更正了SLURM提交中将命令输出转义为变量的错误
SLURM是一个用于管理和调度大规模计算集群的开源软件工具。它允许用户提交作业并分配资源，以便高效地执行计算任务。在SLURM提交中，将命令输出转义为变量的错误是指在作业提交过程中，将命令的输出结果保存到一个变量中的错误。
通常情况下，SLURM作业提交时，可以使用--output参数指定输出文件的路径，将命令的输出结果保存到指定的文件中。然而，有时候用户可能希望将命令的输出结果保存到一个变量中，以便后续在作业脚本中使用。
然而，将命令输出转义为变量的错误意味着在SLURM提交中，无法直接将命令的输出结果保存到一个变量中。这可能是由于SLURM的限制或配置错误导致的。
为了解决这个问题，可以考虑以下解决方案：
- 重定向输出：可以使用重定向操作符（
>）将命令的输出结果保存到一个文件中，然后在作业脚本中读取该文件的内容。例如： - 重定向输出：可以使用重定向操作符（
>）将命令的输出结果保存到一个文件中，然后在作业脚本中读取该文件的内容。例如： - 使用环境变量：可以将命令的输出结果保存到一个环境变量中，然后在作业脚本中使用该环境变量。例如：
- 使用环境变量：可以将命令的输出结果保存到一个环境变量中，然后在作业脚本中使用该环境变量。例如：
需要注意的是，以上解决方案仅适用于将命令的输出结果保存到文件或环境变量中，而不是直接转义为SLURM作业提交的变量。
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我尝试通过命令行提交一个作业，而不是通过提交脚本提交。由于某种原因，没有初始化任何slurm_variables：
sbatch --job-name NVP --time 01:00:00 --nodes 1 --ntasks 1 --cpus-per-task 2 --wrap "echo "var1:" $SLURM_CPUS_PER_TASK "var2:" $SLURM_JOB_NAME"
在这种情况下，$SLURM_CPUS_PER_TASK和$SLURM_JOB_NAME都是空的。一旦通过脚本提交了完全相同的代码，变量就会出现。
我
浏览 3提问于2020-11-30得票数 0
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我通常使用如下代码来提交数组作业， #!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=$1
#SBATCH --time=$2
#SBATCH --mem-per-cpu=$3
#SBATCH --array 0-$4
./myprogram.o ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} <-- SLURM_ARRAY_TASK_
浏览 15提问于2020-08-21得票数 1
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是否可以使用请求节点计数(-N)格式化SLURM文件名(使用--输出)？例如，如果提交一个像"sbatch 4 -- output =out-%j.txt abc.script“这样的slurm脚本，输出文件名可以包含4吗？目前，这仅显示jobid。
浏览 0提问于2019-04-29得票数 0
背景：我必须将我的Snakemake管道从一个节点的使用调整到一个具有资源管理的集群。使用特定于SLURM的Snakemake配置文件，我的规则成功地作为SLURM作业提交，因此我继续将Snakemake指令resources添加到每个非本地规则中，以优化队列调度。这些设置都采用了，我的管道也按预期完成了。
示例：
rule ruleA:
group: "group_1_init"
resources:
cpus=1,
time="00:04:00"
rule ruleB:
group: "gro
浏览 5提问于2021-11-12得票数 0
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我正在运行一个脚本，该脚本如下所示：
#!/usr/bin/env Rscript
#./geneiase -t static -i mydata.tab
如果我直接在命令行中对我的数据运行该脚本，它启动时不会出现错误或警告。
但是程序对计算的要求非常高，所以我需要使用名为Slurm的作业调度程序将作业提交到集群。
当我在批处理作业文件中编写完全相同的表达式(如第二段所示)，然后使用sbatch提交作业时，它会立即终止，并且不会返回任何有助于我理解问题的错误或输出。
我认为这与在$PATH中使用Rscript有关，但即使我将Rscript所在的目录添加到$PATH by：PATH=$PATH:
浏览 2提问于2017-11-02得票数 0
SLURM的默认输出是: JOBID分区名USER ST时间节点NODELIST(REASON)
我也希望它有QOS : JOBID分区名用户ST时间节点NODELIST(原因) QOS
有没有办法更改默认设置，这样我就不必每次都指定选项了？
浏览 7提问于2016-09-16得票数 3
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使用srun --test-only，SLURM将返回预期的开始日期和预期节点。
但是，如果提交了作业，则无法获得有关节点的信息。有什么方法可以找出，当作业已经提交时，作业应该在哪些节点上运行？
squeue --start只给出预期的开始日期，而不给出预期的节点。
