首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

存在(1)和不存在(0)被记录在第2列。环境变量在第3至14列。> head(train)拟合模型拟合gbm模型,你需要决定使用什么设置,本文为你提供经验法则使用的信息。...trees. fitted - 阶段性拟合过程中每一步所拟合的树的数量记录;training.loss.values - 训练数据上偏差的阶段性变化 ,cv.values - 阶段性过程中每一步所计算的预测偏差的...绘制模型的函数和拟合值由我们的函数创建的BRT模型的拟合函数可以用plot来绘制。>  plot( lr005 )这个函数的附加参数允许对图进行平滑表示。...R语言基于Bagging分类的逻辑回归(Logistic Regression)、决策树、森林分析心脏病患者R语言样条曲线、决策树、Adaboost、梯度提升(GBM)算法进行回归、分类和动态可视化R语言用主成分...squares (PLS)回归R语言多项式回归拟合非线性关系R语言逻辑回归(Logistic回归)模型分类预测病人冠心病风险R语言用局部加权回归(Lowess)对logistic逻辑回归诊断和残差分析

71820

机器学习实战:意大利Covid-19病毒感染数学模型及预测

这些模型具有参数,这些参数将通过曲线拟合进行估算。 我们用Python来做。 首先,让我们导入一些库。...每个模型都有三个参数,这些参数将通过对历史数据进行曲线拟合计算来估计。 logistic模型(The logistic model) logistic模型被广泛用于描述人口的增长。...最通用的指数函数是: ? 变量x是时间,我们仍然有参数a, b, c,但是它的意义不同于logistic函数参数。...让我们在Python中定义这个函数,并执行与logistic增长相同的曲线拟合过程。...这两条理论曲线似乎都很接近实验趋势。哪一个更好?让我们看一下残差(residuals.)。 残差分析 残差是指各实验点与相应理论点的差值。我们可以通过分析两种模型的残差来验证最佳拟合曲线。

1.2K30
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

    > head(train) 拟合模型 拟合gbm模型,你需要决定使用什么设置,本文为你提供经验法则使用的信息。这些数据有1000个地点,包括202条短鳍鳗的存在记录。你可以假设:1....首先,你能看到的东西。这个模型是用默认的10倍交叉验证法建立的。黑色实心曲线是预测偏差变化的平均值,点状曲线是1个标准误差(即在交叉验证上测量的结果)。...trees. fitted - 阶段性拟合过程中每一步所拟合的树的数量记录;training.loss.values - 训练数据上偏差的阶段性变化 ,cv.values - 阶段性过程中每一步所计算的预测偏差的...绘制模型的函数和拟合值 由我们的函数创建的BRT模型的拟合函数可以用plot来绘制。 >  plot( lr005 ) 这个函数的附加参数允许对图进行平滑表示。...R语言基于Bagging分类的逻辑回归(Logistic Regression)、决策树、森林分析心脏病患者 R语言样条曲线、决策树、Adaboost、梯度提升(GBM)算法进行回归、分类和动态可视化

    1K00

    python实现logistic增长模型、多项式模型

    在以下内容中将具体介绍逻辑斯谛方程的原理、生态学意义及其应用。逻辑斯蒂模型的微分式是:dx/dt=rx(1-x) 式中的r为速率参数。 K为环境容量,即增长到最后,P(t)能达到的极限。...增长的曲线也称为s型曲线。...logistic_increase_function(t,K,P0,r)中的r取值是可以调整的: 人为干预后,疾病降低K值,因此可以将r值提升,以加快达到K值的速度 (r变大,曲线变陡峭) r取0.55...r=0.65 ---- 2 拟合多项式函数 参考:python 对于任意数据和曲线进行拟合并求出函数表达式的三种方案。...3.1 案例简述 新冠疫情期间,运用 python,基于疫情相关数据设计了几款疫情预测模型,结果曲线能够很好地与国内疫情发展情况拟合并能较好地预测病例增长的拐点时间。

