一般地，我用 conda 管理自己的 python 环境。 ? Anaconda Prompt 使用 conda 管理环境，大多需要用到命令行。...输入 conda activate 环境名称> 命令后，并没有切换环境。也没有报错。 即，无法用 powershell 激活 conda 环境 。...我们无法探究内部到底发生了什么，只能去互联网检索相关信息•检索关键词：powershell、无法激活、conda、anaconda、无效、切换环境 解决方案 在以下两个参考资料里找到了解决方案： •https...第二份资料更有用 在 powershell 中输入： conda init powershell 问题解决。 ? 我的 powershell 如上图，修复后，出现环境的标识。...其实，在 conda 自带的说明中，有相关的命令。 ? peace.
正常激活环境后pip -V是在激活环境路径，比如 但是我的突然确为 D:\anaconda3\lib\site-packages里面，百思不得其解，后来发现是我在环境变量加了PYTHONHOME环境变量...，如果你的环境变量有PYTHONHOME或者PYTHONPATH请删掉试试。...此外我还发现如果你加了PYTHONHOME到环境变量后，当你使用清华源进行pip安装会无法正常使用。
oVarFflow的工作流程如下图所示： 相比其他的流程软件，oVarFflow的优点有： 可对任意物种进行变异筛选，只要能够下载到这个物种的基因组和注释文件； 整个程序可在conda小环境中完整运行.../ conda info ## 查询频道是否设置好 建立conda小环境，这里直接使用yaml文件来创建哦，参考：安装conda的yaml文件赠送小米显示器 ## 新建工作目录并下载安装软件 mkdir.../OVarFlow_src/OVarFlow_dependencies_mini.yml ## 创建conda小环境 conda create --prefix $HOME/project_dir/conda_env...## 激活小环境 conda activate $HOME/project_dir/conda_env 建立工作目录 ## 新建并进入工作目录 mkdir -p $HOME/project_dir/...按i后移动光标进行修改：将标黄处改为已下载的基因组和注释文件名，标红处可改为1（对所有的reads进行比对），标绿处如果没有gvcf表格提供的话可留空 （oVarFlow 2.0已经取消对gvcf文件的处理
灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。 可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。...可重复性：通过使用容器技术（如Docker和Singularity）和Conda环境，Snakemake支持高度可重复的科学分析，确保不同环境下的分析结果一致。...，展示了Snakemake确保数据分析可持续性的能力 3如何安装 推荐使用 conda/mamba 安装，简单快捷 ## 安装 mamba create -c conda-forge -c bioconda...可以提前设置一下 pip 镜像 pip config set global.index-url https://mirrors.bfsu.edu.cn/pypi/web/simple ## 激活环境...conda activate snakemake-tutorial snakemake --help pip安装报错 设置镜像后，成功安装 一个简单的 call snp 的示例 ##激活环境 conda
安装 推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则 组成规则 rule test: input:...rule 每个rule定义流程中的每一步，相当于一个脚本。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...❞ 即可输出流程图，描述了每个rule的前后关系 流程的自动部署 在其他环境下同样使用相同的流程 全局环境 导出conda环境 conda支持到处目前环境下所有的依赖信息，导出为yaml格式 ❝ conda...❞ 局部环境 当不同工具依赖不同环境的时候，snakemake提供 ❝--use-conda ❞ 解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule
背景：Conda 的激活依赖于 conda.sh，这通常位于 Conda 安装目录下的 etc/profile.d/conda.sh 中。...背景：在 Conda 中，激活一个虚拟环境会调整 PATH 环境变量，使 Python 和其他工具使用该环境下的版本。...背景：当 Conda 环境被激活时，通常会自动更新提示符，但在某些情况下（如 Docker 中的非交互式 shell），需要手动设置。...这避免了环境变量和其他设置被覆盖的问题。 --norc：告诉新的 bash 不加载 .bashrc 或其他初始化文件，防止 Conda 初始化脚本再次被加载，从而覆盖现有的激活状态。...运行以下命令检查是否在目标环境中： conda info 确认 active environment 是否为 dglv2。
流程 Snakemake简介 Snakemake是一个工作流引擎系统，提供了基于Python的可读性流程定义语言,可重现,可扩展的数据分析的工具和强大的执行环境，无需流程更改就可从单核环境迁移到集群，云服务环境上运行...环境 上面中通过conda 设置conda环境为"...../envs/test.yaml"， 然后rule中运行的程序会自动激活conda环境，使用环境中的程序来运行。该分析流程中， 所需的软件都能通过conda 安装，包括R包。...环境，同时还可以利用本地的其他conda环境，只需把yaml文件地址改成conda 环境名就行了。...使用yaml配置安装conda环境时，自动安装的依赖包可能用不了，可以更换环境或者手动重新安装 一些snakemake 错误提示，具体问题具体分析了 也不排除上文代码，我从本地复制粘贴到这里时，出现问题