我用的是SLURM 2.5.7
浏览 0提问于2015-08-13得票数 0
Problem：在这个的启发下，我尝试编写一个包装器脚本来提交带bash变量的SLURM数组作业。但是，我遇到了像$SLURM_ARRAY_TASK_ID这样的SLURM环境变量的问题，因为它是一个空变量。
我怀疑这与test_wrapper.sh如何解析尚未定义的SLURM变量有关，但我似乎找不到解决方案。
下面我提供了一个简单python脚本的工作示例，该脚本应该以数组ID作为输入变量，但是当bash包装脚本调用它时，python脚本会在接收到空变量时崩溃。
test_wrapper.sh：
#!/bin/bash
for argument in "$@"
do
key
浏览 45提问于2022-09-16得票数 0
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我正在使用集群管理器，并且正在使用sbatch (使用python interpeter)运行提交脚本。sbatch提交导入了我的一个名为main_nn.py的模块。该模块与我的提交目录位于相同的位置，但是，即使文件存在，python也无法找到它。我很难弄清楚为什么会发生这种情况。我的python文件如下所示：
#!/usr/bin/env python
#SBATCH --job-name=Python
print('hi')
import main_nn
然而，我的slurm转储文件的输出是：
hi
Traceback (most recent call last):
浏览 8提问于2016-08-31得票数 6
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我是SBATCH和bash的新手。我有一个简单的脚本来提交作业，并且我正在尝试获取当前工作目录的父目录。从文档中看，'$(dirname $PWD)‘就是这样做的。但它总是返回null或为空。我尝试过非常不同的版本，比如“$(dirname‘$PWD’)”或者$(dirname $PWD)。它们都会导致null。我怀疑遗漏了一些非常基本的东西。任何关于我应该检查什么来更好地解决或调试这个问题的建议都将是有帮助的。以下是示例代码(简化版) #!/bin/bash
sbatch <<EOT
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cp
浏览 86提问于2021-05-03得票数 0
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slurm-wlm 17.11.2
从Ubuntu Apt repos安装，Ubuntu:18.04
我们有一个由20个相同节点组成的集群。运行下面的简单脚本会给我带来一个令人困惑的问题。所有作业都认为它们在node3上运行，而运行hostname命令则给出了准确的答案。这也是输出文件名的一个问题。我希望有许多不同的输出，但我只得到一个，与'node3‘在文件名。这似乎是一个Bash ()/变量替换错误。包皮
SLURMD_NODENAME
在一个
bash -c "echo Bash3: \$SLURMD_NODENAME"
很管用。但我为什么要这么做
浏览 0提问于2018-07-13得票数 0
我有一个bash脚本submit.sh，用于向Slurm服务器提交培训作业。它的工作原理如下。正在做什么
bash submit.sh p1 8 config_file
将提交一些与config_file相对应的任务到分区p1的8个GPU。p1的每个节点都有4个GPU，因此该命令请求2个节点。
submit.sh的内容可以概括如下，其中我使用sbatch提交一个Slurm脚本(train.slurm)：
#!/bin/bash
# submit.sh
PARTITION=$1
NGPUs=$2
CONFIG=$3
NGPUS_PER_NODE=4
NCPUS_PER_TASK=10
sb
浏览 9提问于2021-01-29得票数 2
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假设我想提交一个slurm作业，只分配任务总数(--ntasks=someNumber)，而不指定节点数量和每个节点的任务。在已启动的slurm脚本中，是否有一种方法可以知道slurm为每个保留节点分配了多少个核心？我需要知道这个信息才能正确地为我正在启动的程序创建一个机器文件，它的结构必须如下所示：
节点02:7节点06:14 09:3
一旦作业启动，我了解到在节点上分配了哪些核心的唯一方法是使用以下命令：
scontrol显示-dd
在其输出中，存储上述信息(以及大量其他细节)。有什么更好的方法来获取这些信息吗？
谢谢你，洛伦佐
浏览 2提问于2020-05-30得票数 2
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我想编写一个MPI脚本，用于使用gromacs程序，并且我希望更改每个任务的输入数据(每个任务的输出将是前一个任务的结果)。我将脚本中的一部分复制result*.dat到copyfile.sh
cat <<EOF > copyfile.sh
#!/bin/sh
cp -p result*.dat $SLURM_SUBMIT_DIR
EOF
chmod u+x copyfile.sh
srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES cp copyfile.sh $SNIC_TMP
.....