    2.1K40

    R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(4)——logistic回归

    参数介绍: Formula:指定用于拟合的模型公式,类似于Im中的用法: Family: 指定描述干扰项的概率分 布和模型的连接函数, 默认值为gaussian, 若需进行logistic同归,则需设置为...:一个数值型向量,用于指定现行预测器的初始值; Mustart:一个数值型向量,用于指定均值向量的初始值: Offset:指定用于添加到线性项中的一组系数恒为1的项: Contol:指定控制拟合过程的参数列表...,将该数据集中变量 Species列中记录为virginica 的替换为1,否则替换为0,然后利用清洗好的数据进行logistic回归;模型的输出结果显示:解释变量Sepal.Length和Sepal.Width...,可以看到剩余变量的参数估计均通过了显著性水平的0.05的检验,说明构建模型得到了数据的支持。...除此之外,还可以利用图形展示模型的预测效果,业界一般采用ROC曲线对logistic 回归模型的效果进行刻画,R语言的RORC包中有专门的函数用于刻画ROC曲线,具体操作如下: > library(ROCR

    13.7K42

    R语言机器学习实战之多项式回归|附代码数据

    ---- 点击标题查阅往期内容 R语言用logistic逻辑回归和AFRIMA、ARIMA时间序列模型预测世界人口 左右滑动查看更多 01 02 03 04 如何拟合多项式回归 这是我们模拟观测数据的图...当拟合多项式时,您可以使用  lm(noisy.y〜poly(q,3)) 通过使用该confint()函数,我们可以获得我们模型参数的置信区间。...模型参数的置信区间: confint(model,level = 0.95) 拟合vs残差图 总的来说,这个模型似乎很适合,因为R的平方为0.8。...点击文末 “阅读原文” 获取全文完整代码数据资料。 本文选自《R语言机器学习实战之多项式回归》。...GAM ,样条函数进行逻辑回归LOGISTIC分类 R语言ISLR工资数据进行多项式回归和样条回归分析 R语言中的多项式回归、局部回归、核平滑和平滑样条回归模型 R语言用泊松Poisson回归、GAM样条曲线模型预测骑自行车者的数量

    1.3K00

    新冠病毒Logistic增长模型:中国+钻石公主号游轮

    新型冠状病毒的资源&更新(中国、美国、全世界的数据):https://wolfr.am/coronavirus Logistic增长模型 逻辑 (Logistic) 增长由一个微分方程定义: f(t)/...有了参数替代,Logistic增长函数变成了LogisticDistribution函数。...用微分方程拟合数据 这个列表计算了基于微分方程f'[t]==k f[t] (1-f[t]/L)的一阶导数,直接使用数据: 现在我们获取了t0。 这个图比较了拟合和原数据。...参数可以用数据的微分公式求出这件事说明,数据并不是被生硬地塞进一条曲线,数据背后的理论也嵌入了数据。如果随着数据增多这个预测依然成立,这就会是一个非常有用的模型。...现在应该尝试使用最近的数据,这些数据又更多信息并且更加精确。并随着数据累计看一看连续拟合情况。 然后用ListPlot看连续参数,看看这些参数是否随着时间的推移可以稳定。

    1.7K20

    R语言用逻辑回归、决策树和随机森林对信贷数据集进行分类预测|附代码数据

    > i_test=sample(1:nrow(credit),size=333)> i_calibration=(1:nrow(credit))[-i_test]我们可以拟合的第一个模型是对选定协变量的逻辑回归...----点击标题查阅往期内容R语言基于树的方法:决策树,随机森林,套袋Bagging,增强树左右滑动查看更多01020304我们可能在这里过拟合,可以在ROC曲线上观察到> perf  prp(ArbreModel,type=2,extra=1)模型的ROC曲线为(pred, "tpr", "fpr")> plot(perf)> cat...GAM回归R语言进行支持向量机回归SVR和网格搜索超参数优化R语言贝叶斯MCMC:GLM逻辑回归、Rstan线性回归、Metropolis Hastings与Gibbs采样算法实例在R语言中实现Logistic...逻辑回归R语言逻辑回归、Naive Bayes贝叶斯、决策树、随机森林算法预测心脏病R语言用Rcpp加速Metropolis-Hastings抽样估计贝叶斯逻辑回归模型的参数R语言逻辑回归logistic