关于shell脚本的最后说明： set -e并且set -x仅在shell脚本中起作用-它们是bash命令。您需要在Python和R中使用其他方法。 Snakemake自动化！...首先，让我们激活我们的snakemake环境 source deactivate source activate snake 我们将自动化相同的脚本进行修剪，但是使用snakemake。...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。 添加环境 在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...我们展示了您必须使用来在Bioconda课程中导出塔拉环境 conda env export -n tara -f $PROJECT/tara_conda_environment.yaml我们也可以在snakemake...规则中使用此环境！
准备工作 正式开始前，你需要完成以下工作： 1、在linux环境下安装好了conda，并使用conda安装好了gatk4（4.1.6.0）、Snakemake（5.13.0）、trim-galore（0.6.5...关于生物信息学环境搭建的讨论，大家可以看生信菜鸟团专题： 可重复的生信分析系列一:Docker的介绍 可重复的生信分析系列二:Conda的介绍 关于conda本身学习可以看 ：conda管理生信软件一文就够...然后是定义最终需要的结果文件： rule all: input: "gatk4_mutect2_pon.vcf.gz" all是每个Snakefile文件中必有的一个rule，...另外，如果在shell中要使用这个参数，还需要加上wildcards，即{wildcards.sample}。...运行命令snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf就可以生成本文开头的流程图。运行命令snakemake -np可以预览所有的shell命令。
下边是snakemake中的一些概念。rule脚本中的一步小的分析叫做rule，名字可以随便起，但是不能重名，也要符合python变量命名规范。...wildcard匹配到的内容是否与自己所设计的一致wrapperwrapper是snakemake官方仓库中写好的分析代码，比如上边的fastp软件，我们不需要写fastp的命令行代码，只需要用下边的代码就可以...wrapper: "v1.29.0/bio/fastp"其实这一步相当于从github下载了作者写好的环境文件environment.yaml，conda会建一个虚拟环境，仅提供给fastp使用。.../raw/v1.29.0/snakemake读取config/config.yaml文件configfile: "config/config.yaml"env创建smk环境，用于运行snakemake流程...- snakemake创建虚拟环境smkmamba env create --name smk --file smk.yaml
这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果 的介绍。...3-编写target规则 默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...-y pysam matplotlib bwa samtools bcftools snakemake graphviz 发现snakemake 也是可以直接在规则中整合使用的conda 环境的：...： conda env export > py36.yaml 不过这里我还是在对应的环境里进行操作。...这里额外补充一点，除了工作流外，环境配置，也是可重复任务重要的一环。这里我也将我的conda 环境进行打包，可以直接通过我的配置文件下载相关的软件，使用conda “复刻”我的环境。
output.read02} --thread {threads} --html {output.html} --json {output.json} """ 这里rule all的作用还是没有搞明白，看有的文档说是最终保留的文件...示例数据用到的是论文 Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie, and Ballgown 中的数据...ballgown", pheno = "geuvadis_phenodata.csv" output: rdat = "bg_chrX_1.Rdata" #conda...: #"envs/ballgown.yaml" script: "scripts/ballgown_1.R" 尝试嵌入conda的时候遇到报错，暂时不知道是什么原因...@output[["rdat"]]) 这里有一个问题是snakemake流程里怎么样使用已经存在的conda环境，看这个流程的时候 https://github.com/Alipe2021/NLncCirSmk
Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh 进入注册信息页面，输入yes； 阅读注册信息，然后输入yes；查看文件即将安装的位置，按enter，即可安装， 安装完成后，收到加入环境变量的提示信息...，输入yes 我们执行： sudo gedit ~/.bashrc 然后在打开的文件最后加两行命令，用于配置环境 export PATH="~/anaconda3/bin":$PATH source ~.../anaconda3/bin/activate #修改终端的默认 python 为 anaconda 保存文件后关闭，然后在终端执行，用于保存环境配置 source ~/.bashrc 重启终端，会看到命令行前面出现...（base）环境，即可默认使用Anaconda3； 可以使用conda -V验证是否安装完毕，若安装完成，则会出现版本号。...conda -V