srun -n $SLURM_NNODES
浏览 5提问于2016-03-09得票数 0
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在使用sbatch file.slurm提交slurm作业后，您将获得一个作业ID。您可以使用squeue和sacct来检查作业的状态。但都不会返回作业的原始提交命令(sbatch file.slurm)。是否有一个命令可以显示提交命令，即sbatch file.slurm？我需要将作业I与我的提交命令链接起来。
到目前为止，唯一的方法是将sbatch命令的返回值保存在某个地方。
浏览 8提问于2020-03-05得票数 0
我想为我运行的每个Slurm作业创建一个唯一的目录。然而，mkdir似乎中断了SBATCH命令。当我试着：
#!/bin/bash
#SBATCH blah blah other Slurm commands
mkdir /path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID
#SBATCH --chdir=/path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID
touch test.txt
...the Slurm执行忠实地在/path/to/my_dir_$SLURM_JOB_ID创建目录，但跳过--chdir命令，并从调用批处理的工作目录执行--chdir脚本。
是否有方法为
浏览 1提问于2020-12-10得票数 2
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我正在尝试创建一个自动的命令链来分析生物数据。
为此，我在Slurm集群中使用Samtools。下面这一行是我运行的用于分析的命令之一：
samtools view -h file.sam | awk '$6 ~ /N/ || $1 ~ /^@/' | samtools view -h > spliced.file.sam
使用它，我得到了我的预期输出(简单)。
但是，当我想将命令插入到--wrap作业中时，会出现语法错误。
如所述：
sbatch --wrap "samtools view -h file.sam | awk '$6 ~ /N/ || $
浏览 6提问于2022-02-09得票数 0
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我有三个剧本：
config.yaml、script.py和slurm.sh
我使用Slurm中的slurm.sh文件将作业提交给作业调度程序，该文件调用script.py文件，script.py文件从config.yaml文件加载配置。
看起来是这样的：
sbatch slurm.sh
现在，我更改config.yaml并提交另一份工作。但是，如果两个作业都在队列中，则config.yaml文件将被覆盖，两个作业将使用相同的配置。
有没有办法告诉slurm调度程序也缓存config.yaml文件？我知道这不适用于slurm.sh文件。
浏览 2提问于2018-07-04得票数 0
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我正在从sh文件中运行以下命令。
echo "This is job" $SLURM_ARRAY_TASK_ID
#! Command line that we want to run:
SLURM_ARRAY_TASK_ID=0
varData='mvn -e clean compile exec:java -Dexec.mainClass=App.Main -Dexec.args="wikiLineSPlits/wiki-004/ wiki-004-'$SLURM_ARRAY_TASK_ID'.txt wiki-004-'$SLURM
浏览 0提问于2020-10-17得票数 0
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我在SLURM脚本中运行诸如: ifconfig、sminfo之类的命令，但是这些命令没有执行并返回错误:如果我检查输出文本文件，命令not和空输出。如果我尝试一些命令，比如: ls，hostname；它们运行得很好。我尝试手动执行脚本--它正在工作，命令: sminfo、ifconfig运行良好。
有什么问题?？
我的剧本：
#!/bin/bash
echo "==Pre job==:"
work_dir=`scontrol strong textshow job $SLURM_JOBID | grep ' WorkDir' | awk '{pri
浏览 2提问于2017-07-25得票数 2
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在SGE/PBS中，我可以向集群提交二进制可执行文件，就像在本地提交一样。例如：