    46220

    Matlab建立SVM,KNN和朴素贝叶斯模型分类绘制ROC曲线

    p=15508 ---- 绘制ROC曲线通过Logistic回归进行分类 加载样本数据。...第二列  score_svm 包含不良雷达收益的后验概率。 使用SVM模型的分数计算标准ROC曲线。 在同一样本数据上拟合朴素贝叶斯分类器。...该结果表明,逻辑回归对此样本数据具有更好的样本内平均性能。 确定自定义内核功能的参数值 本示例说明如何使用ROC曲线为分类器中的自定义内核函数确定更好的参数值。 在单位圆内生成随机的一组点。...auc1auc2auc1 = 0.9518 auc2 = 0.9985 伽玛设置为0.5时曲线下的面积大于伽玛设置为1时曲线下的面积。这也证实了伽玛参数值为0.5会产生更好的结果。...为了直观比较这两个伽玛参数值的分类性能。 绘制分类树的ROC曲线 加载样本数据。 load fisheriris 列向量  species由三种不同物种的鸢尾花组成。

    2.8K20

    R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2时间序列数据|附代码数据

    在这里,我们将重点放在样条曲线上。在过去,它可能类似于分段线性函数。 例如,您可以在模型中包含线性项和光滑项的组合 或者我们可以拟合广义分布和随机效应 一个简单的例子 让我们尝试一个简单的例子。...我们为这些数据拟合GAM 它拟合具有单个光滑时间项的模型。我们可以查看以下预测值: plot(CO2_time) 请注意光滑项如何减少到“普通”线性项的(edf为1)-这是惩罚回归样条曲线的优点。...现在,我们将看到 bs = 用于选择光滑器类型的k = 参数和用于选择结数的 参数,因为三次回归样条曲线具有固定的结数。我们使用12结,因为有12个月。...您可以通过plot 在拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数。...geom_line(aes(y = predicted_values) 本文摘选 《 R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2时间序列数据 》 ,点击“阅读原文”获取全文完整资料。

    96000

    R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2时间序列数据|附代码数据

    在这里,我们将重点放在样条曲线上。在过去,它可能类似于分段线性函数。 例如,您可以在模型中包含线性项和光滑项的组合 或者我们可以拟合广义分布和随机效应 一个简单的例子 让我们尝试一个简单的例子。...我们为这些数据拟合GAM 它拟合具有单个光滑时间项的模型。我们可以查看以下预测值: plot(CO2_time) 请注意光滑项如何减少到“普通”线性项的(edf为1)-这是惩罚回归样条曲线的优点。...现在,我们将看到 bs = 用于选择光滑器类型的k = 参数和用于选择结数的 参数,因为三次回归样条曲线具有固定的结数。我们使用12结,因为有12个月。...您可以通过plot 在拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数。...geom_line(aes(y = predicted_values) 本文摘选 《 R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2时间序列数据 》 ,点击“阅读原文”获取全文完整资料。

    1K00

    R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2时间序列数据|附代码数据

    在这里,我们将重点放在样条曲线上。在过去,它可能类似于分段线性函数。例如,您可以在模型中包含线性项和光滑项的组合或者我们可以拟合广义分布和随机效应一个简单的例子让我们尝试一个简单的例子。...我们为这些数据拟合GAM它拟合具有单个光滑时间项的模型。我们可以查看以下预测值:plot(CO2_time)请注意光滑项如何减少到“普通”线性项的(edf为1)-这是惩罚回归样条曲线的优点。...现在,我们将看到 bs = 用于选择光滑器类型的k = 参数和用于选择结数的 参数,因为三次回归样条曲线具有固定的结数。我们使用12结,因为有12个月。...您可以通过plot 在拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数。...点击标题查阅往期内容【视频】广义相加模型(GAM)在电力负荷预测中的应用分位数回归、GAM样条曲线、指数平滑和SARIMA对电力负荷时间序列预测实现广义相加模型GAM和普通最小二乘(OLS)回归R语言非参数模型厘定保险费率

