 14提问于2022-04-11得票数 1
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我使用snakemake作为工作流管理器。我首先在JupyterLab (anaconda)中用：conda create base创建了一个conda环境。然后用.yaml激活mamba env create --name <name of the env> --file environment.yaml文件。在.yaml文件中，除其他外，我还包括以下依赖项：R = 4.1.3, tensorflow = 2.8.0。据我所知，依赖关系将由conda在本地
浏览 8提问于2022-04-14得票数 0
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在以前的Snakemake版本(在3.9.1上使用与bioconda --use-conda的集成进行了测试)上，我只能检查environment.yaml文件的workdir散列，并在以下位置找到相应的环境: workdir/.snakemake/conda/md5
在版本4.3.0上，文件的md5哈希与环境文件夹不匹配。查看源代码，我发现在计算md5散列时包含了环境文件的完整路径，以避免硬编码路径上的conda错误，但
浏览 0提问于2017-11-12得票数 1
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我需要安装snakemake 4.3.X (better 4.3.1)，这是由python 3.5和python 3.6支持的。5.2.0-Linux-x86_64.sh，Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh，Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh并使用命令分别安装snakemake/conda install -c bioconda snakemake
为每个服务器安装的snakemake都是version 3.13.1。哪个Ana
浏览 11提问于2020-11-25得票数 0
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我遵循Snakemake最佳实践创建了一个工作流，其中不同的步骤激活了不同的Conda环境。envs/mtb.yaml:# mamba env create --quiet --file "/oak/stanford/scg/lab_xx/xx/tb/mtb_tgen/.snakemake/conda/5b3e765eb8210c23d16955
浏览 21提问于2022-07-18得票数 1
我正在尝试使用用snakemake制作的数据分析管道(源代码不可用)。但是由于技术原因(根据我们的hpc政策，我们不允许在hpc上安装任何东西)，我不能使用snakemake来运行它(我们没有在HPC上安装它)，但是我必须在nextflow中运行它(这是我们唯一的工作流管理系统实际上，我必须在snakemake中运行nextflow。开发人员提到，该工具可在bioconda上使用。mamba install -c conda-forge -c bioconda drop
并且可以使用<e
浏览 8提问于2022-02-28得票数 -1
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