qsub -b y -cwd echo hello
将提交一个名为echo的作业，该作业将单词"hello“写入其输出文件。
我怎样才能把类似的工作提交给SLURM。它希望该文件在第一行上有一个散列表解释器。在斯隆，我得到
$ sbatch echo hello
sbatch: error: This does not look like a batch script. The first
sbatch: error: line must start with #! followed by the pa
浏览 1提问于2015-10-28得票数 12
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我在CentOS 6.9上运行slurm17.11.7。我已经修改了我的/gpfs0/export/slurm/conf/epilog脚本。我最终希望将作业资源利用率信息打印到每个用户的作业所使用的stdout文件中。 在向其他用户推出它之前，我已经在脚本末尾的条件中对它进行了测试。下面是我修改后的epilog脚本： #!/bin/bash
# Clear out TMPDIR on the shared file system after job completes
exec >> /var/log/epilog.log
exec 2>> /var/log/epil
浏览 95提问于2019-01-18得票数 0
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Aim
我使用多个文本文件来设置变量和数组变量。这些是MATLAB函数的输入参数，迭代地根据这些变量创建url下载字符串，然后使用MATLAB的websave函数下载温度数据。值得注意的是，MATLAB脚本使用parfor将for循环并行化，并将其扩展到计算集群上的44个核上。MATLAB在我的笔记本上运行，但速度非常慢，这就是为什么我需要从高性能集群运行它。
问题
在将bash脚本中的这些变量传递给matlab函数时，我遇到了一些问题。最后，我被留在MATLAB命令行中。注意，我尝试从matlab函数调用中的变量中删除单引号，但是我得到了相同的错误。
脚本
cd CRW_Temp_Profi
浏览 0提问于2020-05-06得票数 0
我们刚刚切换到使用SLURM，我想使用循环和sbatch提交一系列作业。以前，我可以使用一个变量作为输出文件名的一部分。我一直试图在sbatch中使用--export传递变量，但无法获得要对std错误/输出文件名进行内插的变量。不过，我认为它适用于作业名称(-J)和--wrap部件。
for i in *fastq.gz; do sbatch \
--export=i=$i --error='$i.eo%j' --output='$i.eo%j' \
-J trim_`basename ${i}` \
--wrap="fastq_trim_single
浏览 0提问于2018-03-01得票数 0
我正在使用PBSPro，并试图使用qsub命令行来提交作业，但似乎无法将输出和错误文件命名为我想要的。目前使用：
qsub -N ${subjobname_short} \
-o ${path}.o{$PBS_JOBID} -e ${path}.e${PBS_JOBID}
... submission_script.sc
Where $path=fulljobname (i.e. more than 15 characters)
我知道在提交工作之后$PBS_JOBID是不会被设定的.
有什么想法吗？
谢谢
浏览 0提问于2014-10-21得票数 2
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我正在开发一个运行Slurm20.02.4的CentOS 8.1集群。我试图了解如何在sbatch --wrap=命令中解除变量的引用。我怀疑我可能达到了这些--wrap命令的有用性的极限。
这样做是可行的：
$ X=2
$ sbatch --wrap="for((i=0; i<3; i++)); do TMP=\"echo ${X} \$i\"; echo \${TMP}; done"
它的产出如下：
$ cat slurm-2105323.out
echo 2 0
echo 2 1
echo 2 2
我明白这句话，我知道：
我必须转义内联"，
浏览 2提问于2021-09-16得票数 0
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将参数传递到slurm脚本
、、、、
我使用slurm脚本在集群上运行用于Matlab计算的数组。每个脚本都使用一个数组来循环matlab参数。
1)是否有可能创建一个shell脚本来循环另一个变量？
2)可以将变量传递给slurm脚本吗？
例如，我的slurm文件当前看起来像
#!/bin/bash
#SBATCH --array=1-128
...