    1.2K20

    R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2时间序列数据|附代码数据

    在这里,我们将重点放在样条曲线上。在过去,它可能类似于分段线性函数。例如,您可以在模型中包含线性项和光滑项的组合或者我们可以拟合广义分布和随机效应一个简单的例子让我们尝试一个简单的例子。...我们为这些数据拟合GAM它拟合具有单个光滑时间项的模型。我们可以查看以下预测值:plot(CO2_time)请注意光滑项如何减少到“普通”线性项的(edf为1)-这是惩罚回归样条曲线的优点。...现在,我们将看到 bs = 用于选择光滑器类型的k = 参数和用于选择结数的 参数,因为三次回归样条曲线具有固定的结数。我们使用12结,因为有12个月。...您可以通过plot 在拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数。...点击标题查阅往期内容【视频】广义相加模型(GAM)在电力负荷预测中的应用分位数回归、GAM样条曲线、指数平滑和SARIMA对电力负荷时间序列预测实现广义相加模型GAM和普通最小二乘(OLS)回归R语言非参数模型厘定保险费率

    1.9K20

    当今最火10大统计算法,你用过几个?

    两种主要的分类技术是:logistic 回归和判别分析(Discriminant Analysis)。 logistic 回归是适合在因变量为二元类别的回归分析。...和所有回归分析一样,logistic 回归是一种预测性分析。logistic 回归用于描述数据,并解释二元因变量和一或多个描述事物特征的自变量之间的关系。...非线性模型 在统计学中,非线性回归属于一种回归分析形式,其中,观测数据使用模型参数的非线性组合的函数(依赖于一个或多个独立变量)建模。其使用逐次逼近法拟合数据。下方是几种处理非线性模型的重要技术。...样条曲线(spline)是一种用多项式分段定义的特殊函数。在计算机图形学中,样条曲线是一种分段多项式参数化曲线。...由于结构的简单性、评估的简易和高精度、通过曲线拟合和交互曲线设计以逼近复杂曲线的能力,样条曲线很常用。

    1.2K100

    新冠疫情预测模型--逻辑斯蒂回归拟合、SEIR模型

    通过构建统计学模型、数学模型,或者利用机器学习、深度学习方法拟合疫情发展趋势,利用历史数据对未来的确诊病例等疫情形势进行预测,比如说,逻辑斯蒂生长曲线拟合数据,预测未来几天可能的发展趋势;或者利用时间序列模型构建预测模型...(一)Logistic生长曲线 逻辑斯蒂曲线是由比利时数据学家首次发现的特殊曲线,后来,生物学家皮尔(R.Pearl)和L·J·Reed根据这一理论研究人口增长规则,因此,逻辑斯蒂生长曲线也被称为生长曲线或者珍珠德曲线...逻辑斯蒂生长曲线一般形式如下: Yt=L1+ae-bt L,a,b均为未知参数,需要根据历史数据进行估计。生长曲线在现代商业、生产行业、生物科学等方面有着非常广泛的应用。...我们利用生长曲线模型,拟合上海2022年3月1日到4月30日累计确诊病例数据,建立生长曲线模型。...逻辑斯蒂拟合的代码 从上图预测值生成的曲线来看,生长曲线模型整体呈现“S”型,按照相关参考文献说明,生长曲线可以分为初期、中期和末期三个阶段: 在初期,虽然 t处于增长阶段,但是 y 的增长较为缓慢

    1.4K10

    当今最火10大统计算法,你用过几个?