1.问题描述：anaconda的envs的其中一个环境目录下，没有python.exe文件，只有conda-meta和scripts 平时创建虚拟环境都是： conda create -n test...#test为创建的虚拟环境名称 因为之前也创建过好几次了，在命令行中也没有报任何错误，于是准备将刚配置的test虚拟环境添加到pycharm解释器中，但是发现在test环境中根本找不到除conda-meta...解决方案： anaconda虚拟环境 使用的还是base环境的python/pip 当时新建xxxx虚拟环境时 并没有指定python版本 直接conda create -n xxxxx然后激活后看到python...是此anaconda默认版本的python 以为就没问题了 原来不指定python版本的话这个env文件夹下就没有bin文件夹 无法正常激活、使用 使用的还是base环境（尽管前面标出了一个(xxxxx...)） 删除有问题的虚拟环境：（base环境中执行） conda remove -n xxxx --all 重新新建虚拟环境，新建时指定python版本 conda create -n test python
www.nature.com/articles/s41588-022-01043-w#code-availability PanGenieNG.pdf 这篇论文是介绍PanGenie这个工具的，这个工具是用来结合已有的变异信息...jana_ebler/vcf-merging/src/master/pangenome-graph-from-assemblies/ 试着用自己的数据跑一下这个里流程 首先是流程的安装 这个流程是用snakemake...写的，依赖一些软件，我试了一下用conda都可以安装 新建一个环境 conda create -n svmerging python=3.9 在环境里依次安装如下软件 - minimap2 -...bedtools - bcftools - pyvcf - rtg-tools - pyfaidx - matplotlib - vcftools - samtools - snakemake...修改下Snakemake文件里第25行代码 我测试的这个物种是19条染色体，染色体的命名方式是chr01,chr02,chr11这种，所以我的代码改成了 chromosomes = [config[
所有的输入文件将会在工作流中各自独立执行。 此外，snakemake 还可以与conda 搭配。...2-下载 官方教程使用mamba 下载： conda install -n base -c conda-forge mamba mamba create -c conda-forge -c bioconda...-n snakemake snakemake conda activate snakemake 帮助文档，安装成功： $ snakemake...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。
三种类型（CpG/CHG/CHH） 在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基 H代表除了G碱基之外的其他碱基...安装软件 1.1 新建小环境 ## conda管理环境 # 创建名为snakemake的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件 # 创建小环境成功，并成功安装python3版本，每建立一个小环境，安装一个...python=3的软件作为依赖 conda create -y -n snakemake python=3 # 查看当前conda环境 conda info --e # 激活 conda activate...usr/sbin /usr/bin /sbin /bin /usr/games /usr/local/games /snap/bin # 将这个文件夹的路径添加到环境变量 $PATH 中，同时写入到....bashrc echo "PATH=${HOME}/Bismark:$PATH" >> ${HOME}/.bashrc # 重新激活一下环境，或者重新登录一下服务器 source ~/.bashrc
通过 Snakemake，我们可以定义一系列任务以及这些任务之间的依赖关系，从而构建一个可重复、可维护和可扩展的工作流程。 结合conda/mamba，它们很容易被扩展到服务器、集群、网格和云环境。...简单来说，它有以下优点： 可读性强 易移植 模块化管理 透明 能生成流程图，看到每个过程 可扩展 可拓展的平台 2如何使用 在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...接下来，把ds1作为匹配项插入input中，即想要生成ds1_plot.pdf，需要ds1.csv，而ds1.csv已经存在于工作目录下了。...接下来程序直接读取input和output，执行shell中的命令并获得输出ds1_plot.pdf。 进阶演示 接下来加点难度，运行下列代码会发生什么？...snakemake ds1_filtered_plot.pdf 按照入门演示的内容，它首先会从Snakefile中定义的规则中自上而下的进行匹配，这个时候将{dataset}匹配为ds1_filtered
其实大家会看到讲的主要是R语言里面的项目管理，或者换句话说：Rmarkdown 在单细胞数据分析中的应用。 本文既来自不才的单细胞数据分析经验，也来自下面这个报告的启发。 ?...那我们就看看有哪些需要考虑的： 分析环境(conda，Docker) 软件版本（git） 随机种子(seed) 团队写作（git） 流程管理(Snakemake ) 文档材料(Rmarkdown) 整个数据分析流程的环境可以用...conda来创建和维护，分析流程可以用Snakemake 来定义各个分析规则，版本管理和团队协作可以用git来实现，而Rmarkdown可以用来集成代码/输出结果和文本注释。...Snakemake workflow to demultiplex scRNA-seq data....为了保证数据科学项目的可持续和可重复，一个RProjects是值得拥有的。
目前我发现想要用bsub命令指定在特定的conda虚拟环境中运行脚本有两种办法：1. 在运行目标命令前使用source命令加载虚拟环境。...例如下面要运行base环境中的spades.py命令：#BSUB -q 5220r#BSUB -n 1,48#BSUB -J spades_hq#BSUB -o spades_hq.out#BSUB -...e spades_hq.err# >>> 激活base环境 >>...使用conda run命令指定目标环境，但此方法仍在开发中，使用需谨慎。
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