matlab -nodesktop r "frame=[${SLURM_ARRAY_TASK_ID}]; filename=['Person24']; myfunction(frame, filename);";
我经常需要运行这个数组来处理许多不同
浏览 0提问于2019-06-18得票数 2
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我是.sh脚本的初学者，所以请原谅我的无知。这是我的问题：
要将我的作业提交到我们的集群中，相应的提交文件必须包含一个"slurm头“，并且看起来如下所示。
#!/bin/sh
#
########## Begin Slurm header ##########
#
#SBATCH --job-name=blabla
#
########### End Slurm header ##########
# Load module
module load math/matlab/R2020a
# Start a Matlab program
matlab -nodesktop -r
浏览 0提问于2021-09-17得票数 3
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slurm脚本给出“未找到命令”
、、、、
我正在尝试向slurm提交一个脚本，该脚本在输入文件上运行m4。m4安装在我们的集群上，如果我单独运行脚本，一切都会正常工作。但是当我通过slurm脚本向slurm提交一个运行时，我得到了一个错误。
下面是我想要运行的脚本(名为m4it.sh)。
请注意，我在尝试调试时输出了路径和SHELL。
#!/usr/bin/env bash
echo "Beginning m4it.sh"
echo "PATH=$PATH"
echo "SHELL=$SHELL"
echo
m4 file.m4 > fileout.txt
下面是我的slurm
浏览 0提问于2015-05-04得票数 1
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我使用OpenMP对以下for循环进行了并行化， char command[200];
int thread_id;
# pragma omp parallel private(thread_id)
{
thread_id = omp_get_thread_num();
# pragma omp for
for (int i = 0; i < max_value; i++) {
// Generates a text file here (.inp) with a file name of node_(thread_id).inp
浏览 19提问于2021-09-10得票数 0
我有一个文件，每行只有一个命令，如下所示： myprog.sh <args abc>
myprog.sh <args def> 我正在尝试将这些提交为数组中的作业。阵列应使用1台主机以及该主机上的所有cpus。相反，每个阵列使用2个主机，并在这两个主机上执行这两个命令。 我想要的： host1
- myprog.sh <args abc> slurm-1_1.out
- myprog.sh <args def> slurm-1_2.out slurm- 1 _1.out将具有来自作业1的标准输出，而slurm1_2.out将具有来自jo
浏览 100提问于2021-06-26得票数 0
我一直在努力尝试让python脚本的多个实例在SLURM上运行。在我的登录节点中，我已经安装了python3.6，并且我有一个python脚本"my_script.py“，它接受一个文本文件作为输入来读取运行参数。我可以使用以下命令在登录节点上运行此脚本
python3.6 my_script.py input1.txt
此外，我可以提交一个脚本submit.sh来运行该作业：
#!/bin/bash
#
#SBATCH --job-name=hostname_sleep_sample
#SBATCH --output=output1.txt
#SBATCH --cpus-per-ta
浏览 2提问于2018-10-24得票数 0
1回答
我最近开始了一项新工作，需要通过Slurm在HPC上运行一些脚本。
我的脚本是用Python编写的，因此我希望在.slurm文件中使用.slurm来执行这些脚本。
但是，当我尝试运行.slurm文件时，它似乎无法调用python脚本。我尝试过使用module load anaconda3加载python环境及其变体(例如，module load python等)。附件是我的array.slurm文件，以供参考。我已经让帐户和邮件用户空的上传到这里进行匿名，但我有这些在我运行脚本。
Slurm输出的错误文件指示如下：
/var/spool/slurmd/job220829/slurm_scrip
浏览 3提问于2022-02-26得票数 1
我在使用(Bash) HEREDOC和通过--wrap提交SLURM sbatch时遇到了困难。
我希望以下内容能起作用：
SBATCH_PARAMS=('--nodes=1' '--time=24:00:00' '--mem=64000' '--mail-type=ALL')
sbatch ${SBATCH_PARAMS[@]} --job-name="MWE" -o "MWE.log" --wrap <<EOF
SLURM_CPUS_ON_NODE=\${SLURM
浏览 107提问于2018-10-31得票数 0
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编辑:新版本的rslurm使解决方案非常容易。见下面的答案。
对于所需的MWE长度稍长表示歉意，以及在提交问题后我意识到的标题可能是不必要的复杂。我认为真正的问题是将RefClass对象的环境引入rslurm::slurm_apply。
米维
在这里，我定义了一个名为BankAccount的玩具引用类。它有两个字段和两种方法。
字段是transactions，是与帐户相关的所有交易的列表，suspicion_threshold是银行将调查该交易的价值。
这两种方法分别是is_suspicious (将transactions与本地机器上的suspicion_threshold进行比较)和is_
浏览 7提问于2017-06-21得票数 1
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嗨，我有关于100+文件，我需要在slurm上提交非常相似的作业。我尝试使用xargs遍历这些文件并提交，但它不能像预期的那样工作。有什么建议吗？ file.txt=
file1a file1b file1
.