    两种主要的分类技术是:logistic 回归和判别分析(Discriminant Analysis)。 logistic 回归是适合在因变量为二元类别的回归分析。...和所有回归分析一样,logistic 回归是一种预测性分析。logistic 回归用于描述数据,并解释二元因变量和一或多个描述事物特征的自变量之间的关系。...非线性模型 在统计学中,非线性回归属于一种回归分析形式,其中,观测数据使用模型参数的非线性组合的函数(依赖于一个或多个独立变量)建模。其使用逐次逼近法拟合数据。下方是几种处理非线性模型的重要技术。...样条曲线(spline)是一种用多项式分段定义的特殊函数。在计算机图形学中,样条曲线是一种分段多项式参数化曲线。...由于结构的简单性、评估的简易和高精度、通过曲线拟合和交互曲线设计以逼近复杂曲线的能力,样条曲线很常用。

    6.2K00

    【干货】机器算法学习感悟(下)

    回归就是将一些数据点用一条直线对这些点进行拟合。而Logistic回归是指根据现有数据对分类边界线建立回归公式,以此进行分类。...该方法计算代价不高,易于理解和实现,而且大部分时间用于训练,训练完成后分类很快;但它容易欠拟合,分类精度也不高。主要原因就是Logistic主要是线性拟合,但现实中很多事物都不满足线性的。...即便有二次拟合、三次拟合等曲线拟合,也只能满足小部分数据,而无法适应绝大多数数据,所以回归方法本身就具有局限性。但为什么还要在这里提出来呢?因为回归方法虽然大多数都不合适,但一旦合适,效果就非常好。...Logistic回归其实是基于一种曲线的,“线”这种连续的表示方法有一个很大的问题,就是在表示跳变数据时会产生“阶跃”的现象,说白了就是很难表示数据的突然转折。...为了优化Logistic回归参数,需要使用一种“梯度上升法”的优化方法。该方法的核心是,只要沿着函数的梯度方向搜寻,就可以找到函数的最佳参数。

    69260

    【视频】R语言逻辑回归(Logistic回归)模型分类预测病人冠心病风险|数据分享|附代码数据

    现在,如果我们使用线性回归来找到旨在最小化预测值和实际值之间距离的最佳拟合线,这条线将是这样的:这里的阈值为 0.5,这意味着如果 h(x) 的值大于 0.5,则我们预测为恶性肿瘤(1),如果小于 0.5...当我们考虑成本函数时,首先想到的是经典的平方误差函数。 m  - 示例数,x(i)  - 第i个示例 的特征向量 ,y(i)  - 第i个示例 的实际值 ,θ   - 参数向量。 ...使用step逐步回归选择模型step(full_model )  kable(format = "markdown" )数据获取在下面公众号后台回复“冠心病数****据”,可获取完整数据。...----点击文末 “阅读原文”获取全文完整资料。本文选自《R语言逻辑回归(Logistic回归)模型分类预测病人冠心病风险》。...LOGISTIC分类R语言ISLR工资数据进行多项式回归和样条回归分析R语言中的多项式回归、局部回归、核平滑和平滑样条回归模型R语言用泊松Poisson回归、GAM样条曲线模型预测骑自行车者的数量R语言分位数回归

    94600

    PRISM软件9.5中文版下载安装,生物医学研究分析PRISM软件

    进行曲线拟合、Ct计算、标准曲线绘制等操作。在PRISM软件的操作界面中,用户可以看到常用工具栏、菜单栏、画布窗口等元素。用户可以通过这些元素进行数据处理、统计分析和曲线拟合等操作。...根据不同的分析需求选择不同的分析工具; c. 对分析结果进行详细而全面的注释和标记。曲线拟合技巧 在使用PRISM软件进行曲线拟合时,需要注意以下技巧: a....确定拟合模型,如线性拟合、非线性拟合等; b. 选择适合的拟合函数,如Logistic方程、Gompertz方程等; c. 对拟合结果进行及时的记录和分析。...通过对案例结果的统计和分析,得到了高质量的研究结论和曲线拟合成果。通过这个实际操作案例,读者可以深入了解PRISM软件的灵活性、便利性和高效性。...同时,读者也可以通过运用PRISM软件,快速、准确地进行生物信息学数据处理、统计分析和曲线拟合等操作,为生物医学研究领域的进步做出更大的贡献。

    33920
    领券