.
.
file100a file100b file100
cat SpleenGlia/data/file.txt | xargs -l bash -c ‘sbatch --job-name=$3 --output=SpleenGlia/Aligned/$3 SpleenGlia/script.sh $1 $2 $3’ 我想使用sbatch提交给slurm。script.sh是一
浏览 14提问于2019-05-17得票数 0
2回答
我提交了一个玩具阵列作业在slurm。我的命令行是
$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1
其中j1是脚本：
#!/bin/bash
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID
当我提交这个文件时，我会得到一个错误：
--> Verifying valid submit host (login1)...OK
--> Verifying valid jobna
浏览 9提问于2015-02-26得票数 7
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我得为slurm提交一份剧本。无论何时更改submit脚本路径，我都应该输入目录路径。例如，如果我在folder1，我应该手动编写：
/home/job/folder1
如果我想在folder2中使用这个脚本，我应该写：
/home/job/folder2
是否有任何命令可以避免手动进行此更改？
PS:我知道我可以使用$pwd，但是我没有找到正确的方法。
浏览 0提问于2019-10-12得票数 0
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我们使用Slurm工作负载管理器向我们的高性能集群提交作业。在作业运行时，我们需要将输入文件从网络文件系统复制到节点的本地文件系统，在那里运行我们的分析，然后将输出文件复制回网络文件系统上的项目目录。
虽然工作流管理系统Snakemake与Slurm集成(通过定义概要文件)并允许以Slurm作业的形式运行工作流中的每个规则/步骤，但我还没有找到一种简单的方法来为每条规则指定tmp文件夹(包括上面所述的所有含义)。
我非常高兴简单的解决办法如何认识到这种行为。
浏览 0提问于2020-03-19得票数 3
我在linux上使用slurm并行运行作业，方法是请求一个节点，每个cpu运行一个任务。
但是，指定的输出将两个流连接到单独的out文件中。我尝试了在替换时使用%t标志，它将分离任务，但它只是记录输出文件中的所有内容，并附加了_0 (例如，sample_output__XXX_XX_0.out)。
任何关于如何最好地为每个任务生成单独的.out日志的建议都将不胜感激。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=recon_all_06172021_1829
#SBATCH --output=/path/recon_all_06172021_1829_%A_%a_%t.ou
浏览 2提问于2021-06-17得票数 0
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我以前使用LSF的服务器，但现在我只是转换为SLURM服务器。
SLURM中的bpeek (用于LSF)的等效命令是什么？
bpeek bpeek显示未完成作业的stdout和stderr输出。
我哪儿都找不到文件。如果你对SLURM有一些好的参考资料，也请告诉我。谢谢!
浏览 3提问于2013-09-28得票数 11
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当我使用选项--gres= GPU :1向一个具有两个GPU的节点提交SLURM作业时，如何获得分配给该作业的GPU的ID？为此目的是否存在环境变量？我使用的GPU都是nvidia GPU。谢谢。
浏览 11提问于2017-05-14得票数 11
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我试图从另一个文件中获得一个值，并在SLURM提交脚本中使用这个值。但是，我得到一个错误，这个值是非数值的，换句话说，它没有被取消引用。
下面是脚本：
#!/bin/bash
# This reads out the number of procs based on the decomposeParDict
numProcs=`awk '/numberOfSubdomains/ {print $2}'
浏览 6提问于2014-07-01得票数 18
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我试图设置SLURM，使SLURM接受在某个目录中提交的作业，否则拒绝该作业。
要激活prolog脚本，我已经将slurm.conf设置为：
PrologSlurmctld=/etc/slurm-llnl/prolog/dircheck-prolog
/etc/slurm/prolog中的prolog脚本：
#!/bin/bash
if [[ $PWD = /home/slek/Desktop/scratch/* ]];
then
exit 0
fi
exit 1
但是，无论提交的位置如何，职务仍然被提交。如有任何建议，将不胜感激。
浏览 0提问于2019-05-04得票数 1
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1回答
我完全不知道用SLURM把工作提交给一个高性能计算机，我正面临着一个我无法解决的特殊问题。
我有一个job.slurm文件，其中包含以下bash脚本
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name singularity-mpi
#SBATCH -N 1 # total number of nodes
#SBATCH --time=00:05:00 # Max execution time
#SBATCH --partition=partition-name
#SBATCH --output=/home/users/r/usrname/slurm-reports/slurm-%j
浏览 6提问于2022-07-03得票数 0
我是用SLURM训练一批卷积神经网络的新手。为了跟踪所有训练好的CNN，我想把SLURM jobID作为输入参数传递给python。将其他变量作为参数传递很好。但是，我无法访问SLURM作业人员的身份。
我已经试过使用${SLURM_JOBID}、${SLURM_JOB_ID}、%j和%J了。在传递到python之前，我还尝试将这些slurm变量写入变量中。
以下是我的最新代码：
#!/bin/bash
# --- info to user
echo "script started ... "
# --- setup environment
module purge
浏览 1提问于2019-08-10得票数 2
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我有一个shell脚本，它向SLURM提交多个作业。这些作业是在以下循环中提交的：
nb_partitions=72
slurmids=() # storage of slurm job ids
for k in $(seq 1 $nb_partitions);
do
cd results/partition$k/MainFolder
ID=$(sbatch --parsable estimation.sh)
slurmids+=($ID)
cd ..
cd ..
cd ..
done
echo "Jobs ar
浏览 2提问于2021-07-01得票数 1
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我知道如何使用cgroups(分配内存、cpu使用率...)和slurm(提交、挂起/停止作业)。我想知道cgroups是如何使用slurm的。当我向slurm提交作业时，我可以在哪里修复内存或CPU使用率？我阅读了Slurm Schedmd()的文档，但它没有给出很好的解释。也许这是对我的误解。谁能解释一下如何使用slurm中的cgroup为作业分配一些资源？提前谢谢。
浏览 4提问于2017-05-22得票数 3
学校拥有一个GPU计算集群，每个节点上有8个GPU。我们使用SLURM任务管理系统来管理任务。SLURM系统规定如果GPU上有任务，则不会将新任务分配给此GPU。 例如:在node1上，有8个TITAN XP GPUS，没有一个提交任务，所以我们可以使用所有8个GPUS。在这种情况下，我可以使用一个简单的c++/cuda代码来使用它们，如下所示： for(int i = 0; i < 8; i++) {
cudaSetDevice(i);
......
} 但大多数情况是有人有提交任务，他们可能只使用一个或两个GPU，like this
浏览 18提问于2019-01-15得票数 1
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我试图通过SLURM提交作业，但通过S批处理包含SLURM命令，因此使用了批处理脚本。我创建的脚本确实提交了slurm作业，但也包含了其他我不确定它们来自何处的作业(见下文)；特别是作业中的.bat和.ext。任何关于正在发生的事情的洞察力都将受到赞赏。
我用以下内容创建了一个测试脚本：
批处理脚本(script.sh)
#! /bin/bash
#
#SBATCH --job-name="slurm_test"
#SBATCH --output=sbatch.out
#SBATCH --partition=xfr
#SBATCH --gres=tmpspace:2G
#SBA
浏览 1提问于2021-05-11得票数 0
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